本次調(diào)研由北京科技創(chuàng)新促進(jìn)中心黨委書記李萍帶隊(duì)，科技服務(wù)業(yè)部部長付文均、城市科技部部長曲宏，以及北京醫(yī)藥健康科技發(fā)展中心前沿部部長李潛等領(lǐng)導(dǎo)共同參與；百邁客生物聯(lián)合創(chuàng)始人王瑞、財(cái)務(wù)負(fù)責(zé)人蔣躍征等陪同接待，并與調(diào)研團(tuán)隊(duì)進(jìn)行座談交流。
座談會上，王瑞首先對市科委領(lǐng)導(dǎo)一行的到來表示熱烈歡迎，并圍繞百邁客生物的發(fā)展歷程、核心業(yè)務(wù)板塊、核心技術(shù)優(yōu)勢，以及未來在基因科技領(lǐng)域的長期戰(zhàn)略布局作詳細(xì)介紹。她強(qiáng)調(diào)，百邁客生物始終以?“技術(shù)創(chuàng)新驅(qū)動產(chǎn)業(yè)發(fā)展”?為核心理念，深耕生命科學(xué)領(lǐng)域，致力于為生命科學(xué)領(lǐng)域提供高質(zhì)量的產(chǎn)品與服務(wù)。
隨后，市科委各位領(lǐng)導(dǎo)結(jié)合各自分管領(lǐng)域，針對百邁客生物的發(fā)展痛點(diǎn)與未來方向，提出了兼具專業(yè)性與指導(dǎo)性的建議：
李萍書記對百邁客生物在基因科技領(lǐng)域的科技創(chuàng)新突破及產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)化方面取得的成果給予高度肯定。她明確表示，市科委將進(jìn)一步加大對科技服務(wù)型企業(yè)的扶持力度，尤其在研發(fā)投入、人才引進(jìn)、平臺建設(shè)等方面提供更多政策賦能，助力企業(yè)攻克技術(shù)難關(guān)、擴(kuò)大發(fā)展規(guī)模。
李潛部長聚焦醫(yī)藥健康領(lǐng)域前沿技術(shù)的政策導(dǎo)向，結(jié)合行業(yè)人才需求趨勢，為百邁客生物解讀了最新政策支持方向，幫助企業(yè)更好把握行業(yè)機(jī)遇、應(yīng)對發(fā)展挑戰(zhàn)。
付文均部長圍繞?“科技服務(wù)業(yè)與企業(yè)需求深度融合”?的核心，提出了具體建議。
曲宏部長則結(jié)合百邁客生物的技術(shù)特點(diǎn)，從科技應(yīng)用場景拓展、產(chǎn)學(xué)研合作等方面，提供了系統(tǒng)性的指導(dǎo)思路，為企業(yè)拓寬發(fā)展邊界提供參考。
此次調(diào)研不僅深化了市科委對百邁客生物發(fā)展現(xiàn)狀與核心需求的精準(zhǔn)了解，更為企業(yè)后續(xù)在政策對接、資源整合、戰(zhàn)略規(guī)劃等方面提供了明確的方向和支持等方面提供了明確的方向指引與支持。百邁客生物將以此為契機(jī)，進(jìn)一步加強(qiáng)與政府部門的常態(tài)化溝通協(xié)作，加速科技創(chuàng)新與成果轉(zhuǎn)化，為推動北京國際科技創(chuàng)新中心建設(shè)、助力基因科技行業(yè)高質(zhì)量發(fā)展積極貢獻(xiàn)企業(yè)力量。
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BH1000時(shí)空成像系統(tǒng)
成像在空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)中的重要作用
空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，其核心在于將測序數(shù)據(jù)與精確的成像相結(jié)合。然而，實(shí)踐中我們有時(shí)會不自覺地將焦點(diǎn)過度集中在測序數(shù)據(jù)上，而忽略了同樣關(guān)鍵的成像環(huán)節(jié)。在空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)的全過程中，其中有三個關(guān)鍵步驟需要成像：
結(jié)構(gòu)確認(rèn)
在樣本完成質(zhì)檢并合格后，需要對研究的目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行確認(rèn)，可以利用BH1000進(jìn)行高清（標(biāo)配高品質(zhì)平場復(fù)消色差物鏡，20×物鏡，數(shù)值孔徑N.A.≥0.8,?同時(shí)最多支持拓展4個物鏡）的明場成像來進(jìn)行判斷。
組織優(yōu)化
通過BH1000快速（20X，8mm*8mm,小于50S）得到高清明場圖像與高清的熒光（支持7個熒光通道,各通道有獨(dú)立傳感器，電動切換，標(biāo)配明場、?DAPI、FITC和CY3）成像結(jié)果來選擇最優(yōu)的透化時(shí)間（需要選擇熒光最亮且符合相應(yīng)明場結(jié)構(gòu)無明顯逸散的梯度）
基因表達(dá)
可以利用BH1000對明場及熒光掃描過程中經(jīng)常出現(xiàn)的拼接錯誤進(jìn)行校準(zhǔn)（自主研發(fā)BMCHiper軟件，搭配自研半透半返模塊，實(shí)現(xiàn)圖像無錯校準(zhǔn)），得到原片無錯高清的熒光圖像與原片無錯高清的明場圖像，為后續(xù)空間數(shù)據(jù)準(zhǔn)確的定位和可視化提供基礎(chǔ)，使得復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)能夠轉(zhuǎn)化為最直觀，最精準(zhǔn)的生物學(xué)見解。
BMKMANU BH1000產(chǎn)品
BMKMANU BH1000是專門適配精準(zhǔn)空間組學(xué)BMKMANU S系列產(chǎn)品的成像系統(tǒng)，它不僅可以實(shí)現(xiàn)各類物種及各類玻片標(biāo)本的快速全切片掃描成像，還能能夠滿足百創(chuàng)空間組學(xué)中各個實(shí)驗(yàn)環(huán)節(jié)的成像需求，更能搭配使用百創(chuàng)細(xì)胞分割算法，結(jié)合其輸出的原片無錯高清明場成像，原片無錯高清熒光成像實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)空間單細(xì)胞分割。
產(chǎn)品參數(shù)
產(chǎn)品優(yōu)勢
用戶友好型界面，可實(shí)現(xiàn)一鍵式操作，自動對焦、自動掃描，圖像質(zhì)量優(yōu)異
50S內(nèi)可完成8mm*8mm 20X掃描，支持掃描25mm*60mm,原片明場及原片熒光成像
多層掃描：支持多景深模式和融合模式
支持多區(qū)域掃描
精準(zhǔn)細(xì)胞分割：內(nèi)嵌圖像校準(zhǔn)模式，可以實(shí)現(xiàn)對圖像進(jìn)行校準(zhǔn)拼接，直接輸出原片無錯圖像
七通道多色熒光
拓展應(yīng)用范圍
“療猘犬咬人方，仍殺所咬犬，取腦敷之，后不復(fù)發(fā)”—東晉?葛洪《肘后備急方》
這是最早關(guān)于人類免疫學(xué)應(yīng)用的記錄。公元前?400?年，中國可能已有人痘苗接種預(yù)防天花的方法，到?16?世紀(jì)明朝隆慶年間，人痘接種法得到重大改進(jìn)并廣泛應(yīng)用，17?世紀(jì)傳入俄國、朝鮮、日本、土耳其和英國等國家，至18世紀(jì)末結(jié)束經(jīng)驗(yàn)免疫學(xué)時(shí)期，隨后免疫學(xué)又經(jīng)歷了經(jīng)典免疫學(xué)時(shí)期，近代免疫學(xué)時(shí)期，直到1965年/1968年?B細(xì)胞/T細(xì)胞的發(fā)現(xiàn)開啟了現(xiàn)代免疫學(xué)時(shí)期。
隨著免疫學(xué)的逐步發(fā)展，免疫組學(xué)技術(shù)也隨之進(jìn)入了迅速發(fā)展的時(shí)期，先后發(fā)展出了標(biāo)記免疫組技術(shù)、免疫組化技術(shù)、Bulk?T/BCR測序技術(shù)以及近幾年興起的單細(xì)胞T/BCR測序技術(shù)，并帶動了相關(guān)科學(xué)的進(jìn)步。
2017年，張澤民院士研究組，通過大規(guī)模單細(xì)胞測序技術(shù)對肝癌相關(guān)T淋巴細(xì)胞進(jìn)行分析，首次在單細(xì)胞水平上描繪肝癌微環(huán)境中免疫細(xì)胞圖譜，發(fā)現(xiàn)了肝癌免疫療法的潛在靶點(diǎn)，也為我們從多角度系統(tǒng)性理解肝癌T淋巴細(xì)胞特征奠定了基礎(chǔ)。（2017，Cell，Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing）
2024年，復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院樊嘉院士和高強(qiáng)教授、中國科學(xué)院上海免疫與感染研究所張曉明研究員、浙江大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院郭國驥教授合作在Science上發(fā)表了題為A blueprint for tumor-infiltrating B cells across human cancers的研究論文，結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、 B細(xì)胞受體免疫組庫和表觀基因組的多組學(xué)數(shù)據(jù)，系統(tǒng)性地刻畫了腫瘤浸潤性B細(xì)胞的異質(zhì)性、動態(tài)分化和表觀調(diào)控機(jī)制。創(chuàng)新地揭示了腫瘤微環(huán)境中廣泛存在的EF應(yīng)答的癌種偏好性、空間定位特征、臨床意義及潛在的誘導(dǎo)調(diào)控機(jī)制。
但是，與逐漸成熟的單細(xì)胞T/BCR測序不同，空間T/BCR測序測序技術(shù)還一直未能有較好的測序技術(shù)產(chǎn)品去做支撐，成果尚少，現(xiàn)有的文章技術(shù)還局限于使用早期的低分辨率轉(zhuǎn)錄芯片為依托。成熟穩(wěn)定且高分辨率的空間T/BCR測序技術(shù)產(chǎn)品的缺乏限制了空間免疫組的研究。
百創(chuàng)空間全長免疫組庫測序技術(shù)?BMKMANU?S3000-VDJ
2024年12月，百邁客生物智能制造以廣受市場好評的亞細(xì)胞級S系列空間轉(zhuǎn)錄組芯片為依托，開發(fā)出了在原片上可同時(shí)捕獲3’端轉(zhuǎn)錄組信息以及全長B細(xì)胞受體（BCR）和T細(xì)胞受體（TCR）序列的空間T/BCR測序技術(shù)產(chǎn)品—BMKMANU?S3000-VDJ?，將填補(bǔ)這一技術(shù)產(chǎn)品的缺口。
實(shí)測案例-某腫瘤-百創(chuàng)單細(xì)胞級空間免疫組結(jié)果
BMKMANU?S3000-VDJ?技術(shù)，使用新鮮OCT包埋樣本，在分辨率為3.5μm的芯片上同一張組織切片（10μm）實(shí)現(xiàn)3’端mRNA，以及全長TCR/BCR的捕獲。利用百邁客生物智能制造獨(dú)有的圖像校準(zhǔn)及細(xì)胞分割技術(shù)，得到單細(xì)胞級分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)果及單細(xì)胞級分辨率的空間T/BCR數(shù)據(jù)。
BMKMANU?S3000-VDJ??技術(shù)路線
精準(zhǔn)空間細(xì)胞注釋
得到的單細(xì)胞級空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)果，可以進(jìn)行常規(guī)的空間轉(zhuǎn)錄組分析，并進(jìn)行精準(zhǔn)的細(xì)胞注釋。
精準(zhǔn)細(xì)胞注釋及T/B細(xì)胞的空間分布
T/B細(xì)胞的亞群定位
對于得到的T細(xì)胞及B細(xì)胞又可以繼續(xù)進(jìn)行詳細(xì)的亞群分類，同時(shí)探討亞群之前的相互轉(zhuǎn)換關(guān)系以及與表型之前的關(guān)系。
T/B Cells 亞群分類，亞群空間分布及亞群發(fā)育軌跡分析
TCR/BCR?空間分布以及豐度分析
TCR和BCR的豐度分析可以揭示免疫反應(yīng)的多樣性和動態(tài)變化。例如，TCR的多樣性在腫瘤進(jìn)展過程中會發(fā)生變化，早期肝癌患者的TCR和BCR均勻性更高，而晚期患者則表現(xiàn)出較低的均勻性。此外，TCR和BCR的豐度變化也可以反映免疫細(xì)胞的激活狀態(tài)和克隆擴(kuò)增情況。
克隆型空間分布以及豐度分析
腫瘤樣本我們可以類比為一處具有復(fù)雜地貌的特殊地理環(huán)境，不同的環(huán)境造就了各種細(xì)胞的不同狀態(tài)，而T/B細(xì)胞在不同的“選擇壓力”下邊進(jìn)行了不同的“適應(yīng)性進(jìn)化”。對不同生態(tài)位的T/B細(xì)胞尤其是TCR/BCR進(jìn)行測定，有助于我們?nèi)ソ沂久庖呒?xì)胞的克隆起源和進(jìn)化過程。例如，通過分析TCR的VDJ重排，可以追蹤T細(xì)胞克隆的起源和擴(kuò)增過程。這種分析有助于理解免疫細(xì)胞在不同生理和病理狀態(tài)下的動態(tài)變化。
百創(chuàng)單細(xì)胞級空間全長免疫組產(chǎn)品?BMKMANU?S3000-VDJ，將幫助科研者解決整個轉(zhuǎn)錄組和組織形態(tài)學(xué)問題，實(shí)現(xiàn)人類腫瘤或其它病變組織中B細(xì)胞和T細(xì)胞克隆的高保真定位和空間譜系追蹤，將在一定程度上促進(jìn)對各種臨床相關(guān)現(xiàn)象（如感染、疫苗接種和癌癥）中淋巴細(xì)胞空間動力學(xué)的理解。
]]>劉恒康博士研究方向?yàn)槔每臻g多組學(xué)探究腫瘤細(xì)胞遺傳變異及其與微環(huán)境的相互作用在腫瘤演化過程中的規(guī)律和機(jī)制。在本次講座中劉博士分享了一篇發(fā)表于Cancer Cell的封面文章，其中百邁客生物為該研究提供了百創(chuàng)S1000空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)。
與以往研究不同的是，這篇文章在研究中同時(shí)納入原發(fā)灶以及侵襲性黑色素瘤，結(jié)合多組學(xué)技術(shù)手段，挖掘腫瘤侵襲的克隆演化規(guī)律的同時(shí)，發(fā)現(xiàn)了AM（原位肢端黑色素瘤）的C3分子亞型預(yù)后更差，這與C3亞型微環(huán)境中浸潤更多免疫細(xì)胞以及免疫抑制微環(huán)境相關(guān)。其中APOE+/CD163+巨噬細(xì)胞通過IGF1-IGF1R促進(jìn)了腫瘤細(xì)胞EMT轉(zhuǎn)化，這一發(fā)現(xiàn)也在體外細(xì)胞共培養(yǎng)實(shí)驗(yàn)、額外的患者隊(duì)列中得到了驗(yàn)證，為臨床評估黑色素瘤患者預(yù)后提供了新的視角，即肢端型黑色素瘤組織中APOE+CD163+雙陽與患者更差預(yù)后相關(guān)。
首期 “一作面對面” 腫瘤專題講座圓滿收官，前沿干貨精彩紛呈！
百邁客生物 “一作面對面” 腫瘤專題系列講座將持續(xù)推出肺癌、肝癌、結(jié)直腸癌、胃癌、乳腺癌、宮頸癌、前列腺癌等多癌種專場，致力于打造腫瘤醫(yī)學(xué)領(lǐng)域前沿研究的高端分享平臺 —— 聚焦研究思路與成果的深度交流，探索臨床問題向科學(xué)研究的轉(zhuǎn)化路徑，解析前沿技術(shù)驅(qū)動的認(rèn)知革新，并揭示科研成果的臨床價(jià)值落地邏輯。
誠邀腫瘤研究領(lǐng)域?qū)＜覍W(xué)者共聚云端
愿思維碰撞出的火花
最終變?yōu)榱一鸱賰舨⊥丛旄V大患者
7月9日19:30
我們下期再會！
]]>中山大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院李霖鋒教授以“雜草稻的起源與適應(yīng)性進(jìn)化”為題，依托《Nature Communications》發(fā)表的題為”Porous borders at the wild-crop interface promote weed adaptation in Southeast Asia”?的文章，以文章中雜草稻基因組組裝及群體進(jìn)化為基礎(chǔ)，延伸介紹了從雜草稻的表性調(diào)研及分類，馴化過程中的品系選育，馴化關(guān)鍵基因選擇以及雜草稻適應(yīng)性進(jìn)化研究對栽培水稻育種的重要作用等，整場演講深入淺出，引起了各位老師的熱烈討論。
北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院陳為凱副研究員陳老師則以“本氏煙草完整基因組揭示其著絲粒復(fù)雜結(jié)構(gòu)及進(jìn)化歷史”為題，詳細(xì)介紹了老師在《Nature Plants》發(fā)表的題為?“The complete genome assembly of Nicotiana benthamiana reveals the genetic and epigenetic landscape of centromeres”?的研究課題，演講內(nèi)容從煙草的T2T基因組組裝開始，深入分析了不同物種著絲粒標(biāo)志序列特征并對其進(jìn)行分類，整合Chip-seq及甲基化數(shù)據(jù)共同構(gòu)建了本氏煙草著絲粒形成和進(jìn)化的模型，該模型涉及新著絲粒的形成及反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子等方面信息，整場演講內(nèi)容詳盡思路完整，也引發(fā)了各位在場老師的思考。
百邁客生物高級產(chǎn)品經(jīng)理聶寧寧圍繞兩位學(xué)者研究中涉及的基因組學(xué)與群體進(jìn)化研究相關(guān)組學(xué)工具展開深度解析。
這場學(xué)術(shù)盛宴雖已落幕，但其引發(fā)的思考與探索仍在持續(xù)。7月16日14:00，我們將迎來第二期直播。屆時(shí)，將有新的行業(yè)權(quán)威專家匯聚一堂，圍繞作物育種領(lǐng)域的新興技術(shù)、前沿理論等展開深入探討，為大家?guī)砀嚓P(guān)于作物育種的創(chuàng)新思路與解決方案。
請持續(xù)關(guān)注百邁客生物官方消息，讓我們共同期待7月16日再次相聚云端，共探作物育種新前沿！
]]>為了推動動物腸道微生物的深入研究，2025年6月24日，百邁客生物特邀三位深耕該領(lǐng)域的權(quán)威專家，以動物營養(yǎng)為核心，開展此次主題學(xué)術(shù)沙龍，圍繞動物腸道微生態(tài)調(diào)控、菌群功能解析、宿主互作機(jī)制等熱點(diǎn)議題，帶來高水準(zhǔn)學(xué)術(shù)報(bào)告。這不僅是一場知識與思想的盛宴，更是探索動物健康養(yǎng)殖、疾病防控新路徑的交流平臺，讓我們共同探討動物腸道微生物世界的無限可能，攜手推動學(xué)科發(fā)展與技術(shù)革新！
會議聚焦：微觀世界大能量
一、反芻動物消化道微生物組互作與功能研究
本次沙龍中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院草原研究所劉孝珍老師探討了反芻動物消化道微生物組研究的重要性，并從不同方向展開：
- 微生物組研究:通過宏基因組組裝基因組技術(shù)，解析微生物組結(jié)構(gòu)組成、與宿主和環(huán)境的關(guān)系以及其功能；
- 互作機(jī)制研究:?探究微生物之間的相互作用機(jī)制，例如群體感應(yīng)以及這些機(jī)制如何影響微生物群落結(jié)構(gòu)和功能；
- 暗物質(zhì)開發(fā)與利用:?挖掘未被充分認(rèn)知的微生物暗物質(zhì)，包括未被培養(yǎng)的微生物類群、非編碼小RNA和未知代謝產(chǎn)物，并開發(fā)其潛在應(yīng)用價(jià)值。
二、畜禽微生物研究的變與不變
本次沙龍西北農(nóng)林科技大學(xué)武老師對國內(nèi)外關(guān)于畜禽微生物組研究工作進(jìn)行了整體梳理，從以下七個部分展開：
- 胃腸道微生物組目錄構(gòu)建及功能挖掘：利用宏基因組及binning分析進(jìn)行胃腸道宏基因組目錄構(gòu)建及功能挖掘，并介紹了其他胃腸道微生物組研究方法；
- 胃腸道微生物互作研究：介紹微生物間互作關(guān)系，及互作關(guān)系的研究方法；
- 胃腸道微生物-宿主互作：介紹近幾年研究比較多的由胃腸道微生物所產(chǎn)生的代謝物，這些代謝物是如何調(diào)控宿主的一系列功能；
- 宿主-胃腸道微生物互作：該部分內(nèi)容闡明了宿主是如何影響微生物，并介紹了一系列近幾年熱門的研究方法；
- 消化道穩(wěn)態(tài)營養(yǎng)與微生物功能調(diào)控：基于消化道健康的五環(huán)標(biāo)準(zhǔn)，開展消化道營養(yǎng)研究，例如圍繞生產(chǎn)效率低下、階段性代謝性疾病多和飼料飼草資源短缺等方向開展飼料養(yǎng)分高效利用的研究；
- 科赫法則-從微生物到微生物組：介紹了微生物時(shí)代的”科赫法則”，如何去實(shí)現(xiàn)由因果關(guān)系到因果機(jī)制的驗(yàn)證，未來又該從哪些角度去展開；
- 高顏值在線數(shù)據(jù)分析、繪圖與論文組圖
三、“腸-生殖”軸建立的作用機(jī)制探究
本次沙龍內(nèi)蒙古大學(xué)周揚(yáng)老師介紹了她近幾年的研究成果，基于“腸-生殖”軸建立的相關(guān)作用機(jī)制，進(jìn)一步去開發(fā)羊營養(yǎng)代謝性疾病的繁殖調(diào)控技術(shù)，研發(fā)提高羊精液品質(zhì)的飼料添加劑。
- 腸-睪軸：構(gòu)建羊代謝紊亂模型，紊亂模型中精子發(fā)生異常、質(zhì)量下降，研究發(fā)現(xiàn)菌群失調(diào)影響膽汁酸水平進(jìn)而影響維生素A吸收，維生素A吸收受阻影響精子發(fā)生，闡明了代謝性紊亂誘發(fā)的反芻動物羊繁殖力下降的腸-睪軸新機(jī)制；
- 腸-睪軸：MLT通過改善腸道菌群的微生態(tài)系統(tǒng)，挽救了代謝素亂疾病引發(fā)的精子發(fā)生異常和睪丸細(xì)胞凋亡，為反芻動物羊由代謝素亂引發(fā)的繁殖疾病診斷和防治提供了新的思路；
- 基于腸-生殖軸進(jìn)行后續(xù)研究：通過補(bǔ)充維生素B1來預(yù)防母體代謝紊亂對雌性后代繁殖性能的影響，這項(xiàng)研究為保護(hù)后代繁殖力提供了新的診療思路；
- 羊精準(zhǔn)繁養(yǎng)育一體化：精準(zhǔn)繁養(yǎng)助力良種培育:建立何時(shí)喂，喂多少，喂什么的標(biāo)準(zhǔn)。針對羊高產(chǎn)經(jīng)濟(jì)性狀(主要圍繞產(chǎn)肉、產(chǎn)奶)，依托已建立益生元庫，研發(fā)提升羊肉和羊奶品質(zhì)的新技術(shù)和新產(chǎn)品。
通過今天的沙龍，我們對腸道菌群之間的協(xié)同互作，菌群對代謝的影響機(jī)制等科學(xué)問題有了更全面的認(rèn)識，也對腸道菌群與宿主的互惠共生關(guān)系有了更深層次的理解。本次沙龍圓滿閉幕，我們將持續(xù)打造第五期微生物領(lǐng)域系列學(xué)術(shù)盛宴，屆時(shí)期待與您在科研長河中激蕩思想，共濺新浪花！
]]>發(fā)布會上，百創(chuàng)智造副總裁劉敏詳細(xì)介紹了百創(chuàng)空間ATAC-Seq技術(shù)原理，產(chǎn)品優(yōu)勢，應(yīng)用場景及實(shí)測數(shù)據(jù)，通過百創(chuàng)獨(dú)有的S系列空間芯片作為底層拓展開發(fā)，實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞級空間ATAC-seq，并表示DEMO數(shù)據(jù)預(yù)計(jì)1-2周發(fā)布。上海達(dá)澈生物高級產(chǎn)品經(jīng)理王雨琦分享了使用百創(chuàng)空間ATAC-seq得到的實(shí)測數(shù)據(jù)。
百創(chuàng)空間ATAC-seq技術(shù)原理
百創(chuàng)空間ATAC-seq產(chǎn)品優(yōu)勢
01??提供ATAC的空間位置信息
傳統(tǒng)的 ATAC-Seq 技術(shù)雖然能夠揭示染色質(zhì)的開放性，但無法提供細(xì)胞在組織中的空間位置信息。百創(chuàng)空間 ATAC-Seq 技術(shù)，能夠在組織切片上直接進(jìn)行染色質(zhì)可及性分析，保留細(xì)胞的空間信息。
02?解碼基因表達(dá)的空間調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
百創(chuàng)空間 ATAC-Seq 技術(shù)能夠同時(shí)分析基因表達(dá)和基因調(diào)控機(jī)制，為空間生物學(xué)研究增加了新的維度。它可以幫助研究人員在空間維度繪制染色質(zhì)可及性圖譜，揭示基因表達(dá)的調(diào)控機(jī)制。
03 多組學(xué)整合：從碎片到全景
空間ATAC-Seq與空間轉(zhuǎn)錄組、空間免疫組、原位熒光等技術(shù)聯(lián)用，實(shí)現(xiàn)“表觀遺傳-轉(zhuǎn)錄組-驗(yàn)證”的多維數(shù)據(jù)整合。這種一體化策略，可幫助科學(xué)家在發(fā)育研究中構(gòu)建更完整的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，甚至發(fā)現(xiàn)此前未知的關(guān)鍵通路。
百創(chuàng)空間ATAC-seq與百創(chuàng)S3000空間轉(zhuǎn)錄組對齊
百創(chuàng)空間ATAC-seq產(chǎn)品實(shí)測數(shù)據(jù)
小鼠胚胎
小鼠腦
肝臟腫瘤
百創(chuàng)智造自主研發(fā)的”空間ATAC-Seq全流程解決方案”，成功填補(bǔ)空間表觀遺傳學(xué)研究領(lǐng)域的商業(yè)化產(chǎn)品空白。該產(chǎn)品通過整合多維組學(xué)分析框架，突破性實(shí)現(xiàn)了染色質(zhì)開放區(qū)域的三維空間解析，為科研工作者構(gòu)建”時(shí)空分辨-基因調(diào)控”研究體系提供關(guān)鍵工具。其創(chuàng)新性技術(shù)方案將深度賦能發(fā)育分化機(jī)制解析、腫瘤免疫微環(huán)境解碼、神經(jīng)退行性疾病研究等重大科學(xué)命題。
未來，百創(chuàng)智造將持續(xù)以技術(shù)創(chuàng)新驅(qū)動行業(yè)發(fā)展，與全球科研伙伴攜手，共同解鎖生命科學(xué)的更多未知奧秘，讓空間生物學(xué)研究從 “單一視角” 邁向 “全景解析” 的新時(shí)代！
在測序技術(shù)的不斷發(fā)展中，DNBseq及SURFseq?等國產(chǎn)測序儀的強(qiáng)勢崛起給國內(nèi)育種科學(xué)家提供了多元選擇：DNBseq主要基于DNBSEQ 技術(shù)（DNA納米球測序技術(shù)），結(jié)合聯(lián)合探針錨定聚合（cPAS）技術(shù)實(shí)現(xiàn)高通量測序；SURFseq基于“可逆末端終止測序法”技術(shù)路線，突破性推出TB級別桌面測序儀，縮短測序周期。目前，這兩種二代測序技在作物育種中具有廣泛的應(yīng)用，顯著提高育種效率、降低成本，并加速優(yōu)良品種的培育。
SURFseq&DNBSEQ平臺協(xié)助作物領(lǐng)域研究實(shí)例
文章題目：Improving Seed Shattering Resistance in Wild O. alta Rice with Mesoporous Silica Nanoparticle Delivery Systems[1]
中文題目：介孔二氧化硅納米粒子遞送系統(tǒng)提高野生稻種子易碎抗性
發(fā)表時(shí)間：2024.09
當(dāng)前全球局勢下氣候的劇烈變化及人口進(jìn)一步增長加劇了對糧食作物需求的增長，在農(nóng)業(yè)中會利用野生稻對栽培水稻進(jìn)行種質(zhì)改良，這一過程的一個關(guān)鍵挑戰(zhàn)是針對種子破碎的問題，種子破碎的物理結(jié)構(gòu)是花梗中的脫落層（AL），其形成受環(huán)境因素和植物激素變化的影響，利用傳統(tǒng)基因工程靶向種子破碎相關(guān)基因的沉默或敲除可以產(chǎn)生種子不破碎的表型，但是難免會對其他表型產(chǎn)生影響，因此本研究開發(fā)了一種利用納米材料介孔二氧化硅納米顆粒（MSNs）改進(jìn)CRISPR-Cas系統(tǒng)的方法對靶基因進(jìn)行沉默，這種MSN-siRNA遞送系統(tǒng)可以作為一種靈活可逆的作物性狀改良工具。而其中利用真邁測序平臺SURFseq 5000進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序研究了MSN-siRNA遞送系統(tǒng)中各種成分對植物的影響，結(jié)果表明了MSN-siRNA傳遞系統(tǒng)可能通過克服植物細(xì)胞屏障，包括細(xì)胞壁和膜，有效地傳遞siRNA并誘導(dǎo)特定的生理反應(yīng)。
文章題目：The cellulose synthase-like G3 (CslG3) gene mediates polysaccharide synthesis and drought stress response in Dendrobium catenatum[2]
中文題目：類纖維素合酶G3（CslG3）介導(dǎo)鐵皮石斛多糖合成和干旱脅迫反應(yīng)
發(fā)表時(shí)間：2024.07
鐵皮石斛（Dendrobium catenatum）是一種著名的觀賞藥用植物，具有增強(qiáng)免疫力、抗氧化作用，這些效應(yīng)歸因于生物活性次生代謝物的積累，包括多糖、類黃酮、生物堿、萜類化合物等，其中，多糖是鐵皮石斛的主要活性成分，具有增強(qiáng)免疫力、降血糖、抗氧化、抗疲勞和抗腫瘤作用，因此，多糖含量是鐵皮石斛的主要質(zhì)量指標(biāo)，葡甘露聚糖被認(rèn)為是鐵皮石斛莖中的主要多糖，甘露糖與葡萄糖的比例不同，導(dǎo)致每種葡甘露聚糖的功能存在較大差異。許多研究表明，CesA?基因調(diào)節(jié)甘露聚糖合成，此外，SUS?可以與 CesA?相互作用，為細(xì)胞壁合成提供 UDP-葡萄糖，類纖維素合酶（Csl）基因與 CesA?家族基因具有高度序列相似性，在甘露聚糖的生物合成中起著至關(guān)重要的作用，為了挖掘?qū)е露嗵呛坎町惖墓δ芑颍狙芯炕贒NBSEQ測序平臺，從兩個多糖含量由顯著差異品種的鐵皮石斛轉(zhuǎn)錄組中鑒定了 Csl?基因家族，并研究了它們的物理化學(xué)性質(zhì)和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系，又進(jìn)一步確定了 DcCslG3b?在不同組織中的亞細(xì)胞定位和表達(dá)模式，此外，還測試了 DcCslG3b?介導(dǎo)的非生物脅迫反應(yīng)是否有助于孤立葉片的水分流失率。
文章題目：Sequencing and?analysis of?complete chloroplast genomes of?einkorn wheats?Triticum sinskajae and?Triticum monococcum accession k-20970[3]
中文題目：單粒小麥Triticum sinskajae和Triticum monococcum保藏號k-20970葉綠體全基因組測序與分析
發(fā)表時(shí)間：2024.01
單粒小麥包含一粒小麥（Triticum monococcum?L.），野生一粒小麥(Triticum boeoticum?Boiss.) 和烏拉爾圖小麥(Triticum urartu)三種二倍體小麥，而辛斯卡婭小麥（Triticum sinskajae）也經(jīng)常被認(rèn)為是第四種單粒小麥，辛斯卡婭小麥可長到120厘米高，特征為軟質(zhì)的穗殼、較短但更密的穗、較大的小穗和發(fā)育較差的芒，光滑的光澤性穗殼等特征。辛斯卡婭小麥?zhǔn)且环N研究較少的植物，很少被納入禾本科族的系統(tǒng)發(fā)育研究中，因此對其核基因組和葉綠體基因組進(jìn)行測序非常重要，研究其在黑麥屬中的系統(tǒng)發(fā)育位置也非常有意義，然而目前還有不少科研人員認(rèn)為將辛斯卡婭小麥作為一個獨(dú)立物種缺少足夠的證據(jù)，因此本次研究目標(biāo)是測序并比較辛斯卡婭小麥和一粒小麥，以及野生一粒小麥的葉綠體基因組，以闡明黑麥的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。本研究中基于真邁國產(chǎn)測序平臺Genolab M對辛斯卡婭小麥和一粒小麥，以及野生一粒小麥的葉綠體基因組進(jìn)行了測序，結(jié)果表明辛斯卡婭小麥可能是由于生殖隔離產(chǎn)生的一種獨(dú)立物種，而不是一粒小麥的突變體。
DNBSEQ&SURFseq平臺協(xié)助作物領(lǐng)域測試結(jié)果展示
自10年前DNBSEQ測序技術(shù)的首款國產(chǎn)基因測序儀BGISEQ-500發(fā)布以來，DNBSEQ系列測序平臺已助力發(fā)表超1w+高質(zhì)量文章，建立了國產(chǎn)測序儀的國際口碑，而近兩年來，SURFseq作為國產(chǎn)測序儀的新秀，也以其低成本，通量高及優(yōu)秀的數(shù)據(jù)表現(xiàn)逐漸受到科研人員的認(rèn)可，以下是北京百邁客生物科技有限公司基于SURFseq測序平臺的測試數(shù)據(jù)結(jié)果展示
| 文庫 | 物種 | 平臺 | 原始產(chǎn)出（G） | 過濾有效率 | useQ30 | Mapped(%) | Unique_mapped | Conversion |
| Trans | 玉米 | NovaX | 8.57 | 94% | 94.53 | 88.1% | — | — |
| SURF | 8.60 | 97% | 95.98 | 89.1% | — |
— |
||
| WGS | 白菜 | NovaX | 87.54 | 95% | 93.92 | 98.6% | — | 91.01% |
| SURF | 92.97 | 96% | 95.47 | 98.8% | — | 91.23% | ||
| Lnc | 銀杏 | NovaX | 21.39 | 94% | 93.95 | 95.18% | — | |
| SURF | 19.86 | 97% | 95.96 | 95.91% | — | |||
| WGBS | 西瓜 | NovaX | 87.54 | 95% | 93.92 | — | 38.84% | 99.58% |
| SURF | 92.97 | 96% | 95.47 | — | 41.31% | 99.61% |
真邁SURFSeq 5000與主流進(jìn)口測序儀同批樣本測試中數(shù)據(jù)表現(xiàn)
每種文庫類型上機(jī)4-8個重復(fù)，下機(jī)統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)質(zhì)量與基礎(chǔ)質(zhì)控結(jié)果，可以看出SURFseq 5000測序結(jié)果整體產(chǎn)出數(shù)據(jù)高質(zhì)量數(shù)據(jù)及有效數(shù)據(jù)比例更高，比對率覆蓋度等指標(biāo)與Nova X plus平臺相比基本持平，數(shù)據(jù)質(zhì)量穩(wěn)定可靠。
Trans及LncRNA文庫SURFseq 5000及Nova X plus平臺各重復(fù)樣本相關(guān)性統(tǒng)計(jì)，整體相關(guān)性在98%以上，數(shù)據(jù)分析結(jié)果與主流平臺結(jié)果一致性較高。
甲基化DMR分析結(jié)果顯示，SURFseq 5000 測序數(shù)據(jù)（Z007及Z008）鑒定DMR數(shù)要多于Nova X plus測序同批數(shù)據(jù)（B921-7及B921-8），且根據(jù)韋恩圖統(tǒng)計(jì)結(jié)果來看，SURFseq 5000 測序兩個重復(fù)樣本重合的DMR較Nova X plus測序的兩重復(fù)樣本更多，測序結(jié)果一致性更好。實(shí)測數(shù)據(jù)顯示：SURFseq能夠完美復(fù)刻甚至優(yōu)于國際主流平臺的數(shù)據(jù)質(zhì)量。
優(yōu)種計(jì)劃啟動!基因科技助力中國糧倉升級
2025年，為了加速國產(chǎn)優(yōu)質(zhì)作物種質(zhì)培育及推動優(yōu)化國內(nèi)糧食作物產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)，北京百邁客生物科技有限公司投放百萬補(bǔ)貼正式啟動【優(yōu)種計(jì)劃】! 該計(jì)劃將聚焦水稻、小麥、大豆等糧食作物及棉花，油菜等經(jīng)濟(jì)作物，基于優(yōu)質(zhì)國產(chǎn)平臺，覆蓋基因組學(xué)、群體研究、轉(zhuǎn)錄表觀組學(xué)等多種科研技術(shù)致力于構(gòu)建國產(chǎn)種質(zhì)資源基因數(shù)據(jù)庫，為培育高產(chǎn)、抗逆、優(yōu)質(zhì)新品種提供精準(zhǔn)導(dǎo)航。
一粒良種，萬物生長。讓我們用基因密碼解鎖豐收未來，共同筑牢大國糧倉根基，掃描下方二維碼報(bào)名即有機(jī)會加入本次科研助農(nóng)計(jì)劃!
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【參考文獻(xiàn)】
1: Liu Z, Zhang J, Cai Y, Wang H, Luo M, Li J, Yu H, Meng X, Cao Y. Improving?Seed Shattering Resistance in Wild <i>O. alta</i> Rice with Mesoporous Silica?Nanoparticle Delivery Systems. Nano Lett. 2024 Sep 25;24(38):11823-11830. doi:10.1021/acs.nanolett.4c02297.
2:Hongyan Hou, Junxia Wu, Yu Zhang, Chenfei Lu, Wu Jiang, Yanghui Shen, Lanying Pan, Qingsong Shao, Aimin Lv,The cellulose synthase-like G3 (CslG3) gene mediates polysaccharide synthesis and drought stress response in Dendrobium catenatum,Scientia Horticulturae,https://doi.org/10.1016/j.scienta.2024.113514.
3:Kuluev, A., Kuluev, B., Mikhaylova, E. et al. Sequencing and analysis of complete chloroplast genomes of einkorn wheats Triticum sinskajae?and Triticum monococcum?accession k-20970. Genet Resour Crop Evol 71, 3347–3360 (2024). https://doi.org/10.1007/s10722-023-01843-x
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國家級專精特新“小巨人”是工業(yè)和信息化部為貫徹落實(shí)中共中央辦公廳、國務(wù)院辦公廳《關(guān)于促進(jìn)中小企業(yè)健康發(fā)展的指導(dǎo)意見》《財(cái)政部工業(yè)和信息化部關(guān)于支持“專精特新”中小企業(yè)高質(zhì)量發(fā)展的通知》有關(guān)要求，經(jīng)各省級中小企業(yè)主管部門會同財(cái)政部門組織報(bào)送、專家審核等流程評選而出，是中小企業(yè)評定工作中最高等級、最具權(quán)威的榮譽(yù)稱號。
專精特新“小巨人”企業(yè)是“專精特新”企業(yè)中的佼佼者，也是專注于產(chǎn)業(yè)細(xì)分市場、創(chuàng)新能力強(qiáng)、市場占有率高、掌握產(chǎn)業(yè)鏈關(guān)鍵環(huán)節(jié)核心技術(shù)、質(zhì)量效益優(yōu)的排頭兵企業(yè)。
百邁客生物獲得國家級專精特新“小巨人”企業(yè)認(rèn)定，不僅是對公司深耕基因測序領(lǐng)域開展技術(shù)創(chuàng)新、市場開拓、管理提升、戰(zhàn)略轉(zhuǎn)型等方面所取得成果的認(rèn)可，更是對公司長期以來堅(jiān)持自主創(chuàng)新，強(qiáng)化研發(fā)投入的高度肯定。未來，百邁客生物將充分發(fā)揮專、精、特、新的企業(yè)優(yōu)勢，加強(qiáng)技術(shù)創(chuàng)新，不斷提升產(chǎn)品質(zhì)量和市場競爭力，為行業(yè)發(fā)展做出更大貢獻(xiàn)！
發(fā)布會中，百邁客生物智能制造副總裁劉敏對百創(chuàng)S3000空間轉(zhuǎn)錄芯片的性能進(jìn)行了詳細(xì)介紹。百創(chuàng)S3000在6.8mm*6.8mm的捕獲區(qū)域內(nèi)鋪設(shè)了4,144,770個捕獲位點(diǎn)，相鄰兩個捕獲位點(diǎn)的中心距為3.5μm。相較于現(xiàn)在廣受市場認(rèn)可與好評的百創(chuàng)S1000轉(zhuǎn)錄組芯片，捕獲位點(diǎn)數(shù)提升近2倍，分辨率同樣提升近2倍。
相同組織類型，相同數(shù)據(jù)飽和度下，單細(xì)胞級分辨率下，中位基因數(shù)提升30%-60%，中位UMI提升30%-70%。
實(shí)際密度效果提升動圖展示：
實(shí)測數(shù)據(jù)分析結(jié)果概覽
- 小鼠腦結(jié)果
- 小鼠胚胎結(jié)果
同時(shí)，從性能上看，百創(chuàng)S3000芯片的發(fā)布，也將進(jìn)一步加強(qiáng)百創(chuàng)產(chǎn)品“原片無錯高清H&E+原片無錯熒光+原片測序”的效果，“三片合一”實(shí)現(xiàn)更加精準(zhǔn)的細(xì)胞分割，將空間轉(zhuǎn)錄組推進(jìn)到單細(xì)胞分辨率的領(lǐng)域，使空間組學(xué)性能更進(jìn)一步。
三片合一
發(fā)布會現(xiàn)場，百邁客生物創(chuàng)始人兼CEO鄭洪坤說到，百邁客生物在為從事生命科學(xué)研究機(jī)構(gòu)和企業(yè)提供高品質(zhì)、高質(zhì)量的多組學(xué)研究服務(wù)同時(shí)，將會繼續(xù)加大科研力量研發(fā)投入，在智能制造方向打造更多推動行業(yè)發(fā)展的高精尖產(chǎn)品，以空間組學(xué)這一未來技術(shù)趨勢，做精做強(qiáng)百創(chuàng)系列產(chǎn)品，從而利用自身科研服務(wù)和智能制造雙驅(qū)動，助力中國科研事業(yè)向前向快發(fā)展。
百邁客生物創(chuàng)始人兼CEO 鄭洪坤
百創(chuàng)S3000的首批體驗(yàn)用戶在現(xiàn)場分享了試用體驗(yàn)：
中國科學(xué)院北京基因組研究所終身榮譽(yù)研究員于軍老師表示，百邁客生物的百創(chuàng)S3000在精準(zhǔn)醫(yī)療中起著重要的推動作用，未來至少三十年，空間組學(xué)技術(shù)的發(fā)展將越來越受到大家更多的重視。
中國科學(xué)院北京基因組研究所? 于軍研究員
廣東省人民醫(yī)院費(fèi)繼鋒研究員結(jié)合自身產(chǎn)品體驗(yàn)，認(rèn)為百創(chuàng)S3000這個產(chǎn)品的分辨率可以更高更小地縮小這個“局部”，尤其分割之后就可以直接局部成單個細(xì)胞，從而得到更為精準(zhǔn)的結(jié)果。
廣東省人民醫(yī)院 費(fèi)繼鋒研究員
北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院李博生研究員表示，百創(chuàng)S3000相比S1000來講，在相同的捕獲區(qū)域內(nèi)捕獲位點(diǎn)數(shù)及分辨率提升了2倍，更重要的是在相同的單細(xì)胞分辨率下，中位基因數(shù)跟中位UMI都有了30%-70%的提升，這將有利于我們能更好的去解讀信息。
北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院 李博生研究員
中國海洋大學(xué)王瑋教授認(rèn)為，百創(chuàng)S3000空間技術(shù)對研究海鞘這類個體微小的物種具有重要意義。精細(xì)的結(jié)構(gòu)需要精細(xì)的技術(shù)去進(jìn)行研究的支撐，如果使用傳統(tǒng)的空間技術(shù)就很難就解析比較細(xì)微的結(jié)構(gòu)，百創(chuàng)S3000的性能再疊加百創(chuàng)智造的細(xì)胞分割技術(shù)，能夠?qū)⒉煌愋偷募?xì)胞進(jìn)行分割和識別。
中國海洋大學(xué) 王瑋教授
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