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研究背景

枇杷是世界受歡迎的果實(shí)之一，它與蘋果、梨、草莓等經(jīng)濟(jì)物種同屬于薔薇科。枇杷起源于中國，已種植了2000多年，現(xiàn)已廣泛分布在全球30多個(gè)國家，其水果含豐富的營養(yǎng)物質(zhì)，包括糖類、氨基酸、維生素、有機(jī)酸和礦物質(zhì)等。此外，其果實(shí)在食品工業(yè)中也常用來制作果汁、葡萄酒、糖漿和果醬。枇杷在進(jìn)化和馴化歷史上一直存在爭議。目前，野生枇杷為系統(tǒng)進(jìn)化和育種提供了大量寶貴的遺傳資源，野生和栽培種質(zhì)間的遺傳變異變異研究有助于更好地了解作物物種的馴化過程，同時(shí)也為功能基因鑒定提供有效的途徑，后期可以更好地應(yīng)用于遺傳改良。然而，由于復(fù)雜的遺傳背景和悠久的栽培歷史，野生枇杷和栽培枇杷之間的基因組進(jìn)化規(guī)律仍不清楚。

材料方法

Denovo：~159.8 Nanopore?reads（~198.5×），IIIlumina reads，Hi-C，~8G?RNA-seq?data基因組注釋

重測(cè)序：26份栽培枇杷和11份野生枇杷，Illumina測(cè)序，~22.49×

轉(zhuǎn)錄組：果實(shí)未成熟（GF）、果實(shí)轉(zhuǎn)色（CT）和果實(shí)成熟（FR）3個(gè)時(shí)期轉(zhuǎn)錄組分析

代謝組：Jinhua No. 2 FR與GZ-23 FR，Huabai No. 1 FR與GZ-White FR，?LC-MS/MS廣靶

研究結(jié)果

1、野生枇杷GZ-23基因組的組裝及注釋

作者對(duì)野生枇杷（Eriobotrya japonica?Lindl.）（2n = 34）的基因組進(jìn)行了研究，與流式細(xì)胞儀預(yù)估的結(jié)果（～760Mb）相一致，k-mer分析結(jié)果顯示基因組大小為737.06 Mb。隨后，利用152.6 Gb的ONT數(shù)據(jù)（reads N50 = 31.6kb）進(jìn)行基因組組裝，同時(shí)利用二代數(shù)據(jù)糾錯(cuò)和Hi-C數(shù)據(jù)掛載，成功組裝了分布在17條染色體上的783.7 Mb的野生枇杷基因組序列（圖1）；其中，scaffold N50和contig N50分別為41.8Mb和3.9Mb。二代轉(zhuǎn)錄組的回比率為98.7%，CEGMA和BUSCO評(píng)估分別為98.03%和98.27%，表明GZ-23基因組組裝的完整性較好（表1）。進(jìn)而結(jié)合從頭預(yù)測(cè)、同源比對(duì)預(yù)測(cè)和轉(zhuǎn)錄組輔助預(yù)測(cè)，共預(yù)測(cè)到45,791個(gè)基因，鑒定到59.75%的基因組重復(fù)序列，此外，還鑒定出5381個(gè)rRNAs、765個(gè)tRNAs和129個(gè)miRNAs。

表1?野生枇杷基因組組裝統(tǒng)計(jì)及注釋

圖1??野生枇杷基因組組裝特征

2、野生枇杷與12個(gè)物種的比較基因組分析

為研究野生枇杷基因組特征及進(jìn)化，作者將其與藍(lán)星睡蓮、水稻、鐵皮石斛、番茄，茶樹、獼猴桃、蘋果、白梨、野草莓、擬南芥，杧果和葡萄基因組進(jìn)行比較基因組分析，通過基因家族聚類，發(fā)現(xiàn)92%（42,150）的蛋白編碼基因聚為20,668個(gè)基因家族，其中523個(gè)基因家族為枇杷特有的單拷貝（圖2A），主要參生物學(xué)質(zhì)量調(diào)控、激素水平、定位、運(yùn)輸和生長素極性運(yùn)輸?shù)壬镞^程。通過4DTv和Ks對(duì)全基因組復(fù)制事件分析表明，枇杷基因組中發(fā)生了兩次全基因組復(fù)制（WGD）事件，最近的WGD事件發(fā)生在30-45 Mya，而古WGD可能發(fā)生在已知的約120~130 Mya的古六倍化WGT(γ)事件。系統(tǒng)分化表明，枇杷與蘋果和梨擁有共同的祖先，這三個(gè)物種的分化發(fā)生在最近的一次WGD事件之后，通過比較分析，枇杷基因組104個(gè)基因家族發(fā)生擴(kuò)張，僅有一個(gè)基因家族發(fā)生收縮，GO富集分析表明，發(fā)生擴(kuò)張的基因家族主要參與花粉識(shí)別、分生組織發(fā)育與維持、免疫反應(yīng)、和DNA代謝過程的調(diào)節(jié)等生物過程；KEGG分析表明，主要參與半乳糖代謝、氨基酸代謝、氨基糖/核苷酸糖代謝、氮代謝、不飽和脂肪酸生物合成等通路。收縮的基因家族的生物學(xué)過程只參與了蛋白質(zhì)磷酸化。

圖2?野生枇杷比較基因組分析

3、枇杷種質(zhì)多樣性研究

對(duì)26個(gè)典型的枇杷栽培種質(zhì)資源（代表全球不同地區(qū)的栽培種質(zhì)資源）和11個(gè)來自中國西南地區(qū)的野生種質(zhì)資源進(jìn)行了全基因組重測(cè)序，平均深度為22.49×，共鑒定出10,978,138個(gè)高質(zhì)量的SNP。系統(tǒng)發(fā)育和主成分（PCA）分析表明，野生種質(zhì)和栽培種質(zhì)聚為兩個(gè)不同的組（圖3A和B）。野生枇杷的核苷酸多樣性(π)（2.28×10^?3）高于栽培枇杷（1.44×10^?3），LD衰減速度快于栽培枇杷（圖3C），期望雜合度和觀測(cè)雜合度的平均值均顯著高于栽培枇杷。進(jìn)一步利用Structure對(duì)種群結(jié)構(gòu)分析顯示，當(dāng)K=2時(shí)，所有個(gè)體被清楚地細(xì)分為野生和栽培種質(zhì)的兩個(gè)特定分支（圖3D）。

圖3?野生和栽培枇杷的群體結(jié)構(gòu)分析

果實(shí)品質(zhì)和色澤是枇杷的重要農(nóng)藝性狀，選擇清除分析結(jié)果鑒定到283個(gè)受選擇區(qū)域，包含2,381個(gè)基因，這些基因功能主要涉及糖、有機(jī)酸、脂肪酸、氨基酸、類黃酮、類胡蘿卜素和植物激素的生物合成和代謝途徑（圖4D），參與果實(shí)品質(zhì)與色澤。同時(shí)，收到選擇的還有果實(shí)大小相關(guān)的基因如BZR1、BZR2、IAA26、NAC、SAUR32和SAUR72等。另外，這些基因在淀粉和蔗糖代謝、碳代謝、果糖和甘露糖代謝、植物-病原體相互作用、脂肪酸代謝、苯丙素生物合成、類黃酮生物合成、類黃酮生物合成、類胡蘿卜素生物合成和植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等通路顯著富集。綜合這些結(jié)果，作者提出了一種獨(dú)特的枇杷果實(shí)品質(zhì)和果肉顏色的馴化模式。

圖4?野生枇杷與栽培枇杷選擇清除分析

4、枇杷果實(shí)中基因表達(dá)特性研究

栽培枇杷的果實(shí)味道優(yōu)于野生枇杷，為了確定參與果實(shí)品質(zhì)的關(guān)鍵調(diào)控基因，作者對(duì)果實(shí)發(fā)育和成熟的三個(gè)階段（即果實(shí)未成熟（GF）、果實(shí)轉(zhuǎn)色（CT）和果實(shí)成熟（FR））進(jìn)行了比較轉(zhuǎn)錄組分析。在3個(gè)發(fā)育階段共表達(dá)了23,275個(gè)基因，其中5,435個(gè)基因表達(dá)存在顯著差異（圖5A和B），這些差異表達(dá)基因（DEGs）可能有助于果實(shí)的獨(dú)特特征，主要富集在淀粉和蔗糖代謝、植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、MAPK信號(hào)通路等途徑。與野生枇杷相比，栽培枇杷在果實(shí)發(fā)育過程中主要在糖代謝、植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、類黃酮生物合成和類胡蘿卜素生物合成等途徑富集（圖5C和D）。其中，淀粉和蔗糖代謝相關(guān)基因均在栽培枇杷的CT和FR期顯著上調(diào)（圖5E）。同時(shí)，發(fā)現(xiàn)大多數(shù)類胡蘿卜素生物合成相關(guān)基因，在紅色果實(shí)中表達(dá)明顯高于白色果實(shí)，與長期以來認(rèn)知一致，即枇杷的紅色果肉是類胡蘿卜素積累的結(jié)果。

圖5?枇杷差異表達(dá)基因（DEGs）

5、枇杷果實(shí)中代謝產(chǎn)物變化研究

為了確定FR階段的代謝變化，作者基于廣靶的LC-MS/MS對(duì)野生枇杷和栽培枇杷進(jìn)行了代謝組研究，共鑒定出1040種代謝物，利用層次聚類分析（HCA）和主成分分析（PCA）對(duì)4種枇杷果實(shí)的代謝產(chǎn)物進(jìn)行了分類，發(fā)現(xiàn)野生枇杷和栽培枇杷在果實(shí)發(fā)育過程中代謝產(chǎn)物譜存在顯著差異。Jinhua No. 2 FR與GZ-23 FR的代謝組學(xué)分析顯示，共有371個(gè)差異積累代謝物（DAMs），其中149個(gè)上調(diào)，222個(gè)下調(diào)（圖6D）。但是野生枇杷中一些重要的類黃酮類化合物均顯著上調(diào)。Huabai No. 1 FR與GZ-White FR比較，共有413個(gè)DAMs表現(xiàn)出顯著差異，其中上調(diào)63個(gè)，下調(diào)350個(gè)（圖6C）。其中，鼠李糖、棉子糖、D-葡萄糖、D-半乳糖、D-甘露糖和肌醇在白肉枇杷中顯著上調(diào)。有機(jī)酸中，茉莉酸和2-吡啶甲酸在白葉枇杷中顯著上調(diào)（圖6E）。

圖6 野生與栽培枇杷成熟果實(shí)的代謝組學(xué)分析

最后，為了進(jìn)一步準(zhǔn)確了解成熟果實(shí)中轉(zhuǎn)錄水平與代謝物變化之間的關(guān)系，作者進(jìn)行了DEGs與DAMs之間的相關(guān)分析，其中，變化趨勢(shì)相同的DEGs和DAMs主要涉及類黃酮、酚酸類、氨基酸及其衍生物、萜類、有機(jī)酸、脂類等（圖7）。

圖7 成熟果實(shí)轉(zhuǎn)錄組與代謝組的相關(guān)性分析

總結(jié)

野生枇杷為改良品種的馴化和育種研究提供了豐富的遺傳資源。作者組裝出野生枇杷染色體水平的基因組，比較基因組研究表明枇杷與蘋果和梨擁有一個(gè)共同的祖先，且在枇杷分化之前就發(fā)生了一次WGD事件?；蚪M重測(cè)序結(jié)果表明，野生枇杷較栽培枇杷具有較高的遺傳多樣性，果實(shí)質(zhì)量、大小和葉片顏色相關(guān)性狀基因在馴化過程中受到了選擇。進(jìn)一步通過轉(zhuǎn)錄組和代謝組分析鑒定到野生和栽培枇杷在果實(shí)發(fā)育不同階段的DEGs和DAMs，關(guān)鍵差異基因和代謝物主要涉及糖代謝、植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、類黃酮和類胡蘿卜素生物合成。這些高質(zhì)量的參考基因組、重測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組和代謝組分析為闡明枇杷的果實(shí)馴化和分子育種研究提供了有利保障。

原文鏈接：https://doi.org/10.1093/hr/uhac265

近日，Nucleic acids research（IF=19.160）在線發(fā)表了由復(fù)旦大學(xué)戚繼研究員團(tuán)隊(duì)和江西農(nóng)業(yè)大學(xué)國春策教授團(tuán)隊(duì)合作完成的研究論文“A spatiotemporal atlas of organogenesis in the development of orchid flowers”。本研究應(yīng)用10x Visium空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)對(duì)蘭科植物蝴蝶蘭（Phalaenopsis?Big Chili）的花器官的發(fā)育過程進(jìn)行了研究。通過分析數(shù)千個(gè)與花發(fā)育相關(guān)基因的空間表達(dá)分布，高分辨率地識(shí)別了蘭花早期發(fā)育的多種細(xì)胞類型。百邁客有幸參與此項(xiàng)研究工作，為該研究提供了空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)。接下來，我們一起來看一下這篇文章講了一個(gè)怎樣的精彩故事。

花器官的發(fā)育是被子植物中特有的一個(gè)神秘過程，涉及到細(xì)胞在特定位點(diǎn)的生長、分裂和分化以及細(xì)胞與細(xì)胞之間的相互作用等一系列細(xì)胞活動(dòng)。典型的高等植物花器官一般可以分為四輪結(jié)構(gòu),從外向內(nèi)依次是萼片、花瓣、雄蕊和心皮。而控制花的四輪結(jié)構(gòu)發(fā)育的就是典型的“ABC”模型，MADS-box基因在其中起著非常重要的作用。

蘭科是被子植物中較大的科之一，有763屬，28,000多個(gè)種，被認(rèn)為是研究花器官發(fā)育和進(jìn)化的模式科。然而，對(duì)蘭花花發(fā)育復(fù)雜過程的全面認(rèn)識(shí)還遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠，特別是缺乏對(duì)其器官發(fā)生關(guān)鍵調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的時(shí)空研究。

1、蘭花花器官早期發(fā)育的空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和細(xì)胞類型識(shí)別

為了提供花器官發(fā)生的時(shí)空細(xì)胞圖譜，以便全面理解器官發(fā)生的復(fù)雜過程，本研究在10×?Visium平臺(tái)上對(duì)蝴蝶蘭(P. Big Chili)三個(gè)總狀花序組織樣本的矢狀面進(jìn)行了空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，從時(shí)期上覆蓋了花序分生組織存在到接近成熟的花器官的大部分早期發(fā)育階段（圖1A）。研究團(tuán)隊(duì)利用自主開發(fā)的STEEL算法，將空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)清晰地分為40個(gè)clusters（圖1B、C）。其中，花被片、唇瓣和花柱組織中的beads聚類性較好，且與相應(yīng)的組織形態(tài)學(xué)檢測(cè)的觀察結(jié)果高度一致。 總之，三張切片的空間轉(zhuǎn)錄組共檢測(cè)到14,328個(gè)基因的表達(dá)，其中有3,817個(gè)基因被鑒定為特異性或優(yōu)先在一個(gè)或多個(gè)組織中表達(dá)，為后續(xù)詳細(xì)分析從分生組織細(xì)胞到分化后細(xì)胞的細(xì)胞類型變化提供了分子圖譜。

圖1?基于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的蘭花早期發(fā)育階段器官發(fā)生的重建

2.早期花原基存在分生組織細(xì)胞，隨后分化為營養(yǎng)型細(xì)胞和生殖細(xì)胞

為了研究從分生組織細(xì)胞到營養(yǎng)型細(xì)胞(花被、唇瓣)和生殖細(xì)胞(花柱)的分化，研究團(tuán)隊(duì)用Monocle繪制了細(xì)胞狀態(tài)的軌跡。如圖2B所示，三簇分生組織細(xì)胞形成了一條連續(xù)的路徑，代表其發(fā)育過程，與其在組織學(xué)切片上的位置高度一致。該路徑分為兩條子路徑：一條是由花被片中的營養(yǎng)型細(xì)胞組成，另一條由花柱中的花藥原基生殖細(xì)胞組成。細(xì)胞類型變化的軌跡作為動(dòng)態(tài)發(fā)育過程的靜態(tài)投影，也可以理解為分生組織細(xì)胞的擬時(shí)序分化。如圖2C所示，此時(shí)營養(yǎng)型細(xì)胞出現(xiàn)較早，并分散在子路徑的遠(yuǎn)端。共鑒定出4,685個(gè)空間差異基因與發(fā)育擬時(shí)間相關(guān)，對(duì)這些基因繪制分支軌跡基因表達(dá)熱圖，發(fā)現(xiàn)它們隨著發(fā)育路徑的分離表現(xiàn)出不同的表達(dá)模式（圖2D）。MapMan功能富集圖顯示它們主要富集在細(xì)胞壁代謝、激素、脂質(zhì)、蛋白質(zhì)和RNA合成等功能上（圖2E）。通過基因的擬時(shí)分布圖發(fā)現(xiàn)許多其他基因可能在分生組織、營養(yǎng)組織和生殖組織的細(xì)胞分化過程中發(fā)揮作用(圖2F)。

圖2?分生組織細(xì)胞向營養(yǎng)型細(xì)胞和生殖細(xì)胞的分化

3.MADS-box基因的空間表達(dá)分布說明了決定蘭花花部器官的ABC code

圖3 15個(gè)MADS-box基因的空間表達(dá)分布圖

4.持續(xù)激活的分生組織細(xì)胞群參與花被片的形成

圖4?切片1中6號(hào)花苞的分生組織細(xì)胞向花被片細(xì)胞分化的分析

5.花藥發(fā)育的起始和隨后多種細(xì)胞類型的分化

圖5?花藥多發(fā)育階段的身份決定與形態(tài)建成

本研究利用10x Visium空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)分析了蝴蝶蘭花器官早期發(fā)育過程中基因表達(dá)的動(dòng)態(tài)變化。通過對(duì)時(shí)空表達(dá)分布的比較，確定了在特定組織/階段優(yōu)先表達(dá)的數(shù)千個(gè)基因，包括MADS-box基因和許多其他潛在下游基因，形成了花器官初始化、身份決定和形態(tài)建成的模型。對(duì)蘭花開花發(fā)育過程進(jìn)行了系統(tǒng)的研究，為進(jìn)一步研究蘭花開花過程中復(fù)雜而重要的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)提供了寶貴的資源。

百邁客空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)

除了10x空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)和植物切片結(jié)果外，百邁客還有百創(chuàng)S1000空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)測(cè)高清結(jié)果圖片供欣賞百創(chuàng)S1000的優(yōu)勢(shì)有：

• 亞細(xì)胞級(jí)分辨率
• 多級(jí)分辨率動(dòng)態(tài)分析
• 1-8樣本，靈活上樣
• 兼容HE/甲苯胺藍(lán)染色，保留組織原始形態(tài)

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發(fā)表期刊：Nature Genetics

發(fā)表單位：柏林醫(yī)學(xué)系統(tǒng)生物學(xué)研究所

影響因子：41.307

發(fā)表時(shí)間：2022.07.21

DOI號(hào)：10.1038/s41588-022-01129-5

成年哺乳動(dòng)物的心臟損傷通常會(huì)導(dǎo)致永久性瘢痕。然而，成年斑馬魚心臟損傷后能有效再生，這使得斑馬魚成為研究心臟再生細(xì)胞和分子機(jī)制的理想模型。在模擬心肌梗塞的低溫?fù)p傷后，受傷的斑馬魚心臟會(huì)經(jīng)歷一個(gè)短暫的纖維化期。在此期間，受損的心肌會(huì)通過去分化和增殖進(jìn)行再生，這與心肌梗死的某些方面相似。然而，在以往的斑馬魚心臟再生研究中，還沒有系統(tǒng)的數(shù)據(jù)來確定再生細(xì)胞的狀態(tài)和細(xì)胞類型的起源，對(duì)再生生態(tài)位的細(xì)胞組成、潛在的信號(hào)傳遞和相互作用的認(rèn)識(shí)仍不全面。目前對(duì)活化巨噬細(xì)胞和成纖維細(xì)胞的定義嚴(yán)重依賴于轉(zhuǎn)基因，可能受到觀察偏差的影響，從而低估斑馬魚心臟再生過程中細(xì)胞狀態(tài)的復(fù)雜性。

單細(xì)胞RNA-seq ：

表1 實(shí)驗(yàn)樣本一覽表

空間轉(zhuǎn)錄組（Tomo-seq）：斑馬魚心房和心室一共100張切片，每張切片分別做RNA-seq

方法：scRNA-seq、Tomo-seq、熒光原位雜交和基于CRISPR-Cas9技術(shù)的譜系追蹤

為了系統(tǒng)地識(shí)別健康和再生斑馬魚心臟中的細(xì)胞類型，作者對(duì)損傷前后不同階段的大約20萬個(gè)解離細(xì)胞進(jìn)行了scRNA-seq（圖1a）。為了準(zhǔn)確得到細(xì)胞發(fā)育起源的相關(guān)信息，作者還應(yīng)用了一種基于CRISPR–Cas9技術(shù)的大規(guī)模平行譜系追蹤方法，通過注射Cas9和針對(duì)多拷貝轉(zhuǎn)基因(斑馬魚系中的dTomato：一種用于斑馬魚細(xì)胞追蹤和譜系分析的多光譜細(xì)胞標(biāo)記)的sgRNA，創(chuàng)建了作為譜系條形碼的“遺傳疤痕”來記錄早期發(fā)育中的譜系關(guān)系。

作者首先評(píng)估了健康和再生心臟中的細(xì)胞類型多樣性，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的聚類分析顯示了所有主要的心臟細(xì)胞類型。正如預(yù)期的那樣，觀察到成纖維細(xì)胞和免疫細(xì)胞在損傷后強(qiáng)烈增加（圖1b）。進(jìn)一步檢查聚類數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)，心臟的三個(gè)主要層:心外膜、心肌和心內(nèi)膜的細(xì)胞類型之間存在一個(gè)亞結(jié)構(gòu)。作者假設(shè)，由于心房和心室中這些細(xì)胞類型的功能差別，這種細(xì)胞類型的亞結(jié)構(gòu)可能存在空間差異。于是使用Tomo-seq方法（一種用冷凍切片機(jī)沿感興趣的軸對(duì)組織進(jìn)行切片，然后在每個(gè)切片上進(jìn)行RNA-seq的技術(shù)）進(jìn)行空間分辨率轉(zhuǎn)錄組，并將空間數(shù)據(jù)解卷積為單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄譜，可以驗(yàn)證一些細(xì)胞亞型在心房和心室富集（圖1c）。之后再通過物理分離心房和心室，使用scRNA-seq證實(shí)了這一發(fā)現(xiàn)（圖1d）。

圖1?再生心臟的細(xì)胞組成

作者進(jìn)一步確定了心肌細(xì)胞中的一個(gè)轉(zhuǎn)錄亞結(jié)構(gòu)（圖2a）。除了以表達(dá)ATP合成和三羧酸循環(huán)相關(guān)基因(atp5pd和aldoaa)為特征的成年心肌細(xì)胞外，還檢測(cè)到一個(gè)較小的與心肌細(xì)胞發(fā)育相關(guān)的基因簇(ttn.1, ttn.2,?bves and synpo2lb)，以及nppa——此前已被證明是邊界區(qū)去分化心肌細(xì)胞的標(biāo)記基因。這些去分化心肌細(xì)胞是心臟再生的標(biāo)志，其數(shù)量在3 d.p.i.（受傷后天數(shù)）增加了(圖2a)，并與已建立的標(biāo)記基因nppa22部分共定位于7 d.p.i.。

作者注意到心臟再生中三個(gè)成熟的信號(hào)因子在成纖維細(xì)胞中高度富集:合成視黃酸的酶aldh1a2、心肌細(xì)胞有絲分裂原nrg1和再生細(xì)胞外基質(zhì)(ECM)因子fn1a（圖2b）。為了更詳細(xì)地研究心臟成纖維細(xì)胞的多樣性，作者對(duì)成纖維細(xì)胞進(jìn)行了亞群聚類。結(jié)果顯示出驚人的多樣性，有13個(gè)轉(zhuǎn)錄上不同的成纖維細(xì)胞聚類(圖2c)。這13個(gè)基因簇在ECM相關(guān)基因的表達(dá)譜上表現(xiàn)出明顯的差異（圖2d），但它們的轉(zhuǎn)錄組多樣性遠(yuǎn)不止于此——去除ECM相關(guān)基因后，可以高精度鑒定相同的成纖維細(xì)胞亞型。

圖2?心臟成纖維細(xì)胞的細(xì)胞類型多樣性

3. 心臟再生成纖維細(xì)胞的鑒定

為了集中分析那些可能是再生生態(tài)位一部分的成纖維細(xì)胞亞型，作者分析了損傷后細(xì)胞簇的動(dòng)力學(xué)。col11a1a、col12a1a和nppc特征表達(dá)的3簇成纖維細(xì)胞在再生高峰期短暫出現(xiàn)?(3、 7 d.p.i.)，但在受傷前和再生完成后幾乎不存在。由于其短暫性，作者將這三個(gè)基因簇稱為細(xì)胞狀態(tài)，而不是細(xì)胞類型（圖3a）。為了對(duì)鑒定的成纖維細(xì)胞進(jìn)行空間分辨，作者進(jìn)行了熒光原位雜交證實(shí)了瞬時(shí)成纖維細(xì)胞狀態(tài)在邊界區(qū)以及損傷區(qū)的位置（圖3b）。之后發(fā)現(xiàn)nrg1在col12a1a成纖維細(xì)胞中特別高的表達(dá)，而fn1a幾乎只在col11a1a成纖維細(xì)胞中表達(dá)（圖3c）。作者推斷瞬時(shí)細(xì)胞狀態(tài)的潛在再生功能可能是由分泌因子驅(qū)動(dòng)的。生物信息學(xué)分析顯示，與未損傷的對(duì)照組心臟相比，再生心臟的分泌組基因表達(dá)在3 d.p.i.和7 d.p.i.時(shí)增加（圖3d）。col11a1a和col12a1a成纖維細(xì)胞中分泌組基因的表達(dá)在所有檢測(cè)到的細(xì)胞簇中最高，且其分泌組基因包含在再生、形態(tài)發(fā)生和組織發(fā)育等方面具有功能的基因（圖3e）。

雖然作者對(duì)單細(xì)胞基因表達(dá)譜的時(shí)空分析強(qiáng)烈表明了瞬時(shí)成纖維細(xì)胞的再生功能，但還需要額外的實(shí)驗(yàn)來驗(yàn)證這一假設(shè)。為了從功能上評(píng)估瞬時(shí)col11a1a和col12a1a成纖維細(xì)胞的作用，作者使用硝基還原酶/甲硝唑（NTR/MTZ）系統(tǒng)進(jìn)行靶向細(xì)胞剔除。在MTZ處理后的轉(zhuǎn)基因系Tg(-4kbcol12a1a:GAL4VP16;UAS:NTR:RFP)中，在7 d.p.i.時(shí)相較于對(duì)照，5 / 6的心臟顯示心肌細(xì)胞增殖減少，col12aa表達(dá)細(xì)胞減少（圖3g,h）。在30d.p.i.時(shí)，col12a1⁺細(xì)胞剔除顯著損害心臟再生（圖3i,j）?？傊?，作者確定了心臟再生過程中具有潛在再生作用的三種成纖維細(xì)胞狀態(tài):col11a1a、col12a1a和nppc成纖維細(xì)胞。基因細(xì)胞剔除數(shù)據(jù)強(qiáng)烈表明col12a1a表達(dá)細(xì)胞在再生生態(tài)位中發(fā)揮了作用。

圖3?心臟再生成纖維細(xì)胞的鑒定

4. 心外膜成纖維細(xì)胞的鑒定

接下來，作者想要闡明短暫成纖維細(xì)胞狀態(tài)的起源，以便更好地理解它們的激活機(jī)制。于是作者使用了基于CRISPR-Cas9技術(shù)的大規(guī)模平行譜系追蹤方法LINNAEUS。這種方法將細(xì)胞通過可遺傳的DNA條形碼(遺傳疤痕)標(biāo)記，它們由Cas9在早期發(fā)育過程中產(chǎn)生，其獨(dú)特的序列能夠識(shí)別疤痕產(chǎn)生時(shí)來自同一親本的細(xì)胞。通過對(duì)同一個(gè)單細(xì)胞的遺傳疤痕和轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序，作者便可以建立譜系樹，揭示這些細(xì)胞類型的共同發(fā)育起源（圖4a）。在譜系樹中，一個(gè)節(jié)點(diǎn)中的所有細(xì)胞共享相同的發(fā)育祖先（比如圖4a，B和C節(jié)點(diǎn)就共享相同發(fā)育祖先A），并且每個(gè)節(jié)點(diǎn)上不同瞬時(shí)細(xì)胞狀態(tài)下的每個(gè)細(xì)胞均可在相同的上一節(jié)點(diǎn)中對(duì)應(yīng)找到（比如在圖4a的譜系圖中節(jié)點(diǎn)C就包含了3種瞬時(shí)細(xì)胞狀態(tài)，這三種狀態(tài)下的所有細(xì)胞均可以在上一節(jié)點(diǎn)的對(duì)應(yīng)細(xì)胞狀態(tài)中找到）。作者還計(jì)算了不同樹節(jié)點(diǎn)中細(xì)胞類型比率之間的相關(guān)性，以確定哪些細(xì)胞類型通過譜系相關(guān)聯(lián)（圖4b）。譜系相關(guān)性聚類熱圖顯示，在3 d.p.i.時(shí)有4簇細(xì)胞類型，在7 d.p.i.時(shí)有7簇細(xì)胞類型。在這兩個(gè)時(shí)間點(diǎn)，所有的免疫細(xì)胞共享一個(gè)相同的譜系。此外，幾種成纖維細(xì)胞：col11a1a、col12a1a和構(gòu)成型成纖維細(xì)胞，它們和心外膜細(xì)胞聚集在一起，這表明這些成纖維細(xì)胞與心外膜細(xì)胞具有共同的發(fā)育起源（圖4c,d）。為了驗(yàn)證這一結(jié)論，作者又構(gòu)建了轉(zhuǎn)基因系TgBAC(tcf21:Cre-ERT2;ubi:Switch)。重組后，在7 d.p.i.表達(dá)的mCherry與內(nèi)源性表達(dá)的col12a1a共定位（圖4e），證實(shí)了瞬時(shí)col11a1a和col12a1a成纖維細(xì)胞為心外膜或心外膜衍生成纖維細(xì)胞的起源。為了進(jìn)一步闡明短暫心外膜成纖維細(xì)胞狀態(tài)的起源，作者應(yīng)用了RNA速度分析方法，對(duì)心外膜譜系簇中所有心室細(xì)胞類型在3 d.p.i.和7 d.p.i.下的發(fā)育軌跡進(jìn)行推斷（圖4f），得到了相同的結(jié)論。

圖4?心外膜成纖維細(xì)胞的鑒定

5. 心內(nèi)膜成纖維細(xì)胞的鑒定

瞬時(shí)nppc成纖維細(xì)胞和其他幾個(gè)成纖維細(xì)胞亞型(spock3、cfd和瓣膜成纖維細(xì)胞)在3 d.p.i.或7 d.p.i.時(shí)不屬于心外膜譜系，但與心內(nèi)膜以及彼此之間顯示中度正相關(guān)?；谙嚓P(guān)性的分析有一個(gè)潛在的假設(shè)，即所有克隆體都會(huì)表現(xiàn)出相似的轉(zhuǎn)換率（圖5a），但是這種假設(shè)并不適用于所有細(xì)胞類型，于是作者引入條件概率開發(fā)了第二種算法（圖5b）。在3 d.p.i.時(shí)，不同成纖維細(xì)胞類型：col11a1a成纖維細(xì)胞、構(gòu)成型成纖維細(xì)胞、心外膜(心室)轉(zhuǎn)變?yōu)?em>col12a1a成纖維細(xì)胞類型的條件概率均大于0.9（圖5c）。在7 d.p.i. 時(shí)，不同的心內(nèi)膜細(xì)胞類型：心內(nèi)膜（心房）、心內(nèi)膜（心室）和心內(nèi)膜 ( frzb )轉(zhuǎn)變?yōu)?em>nppc成纖維細(xì)胞的條件概率均大于0.8，表明這種成纖維細(xì)胞類型與心內(nèi)膜之間存在譜系關(guān)系。為了驗(yàn)證算法的真實(shí)性，作者構(gòu)建了轉(zhuǎn)基因系Tg(fli1:Cre-ERT2; hsp70l:Switch)。在7 d.p.i.表達(dá)的EGFP與內(nèi)源性表達(dá)的nppc共定位（圖5e），證實(shí)了瞬時(shí)nppc成纖維細(xì)胞的心內(nèi)膜起源。RNA速度分析揭示了心室內(nèi)膜和nppc成纖維細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)錄相似性和潛在的過渡路徑（圖5f）。從單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中觀察到，與健康對(duì)照組心臟相比，心內(nèi)膜在7 d.p.i.時(shí)發(fā)生了激活反應(yīng)（圖5g）。

圖5?心內(nèi)膜成纖維細(xì)胞的鑒定

6. 典型Wnt信號(hào)通路作用的細(xì)胞解剖

作者發(fā)現(xiàn)成纖維細(xì)胞中表達(dá)了許多與Wnt信號(hào)有關(guān)的基因(配體、受體和調(diào)節(jié)劑)（圖6a），于是這啟發(fā)了他們?nèi)パ芯縒nt信號(hào)在斑馬魚心臟再生過程中的作用。一方面，Wnt通常被認(rèn)為是一種促增殖因子，Wnt的激活已被證明對(duì)斑馬魚鰭和脊髓再生有益。另一方面，Wnt信號(hào)通路在心肌細(xì)胞去分化和增殖中的作用存在爭議。于是，作者在斑馬魚心臟冷凍損傷后，使用特征良好的Wnt/β-catenin依賴的信號(hào)抑制劑IWR-1抑制典型的Wnt信號(hào)，并在3,7,15和30 d.p.i.觀察其影響。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，Wnt/β-catenin信號(hào)通路抑制導(dǎo)致心臟再生顯著延遲，與對(duì)照組相比，心肌纖維化延長，損傷面積增大（圖6b）。IWR-1處理后心臟的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)顯示心肌細(xì)胞去分化延遲，與對(duì)照組相比，去分化心肌細(xì)胞數(shù)量在3 d.p.i.時(shí)減少，而在7 d.p.i.時(shí)未定位于損傷區(qū)域（圖6c）。Wnt抑制后，血管周細(xì)胞和所有心內(nèi)膜成纖維細(xì)胞(nppc、spock3和瓣膜成纖維細(xì)胞)的水平顯著降低，而其他短暫增加的成纖維細(xì)胞總體上保持在類似水平（圖6d）。通過熒光原位雜交也證實(shí)了，Wnt信號(hào)對(duì)于心內(nèi)膜成纖維細(xì)胞的激活是必需的，類似于所描述的Wnt在誘導(dǎo)小鼠內(nèi)皮細(xì)胞向間充質(zhì)細(xì)胞轉(zhuǎn)化中的作用。

為了評(píng)估血管再生，作者對(duì)4d.p.i.下冠脈內(nèi)皮細(xì)胞(cECs)的增殖以及7 d.p.i.損傷區(qū)冠狀動(dòng)脈的覆蓋范圍進(jìn)行了定量分析。發(fā)現(xiàn)注射IWR-1后，cEC增殖在4 d.p.i.時(shí)有邊緣但不顯著的下降（圖6f,g）。然而，在7d.p.i.時(shí)，損傷區(qū)冠狀動(dòng)脈覆蓋明顯減少（圖6h,j）。這些結(jié)果表明，Wnt抑制后觀察到的心臟再生減少至少部分是由血管再生缺陷介導(dǎo)的。這種缺陷似乎不是由cECs增殖減少引起的，而可能與血管再生的其他方面有關(guān)。

圖6 對(duì)典型Wnt信號(hào)作用的細(xì)胞剖析

成年斑馬魚心臟損傷后具有很高的再生能力。然而，再生生態(tài)位的組成在很大程度上仍然難以捉摸。這篇文章基于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)和時(shí)空分析，解剖了再生斑馬魚心臟中激活細(xì)胞狀態(tài)的多樣性。觀察到損傷后出現(xiàn)的幾種具有成纖維細(xì)胞特征的瞬時(shí)細(xì)胞狀態(tài)，并概述了表達(dá)膠原-12的成纖維細(xì)胞的促再生功能。為了了解導(dǎo)致心臟再生的級(jí)聯(lián)事件，作者通過高通量譜系追蹤確定了這些細(xì)胞狀態(tài)的起源。最終發(fā)現(xiàn)激活的成纖維細(xì)胞有兩個(gè)不同的來源:心外膜和心內(nèi)膜。在機(jī)制上，確定Wnt信號(hào)作為心內(nèi)膜成纖維細(xì)胞反應(yīng)的調(diào)節(jié)器。總之，本文確定了促進(jìn)心臟再生的特殊活化成纖維細(xì)胞狀態(tài)，從而為調(diào)節(jié)脊椎動(dòng)物心臟再生能力開辟了可能的途徑。

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參考文獻(xiàn)

生物標(biāo)志物是指能反映生物體內(nèi)的生理、生化、免疫和遺傳等多方面的分子水平改變的物質(zhì)，患者樣本(如血液、血漿、唾液和尿液)中生物標(biāo)志物的水平可以反映患者的健康或疾病狀態(tài)，以及對(duì)抗癌治療的反應(yīng)。由于胃癌的強(qiáng)異質(zhì)性，采用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)發(fā)現(xiàn)新的特異性生物標(biāo)志物，將可以大大提高患者診斷的敏感性和準(zhǔn)確性。

1994年，學(xué)者們提出了蛋白質(zhì)組學(xué)的概念，此后蛋白質(zhì)組學(xué)及其相關(guān)技術(shù)迅速發(fā)展，在癌生物學(xué)的研究中逐漸得到了廣泛的應(yīng)用。研究者使用各種蛋白分離技術(shù)，如二維凝膠電泳、液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜（LC-MS）等技術(shù)手段篩選新的癌癥生物標(biāo)志物的潛在靶蛋白，為早期診斷和治療提供重要依據(jù)。目前應(yīng)用較為廣泛的方法是非標(biāo)記定量(label-free)蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)，它是通過液質(zhì)聯(lián)用技術(shù)對(duì)蛋白質(zhì)酶解肽段進(jìn)行質(zhì)譜分析，該技術(shù)不需要使用昂貴的穩(wěn)定同位素標(biāo)簽做內(nèi)部標(biāo)準(zhǔn)，只需分析大規(guī)模鑒定蛋白質(zhì)時(shí)所產(chǎn)生的質(zhì)譜數(shù)據(jù)，比較不同樣品中相應(yīng)肽段的信號(hào)強(qiáng)度，從而對(duì)肽段對(duì)應(yīng)的蛋白質(zhì)進(jìn)行相對(duì)定量。本文針對(duì)非標(biāo)記蛋白組學(xué)技術(shù)在胃癌早期診斷中的應(yīng)用做了解讀。

中文題目：借助蛋白質(zhì)組學(xué)分析與胃癌前病變和早期胃癌相關(guān)的特征

材料與方法

研究材料：取自胃部的組織樣本

研究方法：非標(biāo)記（label-free）定量蛋白質(zhì)組學(xué)

技術(shù)路線：

研究結(jié)果

1）胃癌前病變和胃癌的蛋白質(zhì)組學(xué)分析

利用非標(biāo)記蛋白組學(xué)方法，借助LC-ESI-MS/MS技術(shù)手段對(duì)來自于111位胃癌前病變和58位胃癌患者的胃部組織進(jìn)行檢測(cè)，共鑒定了15158個(gè)基因產(chǎn)物，F(xiàn)DR為1%，其中9119個(gè)被認(rèn)為具有高可靠性。所有樣品在組織蛋白質(zhì)組的量化中都顯示出良好的一致性。

2）隨著胃病變進(jìn)展的蛋白質(zhì)表達(dá)模式

對(duì)三個(gè)預(yù)選定的受試者組進(jìn)行了蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)的無監(jiān)督聚類分析：即輕度胃病變 (SG/CAG)、晚期胃病變 (IM/LGIN) 和胃癌（GC），揭示了從胃病變到 GC的不同特征。然后沿著胃病變進(jìn)展的級(jí)聯(lián)探索了詳細(xì)的蛋白質(zhì)表達(dá)模式，并提取了 6 個(gè)具有相似軌跡的蛋白質(zhì)簇，展示了蛋白質(zhì)組學(xué)譜的從輕度胃病變、晚期胃病變至GC的動(dòng)態(tài)變化。

在聚集的簇中，cluster-蛋白在晚期胃病變中高度表達(dá)，特別是在生物氧化和細(xì)胞氨基酸代謝過程中富集。Cluster-2蛋白在碳水化合物途徑的消化和代謝中富集，并且在輕度至晚期胃病變的受試者中表現(xiàn)出降低的表達(dá)，然后在GC中急劇下降。已知的胃特異性蛋白質(zhì)聚集在cluster-2中。相比之下，cluster-3蛋白的表達(dá)隨著胃病變的嚴(yán)重程度而增加，并且在白細(xì)胞介素12刺激（例如CA1和SP100）和氧運(yùn)輸（例如SLC4A1和PSME2）后在JAK-STAT信號(hào)通路中富集。cluster-4 中的蛋白質(zhì)富含囊泡介導(dǎo)的轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白（例如HPX和IGF2R）和免疫系統(tǒng)途徑中的細(xì)胞因子（例如PSMC5和STAT6），并且在胃病變中呈現(xiàn)穩(wěn)定變化，但在GC急劇增加。簇5中的蛋白質(zhì)在含核堿基的小分子代謝過程（例如APOA1BP和SLC44A2）和羧酸分解代謝過程（例如GLUL和ALDH6A1）的途徑中富集。cluster-6中的蛋白質(zhì)在平滑肌收縮通路（例如 COX5A 和 CALM1）和巨噬細(xì)胞遷移的負(fù)調(diào)節(jié)通路（例如DDT和MIF）中富集。簇5和簇6均出現(xiàn)從輕度到晚期胃病變?cè)俚紾C的波動(dòng)。

3）基于蛋白質(zhì)組學(xué)的胃病變分子亞型

其后文章中討論了超出細(xì)胞形態(tài)水平的胃病變（SG、CAG、IM 或 LGIN）的分子相似性和異質(zhì)性。基于在超過 3/4 的胃病變受試者中檢測(cè)到的前 100 種變異最大的蛋白質(zhì)，通過NMF算法得出胃病變的 4 個(gè)分子亞型（S1-S4）。發(fā)現(xiàn)分子亞型與病理診斷的嚴(yán)重程度之間存在顯著相關(guān)性，亞型 S1 代表蛋白質(zhì)組學(xué)定義的輕度胃病變，S4 代表最嚴(yán)重的胃病變。

蛋白質(zhì)組學(xué)亞型的分布獨(dú)立于幽門螺桿菌感染。亞型特異性蛋白質(zhì)顯示在以上的熱圖中。與S1亞型相比，在其他亞型中高表達(dá)的蛋白質(zhì)在凋亡過程中富集。

4）與胃病變進(jìn)展和早期GC相關(guān)的關(guān)鍵個(gè)體蛋白質(zhì)的發(fā)現(xiàn)

文章研究了關(guān)鍵的單個(gè)蛋白質(zhì)，以尋找有關(guān)潛在方便生物標(biāo)志物的線索。1201個(gè)蛋白質(zhì)在發(fā)現(xiàn)階段與侵襲性GC風(fēng)險(xiǎn)顯著相關(guān)（FDR-q<0.05，邏輯回歸分析），并集中驗(yàn)證了217個(gè)早期GC風(fēng)險(xiǎn)，包括104個(gè)正相關(guān)蛋白和113個(gè)負(fù)相關(guān)蛋白。

通過對(duì)驗(yàn)證集中受試者的前瞻性隨訪，考查了上文詳述的217種蛋白質(zhì)與胃病變進(jìn)展風(fēng)險(xiǎn)之間的關(guān)聯(lián)。其中的四種蛋白質(zhì)，即 APOA1BP、PGC、HPX 和 DDT，進(jìn)一步與胃病變進(jìn)展風(fēng)險(xiǎn)和隨訪終點(diǎn)發(fā)生IM或更嚴(yán)重胃病變的風(fēng)險(xiǎn)顯示出相關(guān)（P < 0.05，邏輯回歸分析）。HPX與早期GC和胃病變進(jìn)展呈正相關(guān)，而 APOA1BP、PGC 和 DDT 呈負(fù)相關(guān)。這四種突出顯示的蛋白質(zhì)分別聚集在蛋白簇-2 (PGC)、-4 (HPX)、-5 (APOA1BP) 和 -6 (DDT) 中。

5）胃病變進(jìn)展風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分及預(yù)測(cè)模型的構(gòu)建

結(jié)合在前瞻性分析中選出的的四種關(guān)鍵標(biāo)志物蛋白質(zhì)，得出風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分模型risky score=-1.485*APOA1BP-1.231*PGC+1.686*HPX-0.565*DDT。根據(jù)驗(yàn)證隊(duì)列，風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分與胃病變進(jìn)展風(fēng)險(xiǎn)獨(dú)立相關(guān)，風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分每增加一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)差，OR為4.09（95% CI：1.48-11.27，邏輯回歸分析）。
研究結(jié)論

本文定義了胃病變進(jìn)展和早期 GC風(fēng)險(xiǎn)的蛋白質(zhì)組學(xué)特征，這對(duì)識(shí)別患胃癌高危人群和胃癌的早期檢測(cè)具有重要意義，有助于提高靶向胃癌預(yù)防的潛力。

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參考文獻(xiàn)：

Li X, Zheng NR, Wang LH, et al. Proteomic profiling identifies signatures associated with progression of precancerous gastric lesions and risk of early gastric cancer. EBioMedicine. 2021;74:103714. doi:10.1016/j.ebiom.2021.103714

案例一

中文題目：水稻全生育周期的代謝調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

研究對(duì)象：珍汕97和明恢63兩個(gè)品種水稻20個(gè)不同組織

研究技術(shù)：代謝組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)

技術(shù)路線：

研究結(jié)論：

該研究利用代謝組和轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析，對(duì)秈稻品種珍汕97和明恢63整個(gè)生命周期不同組織的樣品進(jìn)行測(cè)定，結(jié)合轉(zhuǎn)錄和代謝數(shù)據(jù)構(gòu)建了水稻全生育期主要組織器官的代謝調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（RMRN）并精準(zhǔn)識(shí)別了調(diào)節(jié)關(guān)鍵代謝產(chǎn)物積累的調(diào)控基因，利用已知的轉(zhuǎn)錄因子作為誘餌來篩選木質(zhì)素代謝新的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，以及根據(jù)組織特異性無偏見地識(shí)別新的甘油磷脂代謝調(diào)控因子。該研究不僅對(duì)水稻基礎(chǔ)研究和育種實(shí)踐具有重要意義，大數(shù)據(jù)資源促進(jìn)水稻生長調(diào)控、抗性和營養(yǎng)品質(zhì)方面的改良研究。并對(duì)其他作物全生育期代謝組學(xué)研究提供借鑒。

甘油磷脂代謝

案例二

中文題目：MicroTom代謝網(wǎng)絡(luò)：在整個(gè)生長周期重新連接番茄代謝網(wǎng)路調(diào)控

研究對(duì)象：番茄組織（根、根、莖、葉、花苞、花）和果皮（果實(shí)發(fā)育9個(gè)階段）

研究技術(shù)：代謝組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)

技術(shù)路線：

研究結(jié)論：

利用番茄代謝組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集，通過整合番茄20個(gè)組織和發(fā)育時(shí)期的代謝組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，繪制了番茄整個(gè)生長發(fā)育過程中主要代謝變化的整體圖譜，同時(shí)還發(fā)現(xiàn)調(diào)節(jié)重要次級(jí)代謝產(chǎn)物（類黃酮和甾體類生物堿）合成的關(guān)鍵調(diào)控因子，為深入解析番茄主要代謝物的轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)奠定了基礎(chǔ)，并為模式和非模式植物代謝調(diào)控的深入研究提供了新思路。

代謝物和基因?qū)哟尉垲惙治龊蚉CA分析

案例三

中文題目：代謝組學(xué)和激光共聚焦顯微鏡(CLSM)分析揭示長柄扁桃葉生長過程中黃酮類化合物的重要作用

研究對(duì)象：長柄扁桃葉開花期（AP1）、果實(shí)形成期（AP2）、果核期(AP3、AP4)和果實(shí)成熟期(AP5、AP6)的葉子；

研究技術(shù)：代謝組學(xué)、激光共聚焦顯微鏡

研究結(jié)論：

通過非靶向代謝組學(xué)（UPLC-QTOF-MS）和CLSM（超高壓液相-飛行時(shí)間質(zhì)譜和激光共聚焦）研究方法，發(fā)現(xiàn)長柄扁桃葉生長過程中黃酮類化合物的積累特征，探究黃酮類化合物在葉中的積累與果實(shí)的發(fā)育和成熟的相關(guān)性，描繪了代謝組圖譜，為長柄扁桃的綜合開發(fā)提供了理論依據(jù)。

不同生長期長柄扁桃葉中黃酮類化合物的代謝途徑

總結(jié)

以上文獻(xiàn)通過分析作物整個(gè)生命周期代謝組數(shù)據(jù)構(gòu)建的代謝調(diào)控網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)集可用于識(shí)別關(guān)鍵代謝產(chǎn)物調(diào)控的調(diào)節(jié)基因，在其他物種中使用這種研究策略可能會(huì)極大地幫助理解這些物種內(nèi)重要農(nóng)藝性狀的潛在機(jī)制。

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參考文獻(xiàn)：

[1] Li Y, et al. MicroTom Metabolic Network: Rewiring Tomato Metabolic Regulatory Network throughout the Growth Cycle. Mol Plant. 2020 Aug 3;13(8):1203-1218. doi: 10.1016/j.molp.2020.06.005. Epub 2020 Jun 16. PMID: 32561360

[2] Yang C, et al. Rice metabolic regulatory network spanning the entire life cycle. Mol Plant. 2021 Oct 26:S1674-2052(21)00411-1. doi: 10.1016/j.molp.2021.10.005. Epub ahead of print. PMID: 34715392.

[3] He Y, et al. Metabolomic and Confocal Laser Scanning Microscopy (CLSM) Analyses Reveal the Important Function of Flavonoids in Amygdalus pedunculata Pall Leaves With Temporal Changes. Front Plant Sci. 2021 May 19;12:648277. doi: 10.3389/fpls.2021.648277. PMID: 34093

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中文題目：海洋厭氧氨氧化菌在不同磷酸鹽劑量下處理含氮鹽水廢水的脫氮機(jī)理：微生物群落轉(zhuǎn)變和磷酸鹽結(jié)晶

期刊：Bioresource Technology

影響因子：9.642

發(fā)表時(shí)間：2021.04

合作單位：青島大學(xué)

研究方法：16S rDNA測(cè)序（百邁客提供）+動(dòng)力學(xué)分析

摘要

2021年4月，青島大學(xué)在《Bioresource Technology》發(fā)表題為“Deciphering nitrogen removal mechanism through marine anammox bacteria treating nitrogen-laden saline wastewater under various phosphate doses: Microbial community shift and phosphate crystal”的研究論文，該論文主要研究了（1）不同磷酸鹽劑量下MAB（marine anammox bacteria，海洋厭氧菌）的脫氮機(jī)制；（2）微生物群落變化；（3）磷酸鹽沉淀的組成和特征。

文章首先從磷酸鹽對(duì)含氮鹽水廢水中MAB主導(dǎo)的厭氧氨氧化過程的影響出發(fā)，發(fā)現(xiàn)MAB的活性通過加入低濃度磷酸鹽增強(qiáng)（5-30 mg/L PO43–P），并且完全去除銨的時(shí)間縮短了0.5小時(shí)。當(dāng)PO43–P超過160mg/L時(shí)，反應(yīng)器內(nèi)形成磷酸鈣鎂沉淀，底物與生物量的接觸受到沉積物的阻礙，MAB的脫氮性能也變差。當(dāng)PO43?-P到達(dá)400 mg/L，氨氮去除率和亞硝酸鹽去除率分別降低至0.45和0.43 kg/(m3·d)。實(shí)驗(yàn)的158天里，MAB始終是優(yōu)勢(shì)菌株，但其相對(duì)豐度在400 mg/L PO43–P 時(shí)下降了15.4%。此外，沉積物的存在刺激了胞外聚合物的產(chǎn)生，當(dāng)PO43–P 的濃度為200 mg/L時(shí)，胞外聚合物的最大產(chǎn)量達(dá)到 11.25 mg/g·濕重。

研究背景

厭氧氨氧化（anammox）作為一種新型脫氮工藝，具有節(jié)能、無二次污染等優(yōu)點(diǎn)，在污水處理領(lǐng)域具有廣闊的應(yīng)用前景。厭氧氨氧化細(xì)菌可分為淡水氨氧化細(xì)菌（FAB）和海洋氨氧化細(xì)菌（MAB），MAB對(duì)鹽分有很大的耐受性，在處理含氮含鹽廢水方面具有巨大的潛力。來自一些沿海工廠（例如水產(chǎn)養(yǎng)殖）的污水含有高濃度的鹽和磷酸鹽，尤其是養(yǎng)殖廢水中還含有大量的氨和亞硝酸鹽氮，排放到環(huán)境水體中會(huì)引發(fā)富營養(yǎng)化，城市污水處理廠一般在厭氧氨氧化工藝后進(jìn)行磷回收，因此，殘留的磷會(huì)通過污泥回流流入?yún)捬醢毖趸?，影響厭氧氨氧化性能。但關(guān)于無機(jī)磷酸鹽多厭氧氨氧化微生物的影響還不明確，以及磷酸鹽對(duì)含氮含鹽廢水中MAB（即Candidatus Scalindua）脫氮的影響尚未清晰。

研究方法

反應(yīng)器：雙層序批式反應(yīng)器（SBR，double-layer sequencing batch reactor），材料為聚甲基丙烯酸甲酯，工作容量為7L，流入體積與反應(yīng)器體積的交換體積比為5/7。

污水制備：青島膠州灣海水（35‰鹽度和19‰氯度）

檢測(cè)內(nèi)容：
①反應(yīng)器內(nèi)部溫度，②進(jìn)出水口NH4+-N、NO2–N、NO3–N和PO43–P，③胞外聚合物（EPS），④反應(yīng)器內(nèi)的沉淀物質(zhì)，⑤反應(yīng)器0（S0）、84（S1）、158天（S2）時(shí)生物膜上的樣品進(jìn)行16S rRNA測(cè)序（百邁客提供）

實(shí)驗(yàn)流程：

圖1.實(shí)驗(yàn)流程圖

主要研究結(jié)果

1 在不同磷酸鹽劑量下MAB脫氮效果

在整個(gè)實(shí)驗(yàn)過程中，通過固定進(jìn)水底物濃度和水力停留時(shí)間，保持進(jìn)水負(fù)載率恒定，研究了磷酸鹽在158天內(nèi)對(duì)MAB脫氮性能的影響。結(jié)果如圖2所示，出水NH4+-N和NO2–N在30天時(shí)幾乎完全被去除（圖2a），隨著磷酸鹽濃度增加，出水NO2–N濃度略有增加。當(dāng)PO43–P達(dá)到120 mg/L時(shí)，出水NH4+-N增加，NO2–N超過20 mg/L。當(dāng)PO43–P濃度增加到160-400mg/L時(shí)，出水NH4+-N隨著進(jìn)水磷酸鹽的增加而顯著增加，最終穩(wěn)定在76.56mg/L，同時(shí)出水NO2–N的濃度增加到了131.29mg/L，NO3–N減少到24.82mg/L。

在PO43–P≤80 mg/L時(shí)，氨氮去除率（ARE）和亞硝酸鹽去除率（NRE）均保持在90%以上，氨氮去除速率（ARR）和亞硝酸鹽去除速率（NRR）分別為0.91和1.18 kg /(m3·d)（圖2b、c）。當(dāng)進(jìn)水PO43–P為160–400 mg/L時(shí)，ARR 和 NRR 分別從0.72和0.90下降到0.45和0.43 kg/(m3·d)，ARE和NRE最終分別下降到50%和35.17%。此外，ΔpH（出水pH-進(jìn)水pH）值開始急劇下降并在0.2上下波動(dòng)，間接反映了厭氧氨氧化性能的惡化。從化學(xué)計(jì)量比也可以得出上述結(jié)果，在300-400濃度下，化學(xué)劑量比都偏離了理論值（1.32和0.26）（圖2e）， ΔNO2–N/ΔNH4+-N和ΔNO3–N/ΔNH4+-N的值分別下降到0.96和0.20。84天時(shí)，在SBR中首次發(fā)現(xiàn)了白色沉淀物，并隨著進(jìn)水磷酸鹽用量的進(jìn)一步增加而積累。沉積物的XRD（X射線衍射）圖顯示為磷酸鈣鎂（Ca7Mg2P6O24）。

出現(xiàn)高濃度磷酸鹽抑制MBA脫氮的原因可能是厭氧氨氧化生物膜對(duì)磷酸鹽比顆粒污泥更敏感，或者磷酸鹽沉淀的存在干擾了微生物與底物之間的接觸（主要原因）。此外，SBR運(yùn)行后，出水NH4+-N和NO2–N被完全去除，這說明磷酸鹽沉淀物對(duì)MAB無毒害作用。

圖2. 不同磷酸鹽劑量下MAB在158 d內(nèi)的脫氮性能：(a)底物濃度；(b)去除效率；(c)裝載率；(d) pH值變化；(e)化學(xué)計(jì)量比

2 不同磷酸鹽劑量下MAB的脫氮特性

如圖3所示，當(dāng)磷酸鹽濃度為0-80 mg/L時(shí)，出水NH4+-N幾乎完全被去除，NO2–N≤11 mg/L。其中在5-30 mg/LPO43–P期間，去除銨態(tài)氮的時(shí)間從4h減少到3.5h，同時(shí)，出水NO3–N在PO43–P為30 mg/L達(dá)到最大值。因此，低劑量的磷酸鹽滿足了MAB的生長需求并增強(qiáng)了其活性。在50-120 mg/L時(shí)，完全去除NH4+-N的時(shí)間回到了4 h，可能原因：升高的磷酸鹽與厭氧氨氧化酶和底物形成的化合物結(jié)合，導(dǎo)致酶活性降低和反應(yīng)速度變慢，在160–400 mg/L PO43–P時(shí)，MAB的脫氮受到嚴(yán)重影響，但在300-400 mg/L PO43–P階段，NH4+-N轉(zhuǎn)化率高于200 mg/L的階段，因?yàn)槠涑鏊疂舛炔]有顯著增加（圖3a），NO2–N和NO3–N則依舊隨著磷酸鹽濃度增加而出水濃度增加，這可能是由于NH4+的吸附。

微生物細(xì)胞和EPS由于其負(fù)電荷可以吸附陽離子，并在20分鐘內(nèi)達(dá)到吸附平衡，運(yùn)行周期前0.5小時(shí)NH4+-N的急劇下降與該結(jié)論一致。一般來說，游離金屬離子的存在會(huì)抑制NH4+的吸附。然而，由于形成磷酸鈣鎂沉淀，消耗了Ca2+和Mg2+，增強(qiáng)了NH4+的吸附。300-400 mg/L PO43–P時(shí)，根據(jù)磷酸鹽濃度和出水NH4+濃度成正比計(jì)算得到理論去除值為65.92和56.85 mg/L，而實(shí)際值為83.97和79.79 mg/L，由此計(jì)算，相應(yīng)的吸附百分比分別為21.5%和28.8%。

如圖3d所示，ΔNO2–N/ΔNH4+-N 和ΔNO3–N/ΔNH4+-N在前2小時(shí)出現(xiàn)不規(guī)則波動(dòng)，然后趨于穩(wěn)定。然而，在300-400 mg/L時(shí)，ΔNO2–N/ΔNH4+-N顯著偏離1.32，這與0-50 mg/L時(shí)的情況相反。隨著磷酸鹽濃度的增加，出水pH升高的幅度逐漸變平（圖3b），例如400 mg/L時(shí)，ΔpH值僅占不添加磷酸鹽時(shí)的33%。如圖3f所示，隨著反應(yīng)時(shí)間的延長，底物轉(zhuǎn)化率逐漸降低，在160-400 mg/L階段，由于磷酸鹽沉積物的存在，底物與生物質(zhì)之間的接觸受到阻礙，導(dǎo)致底物轉(zhuǎn)化率較低。因此，在高濃度磷酸鹽的存在下，SBR 中MAB的活性會(huì)嚴(yán)重惡化。

圖3 加入磷酸鹽MAB脫氮性能：(a) NH4+-N 濃度；(b) 酸堿度；(c) NO2–N濃度；(d)化學(xué)計(jì)量比；(e) NO3–N濃度；(f)底物轉(zhuǎn)化率

3 微生物群落變化

通過16S rRNA研究了不同磷酸鹽濃度下SBR中微生物群落的變化。三個(gè)時(shí)間的微生物樣品的OTU數(shù)量分別為311、300和297，圖4a揭示了SBR中的主要微生物：Planctomycetes、Proteobacteria、Actinobacteria、Bacteroidetes和Chloroflexi。其中，含有厭氧氨氧化菌屬的Planctomycetes仍處于優(yōu)勢(shì)地位，添加磷酸鹽后，S1中的Planctomycetes從初始的44.11%加至55.6%，然后在S2中下降至42.61%，屬水平上同樣。此外，Proteobacteria、Actinobacteria、Bacteroidetes和Chloroflexi的豐富度均由S0的19.36%、11.95%、9.3%和6.53%下降到S1的16.09%、9.31%、4.38%和6.37%，然后上升到S2的19.53%、11.18%、11.59% 和 7.68%。這表明上述4個(gè)門與Planctomycetes存在競爭關(guān)系，且Planctomycetes是含鹽廢水中的優(yōu)勢(shì)菌種。
在屬水平上，Candidatus Scalindua是Planctomycetes中唯一的厭氧菌，其豐富度首先從41.87%增加到50.11%，然后下降到35.43%（圖4b）。這表明適當(dāng)?shù)牧姿猁}劑量（PO43–P≤120 mg/L）可以促進(jìn)MAB的生長，而高濃度的磷酸鹽則相反。MAB的減少導(dǎo)致總氮去除效率降低，僅次于Candidatus Scalindua的Actinomarinales的豐度從S0的11.4%變?yōu)镾1的8.71%并最終維持在10.46%。S0和S2的Wenzhouxiangella的豐富度沒有明顯變化。Marinicella是一種硫氧化細(xì)菌，可以將NO3?-N轉(zhuǎn)化為N2，其在S2中的相對(duì)豐度較S0下降了0.6%。在S2 期間，檢測(cè)到新屬Algibacter和Colwellia，豐度分別為5.76%和3.72%，其中Algibacter是從海水中分離出的革蘭氏陰性菌，需要 Mg2+才能生長。在整個(gè)過程中沒有觀察到聚磷酸鹽積累生物的存在，表明還原的磷僅用于沉淀和細(xì)菌生長。

圖4 門水平（a）和屬水平（b）微生物分布柱狀圖

同時(shí)使用了基于KEGG和COG的PICRUSt 分析功能基因。如圖5a所示，碳水化合物代謝的豐度（9.22-9.28%）相對(duì)較高，這表明磷酸鹽對(duì)微生物消耗碳源獲取能量沒有明顯影響。氨基酸代謝、脂質(zhì)代謝、外源生物降解代謝和膜轉(zhuǎn)運(yùn)的豐度在S1時(shí)下降，然后在S2時(shí)上升。相反，能量代謝、輔因子和維生素代謝、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和細(xì)胞運(yùn)動(dòng)的豐度在S1中較高，在S2中較低。能量代謝豐度的下調(diào)表明高濃度磷酸鹽抑制了細(xì)胞內(nèi)物質(zhì)的產(chǎn)生和細(xì)菌的生長。這與Candidatus Scalindua豐度的下降是一致的。此外，復(fù)制重組和修復(fù)（6.71-7.11%）、細(xì)胞內(nèi)運(yùn)輸、分泌和囊泡運(yùn)輸（3.95-4.38%）和細(xì)胞運(yùn)動(dòng)（3.34-3.79%）的相對(duì)豐度在 S1 中上調(diào)，在 S2 中下調(diào)，這表明高劑量的磷酸鹽會(huì)破壞微生物細(xì)胞，不利于細(xì)胞內(nèi)物質(zhì)的轉(zhuǎn)運(yùn)。

圖5.基于(a) KEGG和(b) COG 數(shù)據(jù)庫的PICRUSt分析

4 EPS的變化

EPS是一種由微生物分泌的高分子聚合物，可以保護(hù)細(xì)菌免受外界有毒物質(zhì)的侵害。一般可分為可溶性EPS（SEPS）、松散結(jié)合型EPS（LB-EPS）和緊密結(jié)合型EPS（TB-EPS），它們的主要成分是蛋白質(zhì)（PN）、多糖（PS）和腐殖質(zhì)。在160 mg/L PO43–P 時(shí)，EPS的產(chǎn)量最初從2.74增加到3.66 mg/g 濕重。當(dāng)磷酸鹽濃度超過200 mg/L 時(shí)，EPS 的產(chǎn)量急劇增加至11.25，然后降至7.57 mg/g 濕重（圖6）?？傮w而言，與不添加磷酸鹽相比，高磷酸鹽濃度下EPS的產(chǎn)量增加，這可能與沉淀的形成有關(guān)。惡劣的生活環(huán)境迫使微生物產(chǎn)生更多的EPS來保護(hù)自己免受損害，此外，PN/PS比值在160 mg/LPO43–P時(shí)達(dá)到最大值16.83，然后隨著磷酸鹽濃度的增加而降低，這意味著微生物細(xì)胞的疏水性降低了。EPS產(chǎn)量的下降可歸因于 MAB在有害情況下對(duì)細(xì)胞內(nèi)物質(zhì)的消耗。即由于MAB生物膜被磷酸鈣鎂沉淀覆蓋，內(nèi)部底物稀少，為了維持生理活動(dòng)，微生物可以降解EPS以獲得能量。而EPS產(chǎn)量的下降不利于MAB抵抗磷的干擾，MAB的活性也有所下降。

圖6.不同磷酸鹽劑量下EPS含量的變化 PN：蛋白質(zhì) PS：多糖

5 磷酸鈣鎂的形成

如上文所述，流出物中的一部分還原磷以Ca7Mg2P6O24的形式沉積，隨著進(jìn)水磷酸鹽用量的增加，生物膜上積聚的白色沉淀物逐漸增多。這可以看作是磷回收的一種手段。至于其他的磷酸鹽礦物，如羥基磷灰石（HAP，Ca5(PO4)3(OH)）和鳥糞石（MAP，MgNH4PO4·6H2O），在SBR的厭氧氨氧化生物膜上未檢測(cè)到，這可能與pH值和SBR中Ca含量有關(guān)。

在本研究中，當(dāng)磷酸鹽濃度超過160 mg/L時(shí)，氮和磷酸鹽的物質(zhì)平衡被打破，隨著KH2PO4用量的進(jìn)一步增加，進(jìn)水pH值顯著下降。為了使進(jìn)水pH值保持在7.5，加入氫氧化鈉進(jìn)行酸堿中和。隨著氫氧化鈉的注入，在液相中觀察到白色絮狀沉淀。此外，隨著磷酸鹽用量的增加，所需的氫氧化鈉濃度也增加，產(chǎn)生更多的白色絮狀沉淀物，這些白色沉積物會(huì)粘附在生物膜上并延遲底物滲透到內(nèi)部生物質(zhì)中，正是由于這些非織造膜載體的存在，MAB可以富集成致密致密的生物膜，而不是漂浮和松散的顆粒。因此，MAB的新細(xì)胞不能以被沉淀覆蓋的顆粒為核，形成更大的顆粒。

鈣在堿性環(huán)境中與磷酸鹽結(jié)合形成磷酸鈣沉淀，然后與鎂結(jié)合形成Ca7Mg2P6O24。此外，生物代謝產(chǎn)生的內(nèi)源性有機(jī)物可能會(huì)誘導(dǎo)磷酸鹽生物礦化，但其具體形成機(jī)制有待進(jìn)一步研究。

總結(jié)

本研究首次探索了含氮含鹽廢水中不同磷酸鹽劑量下MAB的脫氮工藝。MAB的活性在含低濃度磷酸鹽時(shí)（0-30 mg/L）增強(qiáng)，高濃度時(shí)（160~400 mg/L），NH4+和NO2-的去除率下降，MAB相對(duì)豐度下降了15.4%。此外，沉積物的存在迫使微生物產(chǎn)生更多的EPS以保護(hù)自己免受損害。通過低濃度磷酸鹽促進(jìn)MAB的厭氧氨氧化過程或?qū)}廢水脫氮處理有重大意義，SBR中磷酸鈣鎂沉淀的形成，或許為磷元素的回收提供了思路。

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參考文獻(xiàn)：

1.Si P, Li J, Xie W, et al. Deciphering nitrogen removal mechanism through marine anammox bacteria treating nitrogen-laden saline wastewater under various phosphate doses: Microbial community shift and phosphate crystal[J]. Bioresource Technology, 2021, 325: 124707.

英文名: Improvement of alfalfa resistance against Cd stress through rhizobia and arbuscular mycorrhiza fungi co-inoculation in Cd-contaminated soil

雜志：Environmental Pollution，2021

影響因子：8.071

研究背景

根瘤菌和叢枝菌根真菌（AMF）是重要的共生微生物，對(duì)生長在金屬污染土壤中的植物有利。然而，目前仍不清楚接種的微生物如何影響根際微生物群落，或者根際微生物群落的后續(xù)變化是否有助于提高金屬脅迫下的植物抗性。

研究目的

研究接種根瘤菌和AMF對(duì)苜?？规k（Cd）脅迫的影響，利用16S和ITS rRNA基因的高通量測(cè)序，進(jìn)一步分析了根際微生物群落接種后的響應(yīng)及其在提高紫花苜蓿抗性方面的作用。

技術(shù)路線

研究結(jié)果

1、根際土壤理化性質(zhì)

根據(jù)雙因素方差分析的結(jié)果，Cd、接種處理及其相互作用對(duì)NO3–N， NH4 +-N ，SOC和AP含量有顯著影響（P<0.05）。對(duì)于所有Cd處理，除土壤pH值外，SOC含量，SOC:TN和SOC:TP比值均高于對(duì)照。此外，共同接種顯著增加了NH4+-N和AP含量。

2、植物的物理化學(xué)性質(zhì)和植物組織對(duì)Cd的吸收情況

添加Cd和接種根瘤菌以及AMF都顯著影響紫花苜蓿生物量，包括芽和根(P＜0.01；表1)。此外，接種處理大大提高了紫花苜蓿的芽和根生物量，而添加Cd則顯著降低了紫花苜蓿的芽和根生物量（P＜0.01）。例如，在添加Cd的根瘤菌和AMF共同接種的處理中，紫花苜蓿生物量最高（3.35±0.116 g /pot）。此外，紫花苜蓿芽和根中的Cd濃度顯著受Cd添加、接種及其相互作用的影響。接種和Cd處理大大增加了紫花苜蓿芽和根的Cd吸收含量（表1）。與對(duì)照(未接種)相比，所有接種處理下根中的Cd含量均高于芽中的Cd含量(P <0.05)。此外，相對(duì)于對(duì)照而言，在添加Cd后，接種處理芽中的Cd濃度均高出1.2倍。在添加Cd的共同接種處理中，芽中Cd的總吸收量最高(30.6±1.81mg/pot)。與添加Cd的對(duì)照(未接種)相比，單獨(dú)接種和共同接種處理的芽中，Cd的總吸收量顯著更高（系數(shù)分別為1.4和1.6），（P <0.05）。在單獨(dú)接種和未接種處理中，根瘤菌和AMF共同接種處理的總Cd吸收量最高。

接種后，芽和根的抗氧化能力明顯增強(qiáng)，其中AR、AM和ARM處理的SOD、CAT和POD活性均顯著高于A處理（P＜0.05；表2）。與未接種和單獨(dú)接種處理相比，根瘤菌和AMF共同接種處理中紫花苜蓿的SOD、CAT和POD活性最高。例如，在ARM處理中，芽的SOD活性比A處理大1.4倍。AR、AM和ARM處理中芽的MDA含量明顯低于A處理(分別降低27.28%、21.81%和34.09%)(P＜0.05；表2)。此外，與對(duì)照未接種植物相比，共同接種處理中MDA、H2O2和O2-含量最低。

表1 生物量、Cd含量和植物組織對(duì)Cd的吸收。

表2 不同處理中植物芽的丙二醛(MDA)、活性氧(O2-，H2O2)和抗氧化酶(超氧化物歧化酶(SOD)、過氧化氫酶(CAT)和過氧化物酶(POD))含量。

3、根際微生物群落的α多樣性

所有土壤樣品共鑒定出4847280條高質(zhì)量的微生物序列，其中真菌序列2593280條，細(xì)菌序列2254000條，在97%的相似度截止水平下，可分別聚類為904和197個(gè)OTU。對(duì)于細(xì)菌群落來說，OTU、ACE、Chao1、Simpson和Shannon-Wiener指數(shù)均受到Cd添加、接種及其相互作用的顯著影響(P＜0.05；圖1)。特別是在接種處理下，Cd的添加大大降低了細(xì)菌Simpson多樣性指數(shù)。在添加Cd的情況下，接種顯著降低了細(xì)菌Simpson多樣性指數(shù)，而在對(duì)照處理中則增加了細(xì)菌Simpson多樣性指數(shù)。對(duì)于真菌群落來說，Cd的添加、接種以及它們之間的相互作用對(duì)Chao1和Simpson多樣性指數(shù)都有明顯的影響。特別是在所有接種處理下，Cd的添加都顯著提高了真菌的Simpson多樣性指數(shù)（P＜0.05；圖1）。接種與添加Cd處理和對(duì)照處理都能顯著提高真菌的Simpson多樣性指數(shù)。添加Cd處理和對(duì)照處理，接種后均可顯著提高真菌的Simpson多樣性指數(shù)。

圖1 不同處理之間細(xì)菌（A，B），真菌（C，D）α多樣性的差異。

4、根際微生物群落的結(jié)構(gòu)

我們的研究在所有不同的處理中檢測(cè)到了10個(gè)細(xì)菌門類(相對(duì)豐度>1%)，即變形菌門（Proteobacteria）、放線菌門（Actinobacteria）、擬桿菌門（Bacteroidetes）、厚壁菌門（Firmicutes）、酸桿菌門（Acidobacteria）、藍(lán)藻細(xì)菌門（Cyanobacteria）、綠彎菌門（Chloroflexi）、髕骨細(xì)菌門（Patescibacteria）、芽單胞菌門（Gemmatimonadetes）和疣微菌門（Verrucomicrobia） (圖2A)。相對(duì)豐度<1%的其他種群被歸為”Others”。在所有處理中，Bacteroidetes、Actinobacteria、Proteobacteria和Firmicutes是主要的細(xì)菌門。Cd添加、接種及其相互作用顯著影響了Firmicutes、Bacteroidetes和Acidobacteria的相對(duì)豐度。特別是Cd的添加，明顯降低了所有接種(AR、AM和ARM)處理中Actinobacteria的相對(duì)豐度，而增加了兩個(gè)接種(AM和ARM)處理中Firmicutes的相對(duì)豐度。

我們的研究在所有不同的處理中檢測(cè)到了10個(gè)真菌門類(相對(duì)豐度>1%)，即子囊菌門（Ascomycota）、Unclassified、擔(dān)子菌門（Basidiomycota）、球囊菌門（Glomeromycota）、被孢霉門（Mortierellomycota）、壺菌門（Chytridiomycota）、毛霉門（Mucoromycota）、尾蟲門（Cercozoa）、油壺菌門（Olpidiomycota）和羅茲菌門（Rozellomycota） (圖2B)。在所有處理中，占主導(dǎo)地位的真菌門為Ascomycota（44.3-65.7%）和Unclassified（14.9-36.6%）。Cd的添加顯著影響了Cercozoa和Rozellomycota的相對(duì)豐度，接種后極大地影響了Glomeromycota、Mortierellomycota和Rozellomycota的相對(duì)豐度(P <0.05)。其他菌類在真菌群落組成中只占很小的一部分，如Basidiomycota和Glomeromycota。同時(shí)，對(duì)指示菌種的分析表明，從門到科水平的這些細(xì)菌類群(Proteobacteria、Actinobacteria、Acidobacteria、Chloroflexi、Bacteroidetes和Firmicutes)和真菌類群(Glomeromycota、Mortierellomycota和Rozellomycota)都是根瘤菌和AMF共同接種后根際微生物群落的主要指標(biāo)(表3)。

雙因素方差分析表明，添加Cd、接種及其相互作用極顯著地影響了細(xì)菌和真菌的群落結(jié)構(gòu)(P＜0.001)。此外，NMDS和ANOSIM分析表明，真菌和細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)在Cd和接種處理中均有顯著差異(P＜0.001；圖3)。部分Mantel檢驗(yàn)進(jìn)一步證實(shí)，添加Cd和接種處理與真菌和細(xì)菌群落內(nèi)的異質(zhì)性都有很大的相關(guān)性。

圖2 不同處理中主要細(xì)菌（A）和真菌（B）類群的相對(duì)豐度。

表3 通過添加Cd處理后的指示性類群分析，在門類水平將分類群確定為根際潛在指標(biāo)。

圖3 從Bray-Curtis距離矩陣得出的非度量多維標(biāo)度（NMDS）排序圖。

5、微生物群落與土壤特性的關(guān)系

Pearson相關(guān)分析發(fā)現(xiàn)，Cd、OTU和細(xì)菌群落的α多樣性指數(shù)(即Shannon、Simpson、Chao1和ACE)之間存在顯著的相關(guān)性(P＜0.05)。除Shannon指數(shù)外，SOC、TN、SOC:TN和SOC:TP與OUT以及細(xì)菌群落中的這些α多樣性指數(shù)之間存在顯著的相關(guān)性。但是，除了真菌群落的OTU和Shannon與SOC和SOC:TN外，真菌群落的α多樣性指數(shù)與這些土壤性質(zhì)之間沒有發(fā)現(xiàn)明顯的相關(guān)性。

VPA的結(jié)果表明，土壤性質(zhì)和Cd含量一般能解釋細(xì)菌群落的大部分變化（62.8%），而它們只能解釋真菌群落12.9%的變化（圖4A和B）。Mantel檢驗(yàn)和相關(guān)分析表明，除TP和SOC:TP外，其他土壤變量均與細(xì)菌群落顯著相關(guān)，而只有Olsen-P和pH值對(duì)真菌群落有顯著影響（圖4C）。此外，RDA還證實(shí)，與不同處理的真菌群落相比，土壤變量對(duì)不同處理的細(xì)菌群落有更明顯的影響。根據(jù)相關(guān)性熱圖和RDA或CCA，細(xì)菌群落中的Actinobacteria、Bacteroidetes、Firmicutes、Acidobacteria和Chloroflexi與除TP外的其他土壤變量顯著相關(guān)(P＜0.05；圖4D)。然而，在真菌群落中，只有Chytridiomycota、Olpidiomycota和Rozellomycota與大多數(shù)土壤變量表現(xiàn)出明顯的相關(guān)性(P <0.05；圖4E)。

圖4 變異分區(qū)分析顯示了細(xì)菌（A）和真菌（B）群落解釋的土壤特性和土壤Cd的差異百分比。土壤變量與微生物群落結(jié)構(gòu)之間的關(guān)系（C）。細(xì)菌類群（門水平，D）和真菌類群（門水平，E）與土壤特性的相關(guān)熱圖。

6、接種和添加Cd處理與微生物群落、土壤特性、植物生物量和Cd吸收的級(jí)聯(lián)關(guān)系

PLS-PM表明，接種根瘤菌和ARM直接影響真菌和細(xì)菌多樣性，間接影響抗氧化酶活性、脂質(zhì)過氧化和苜蓿生物量。接種對(duì)細(xì)菌多樣性（OTU、ACE、Chao-1、Simpson和Shannon指標(biāo)）有正向影響，但對(duì)真菌多樣性無顯著影響。接種正向影響抗氧化酶活性和苜蓿生物量，負(fù)向影響脂質(zhì)過氧化（圖5D）。接種對(duì)抗氧化酶活性（0.60）和植物生物量（0.55）的影響最大。

圖5 處理（接種和添加Cd）與微生物群落、土壤特性和植物抗性的級(jí)聯(lián)關(guān)系。偏最小二乘路徑模型(PLS-PM)剖析了處理、微生物群落和土壤特性對(duì)植物抗性的主要影響途徑(A)(B)；以及每個(gè)變量對(duì)植物生物量、抗氧化酶和脂質(zhì)過氧化物的總影響(C)(D)。

討論

1、 根瘤菌與AMF共接種對(duì)Cd脅迫下植物抗性的影響

本研究發(fā)現(xiàn)，苜蓿生長4個(gè)月后生物量明顯增加，根瘤菌和AMF處理的生物量最高（表1）。與未接種的處理相比，使用根瘤菌或AMF的單次接種處理伴隨著生物量的增加和營養(yǎng)物質(zhì)的獲得。有的研究表明，接種AMF增加了豆科植物的根瘤數(shù)量，這表明菌根的形成提供了足夠的磷（P）來支持根瘤和類桿菌的生長。在所有接種處理中，根瘤菌和AMF共接種處理對(duì)緩解苜蓿Cd脅迫的總體效果最大。

補(bǔ)救策略的可行性在很大程度上取決于土壤中殘留重金屬的生物活性及其在植物中的利用率。根瘤菌和AMF共同接種處理中，紫花苜蓿芽和根的Cd吸收總量明顯高于單獨(dú)接種或未接種處理（表1）。苜蓿芽中的Cd濃度保持穩(wěn)定，說明接種可防止Cd在植物組織中過量積累，同時(shí)可以促進(jìn)植物生物量的增加（表1）。此外，Cd主要積累在根部，轉(zhuǎn)移到芽上的Cd量極少，這阻礙了芽上出現(xiàn)的Cd誘導(dǎo)的中毒癥狀的發(fā)生，從而有利于植物穩(wěn)定。

2、 根瘤菌與AMF共接種對(duì)Cd脅迫下植物抗性的影響

探究根瘤菌與AMF共接種提高植物抗病性的途徑是揭示接種促進(jìn)生長機(jī)制的關(guān)鍵。在我們的研究中，接種微生物顯著增加了Cd脅迫下紫花苜蓿根際細(xì)菌多樣性，降低了真菌多樣性，說明共接種有利于細(xì)菌群落多樣性的恢復(fù)；而添加Cd則不利于真菌群落多樣性的恢復(fù)（圖1）。群落多樣性反映了群落的穩(wěn)定性和功能多樣性，因此，與真菌群落相比，細(xì)菌群落對(duì)苜蓿抗Cd脅迫的輔助潛力更大。此外，PLS-PM還確定了Cd脅迫下細(xì)菌多樣性對(duì)抗氧化酶活性和苜蓿生物量的顯著正相關(guān)關(guān)系（圖5）。

對(duì)于真菌類群，在AMF接種后，Glomeromycota的相對(duì)豐度顯著增加（AMF屬于Glomeromycota）（圖2B）。另一方面，Mortierellomycota和 Rozellomycota相對(duì)豐度的下降可能是由于 Glomeromycota相對(duì)豐度的增加所致（圖 S1B）。因此，在根瘤菌和AMF共同接種后，這些細(xì)菌類群（增加的類群包括Proteobacteria、Actinobacteria、Acidobacteria和Chloroflexi，減少的類群包括Bacteroidetes和Firmicutes）和真菌類群（增加的分類群包括Glomeromycota，減少的分類群包括Mortierellomycota和Rozellomycota）可能是提高紫花苜蓿對(duì)Cd抗性的關(guān)鍵根際微生物區(qū)系。

以往的研究表明，許多微生物類群，即Proteobacteria、Actinobacteria、Acidobacteria和Chloroflexi(如Acidobacteria(GP1、GP3和GP6)、Rhizobiales、Burkholderiales、Pseudomonadales和Frankineae)可以幫助植物吸收養(yǎng)分，提高植物生產(chǎn)力。例如，S.meliloti可以誘導(dǎo)根瘤菌占據(jù)豆科植物的結(jié)節(jié)，以幫助養(yǎng)分吸收。有研究表明，根瘤菌也可能提供病害保護(hù)，在提供養(yǎng)分的根瘤菌占主導(dǎo)地位的根三葉植物的微生物組，被細(xì)菌屬富集。一項(xiàng)研究表明，根瘤菌也可能提供疾病保護(hù)，在三葉草屬的微生物組中，提供養(yǎng)分的根瘤菌占主導(dǎo)地位，這些微生物群由細(xì)菌屬富集。此外，已知許多細(xì)菌可以緩解鐵(Fe)、磷(P)、鎂(Mg)和鈣(Ca)的缺乏，從而防止它們因重金屬競爭而轉(zhuǎn)移到植物根部。這些過程還可以通過增加根際中微量元素的利用率來促進(jìn)紫花苜蓿的生長。因此，提高紫花苜蓿對(duì)Cd脅迫抗性的關(guān)鍵細(xì)菌類群的主要過程可能是它們?yōu)樽匣ㄜ俎Ｌ峁┝宋崭H營養(yǎng)物質(zhì)并減少植物光合作用衍生的碳（C）釋放到土壤中的輔助作用（圖5）。

與細(xì)菌群落相反，VPA顯示真菌群落對(duì)土壤變量的影響較小(圖4A和B)，這與我們的結(jié)果一致，即除Olsen-P和pH值外，真菌群落與根際中的SOC和養(yǎng)分沒有很強(qiáng)的相關(guān)性(圖4C)。我們的結(jié)果表明，真菌群落在提高紫花苜?？笴d脅迫方面的相關(guān)效果低于細(xì)菌群落。這些結(jié)果也被發(fā)現(xiàn)的關(guān)鍵真菌類群和根際變量之間的微弱相關(guān)性所支持（圖4E）。但是，由AMF接種引起的這些關(guān)鍵真菌類群的變化強(qiáng)烈影響了關(guān)鍵細(xì)菌類群，這表明這些關(guān)鍵真菌類群可能通過影響細(xì)菌群落的方式在Cd脅迫下輔助苜蓿生長中發(fā)揮間接作用。這些結(jié)果也闡明了根瘤菌和AMF共同接種與單獨(dú)接種相比促進(jìn)苜?？剐院蜕L的原因。通過PLS-PM分析（圖5），關(guān)鍵的真菌類群對(duì)關(guān)鍵的細(xì)菌類群有直接影響，這對(duì)植物的抗性和生長有間接的有利影響。一般來說，在根瘤菌和AMF共同接種處理下，根瘤菌群落而非相應(yīng)的真菌群落主要提高了紫花苜蓿對(duì)Cd脅迫的抗性。

結(jié)論

對(duì)共生微生物如何影響根際微生物類群以協(xié)助苜蓿抵御Cd脅迫提供了新的認(rèn)識(shí)，根際群落成員間的相互作用或接種后群落組合的動(dòng)態(tài)是重要因素。與單一接種相比，根瘤菌和AMF聯(lián)合接種對(duì)苜?？笴d脅迫的綜合效應(yīng)最大。根瘤菌和AMF共接種對(duì)主要細(xì)菌類群產(chǎn)生強(qiáng)烈影響，主要通過幫助植物從根際吸收養(yǎng)分和減少植物光合作用產(chǎn)生的C分配到土壤中來提高苜蓿對(duì)Cd脅迫的抗性。這些研究結(jié)果對(duì)進(jìn)一步提高植物的抗逆性，保證牧草和作物的生產(chǎn)具有重要意義。

百邁客擁有完備的實(shí)驗(yàn)分析平臺(tái)，可以開展宏基因組（Illumina/ONT），二代微生物多樣性，全長微生物多樣性，細(xì)菌/真菌基因組測(cè)序及數(shù)據(jù)分析服務(wù),百邁客在微生物組領(lǐng)域深耕多年，致力于提供高質(zhì)量的科研服務(wù)。目前已搭建微生物多樣性分析平臺(tái)、宏基因組分析平臺(tái)、微生物基因組和宏基因組binning分析四大平臺(tái)，助力微生物組研究。

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]]> http://www.altalakepainting.com/archives/25106 Wed, 29 Dec 2021 07:43:34 +0000 http://www.altalakepainting.com/?p=25106 作物的產(chǎn)量和品質(zhì)一直是農(nóng)業(yè)科研工作者的關(guān)注重點(diǎn)，植物代謝物中很多是與人類健康密切相關(guān)的營養(yǎng)成分。近年，植物代謝組學(xué)也開始應(yīng)用于主要農(nóng)作物(如水稻、玉米等)的產(chǎn)量、品質(zhì)性狀等育種研究領(lǐng)域。在育種工作中，尤其是分子設(shè)計(jì)育種中，√確定量描述作物的產(chǎn)量和品質(zhì)性狀是篩選育種材料的關(guān)鍵。利用代謝組學(xué)方法，可以快速的對(duì)作物營養(yǎng)成分進(jìn)行分析，對(duì)其品質(zhì)進(jìn)行評(píng)價(jià)。

基于“非靶向代謝組學(xué)”，實(shí)現(xiàn)了高靈敏度、高通量的代謝物鑒定。 該平臺(tái)可進(jìn)行脂溶、水溶性代謝物的z確定性和√確定量，并結(jié)合多元商業(yè)軟件及自建分析流程搭建了基于代謝組的多組學(xué)數(shù)據(jù)整合分析流程。我們將通過幾篇文獻(xiàn)為大家概述非靶代謝在植物品質(zhì)研究中的應(yīng)用。

案例一

運(yùn)用非靶向代謝組學(xué)和化學(xué)計(jì)量學(xué)鑒定分析苦茶中苦味的關(guān)鍵代謝物

研究對(duì)象：苦茶（5個(gè)茶葉品種KC1，KC2，YH9，TGY，QX1）

研究技術(shù)：非靶向代謝組學(xué)、高效液相色譜定量分析

研究路線

研究結(jié)果：采用非靶向代謝組學(xué)方法，研究了苦茶的代謝物。結(jié)果表明，2個(gè)苦茶品種與3個(gè)對(duì)照普通茶品種之間共鑒定出90種差異代謝物。其中，茶苦堿等8種代謝物在KC1和KC2中的含量均顯著高于對(duì)照品種。這些化合物中的大多數(shù)都是導(dǎo)致苦茶苦味的重要因素?；诟咝б合嗌V的定量分析結(jié)果與LC-MS分析結(jié)果相似，表明苦茶中茶苦堿和EGCG含量高于對(duì)照品種。此外，研究數(shù)據(jù)還表明，苦茶的強(qiáng)烈苦味可能是兒茶素、生物堿、黃酮醇和黃酮醇/黃酮苷、氨基酸和酚酸的綜合作用的結(jié)果。為進(jìn)一步研究苦茶的苦味和營養(yǎng)特性提供了理論依據(jù)。

不同茶葉KC1、KC2、YH9、TGY、QX1代謝產(chǎn)物的熱圖

案例二

通過非靶向代謝組學(xué)分析靈芝的發(fā)酵液，菌絲體，子實(shí)體和孢子粉的代謝特征

研究對(duì)象：靈芝的不同部位（發(fā)酵液，菌絲體，子實(shí)體和孢子粉）

研究技術(shù)：LC-MS非靶向代謝組學(xué)

研究路線

研究結(jié)果：這項(xiàng)研究運(yùn)用靈芝的不同部分，通過非靶向代謝組學(xué)研究靈芝不同部位的功能和藥效。根據(jù)非靶向代謝組學(xué)的結(jié)果，得出子實(shí)體可以特別用作抗腫瘤和抗艾滋病藥物；孢子粉可用于開發(fā)治療肝病和糖尿病的藥物；靈芝的四個(gè)部分可用于抗氧化劑領(lǐng)域。本研究為靈芝的質(zhì)量評(píng)價(jià)和綜合利用提供了理論依據(jù)。

靈芝不同部分生物堿類化合物熱圖

靈芝不同部分多糖和核苷類化合物熱圖

案例三

利用野生番茄漸滲系闡明轉(zhuǎn)錄組和代謝組變異對(duì)果實(shí)性狀和病原菌響應(yīng)的遺傳基礎(chǔ)的潛在影響

研究對(duì)象：番茄的果實(shí)和果皮（504個(gè)BILs和76個(gè)ILs）

研究技術(shù)：LC-MS非靶代謝組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)

研究路線

研究結(jié)果：本研究利用秘魯野生番茄品種（PI246502或LA0716）和現(xiàn)代栽培品種番茄M82構(gòu)建了番茄的作圖群體。通過對(duì)580個(gè)系進(jìn)行非靶代謝組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析，結(jié)合病原體敏感性分析，確定了與數(shù)百個(gè)轉(zhuǎn)錄本和代謝產(chǎn)物水平相關(guān)的基因組位點(diǎn)。另外，本文鑒定了茄堿途徑的組成部分，以及參與病原體防御的基因和代謝物，并將真菌抗性與果實(shí)成熟調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的變化聯(lián)系起來。這項(xiàng)研究推測(cè)出的基因型-表型關(guān)聯(lián)將對(duì)目前的分子育種做出重大貢獻(xiàn)，有助于對(duì)抗風(fēng)味和抗病性等關(guān)鍵水果質(zhì)量性狀的丟失，并為研究關(guān)鍵果實(shí)品質(zhì)性狀提供了依據(jù)。

野生番茄物種滲入的多模態(tài)研究

總結(jié)

目前的研究大多集中在模式植物中，對(duì)非模式植物，特別是重要藥用植物的研究較為薄弱。以植物代謝組學(xué)為切入點(diǎn)，繪制植物代謝網(wǎng)絡(luò)，將生物事件與代謝表型關(guān)聯(lián)起來，從而闡明其中的作用機(jī)制和效應(yīng)物質(zhì)基礎(chǔ)，再與其他系統(tǒng)生物學(xué)組學(xué)聯(lián)合分析，勢(shì)必會(huì)將植物研究提升到另一個(gè)高度和深度。

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正值年末，百邁客質(zhì)譜產(chǎn)品系列產(chǎn)品促銷活動(dòng)火熱進(jìn)行中。

英文名稱：Acute depletion of CTCF rewires genome-wide chromatin accessibility

雜志名稱：Genome Biol.

影響因子：13.583

發(fā)表日期：2021年8月24日

摘要

CCCTC-結(jié)合因子(CTCF)是一種高度保守的含鋅指轉(zhuǎn)錄因子，被稱為“基因組編織大師”。它是研究最廣泛的三維(3D)染色質(zhì)結(jié)構(gòu)調(diào)控因子。研究發(fā)現(xiàn)在CTCF急性衰竭細(xì)胞模型和其他基因敲除模型中，CTCF在全基因組TAD和TAD內(nèi)部loop環(huán)的形成中是不可或缺的。為了更好地理解CTCF結(jié)合占用率如何促進(jìn)轉(zhuǎn)錄調(diào)控，本文系統(tǒng)地進(jìn)行了多組學(xué)研究，特別關(guān)注染色質(zhì)可及性。通過系統(tǒng)整合了ATAC-seq、RNA-seq, WGBS, Hi-C, Cut&Run和CRISPR-Cas9基因篩選技術(shù)，以及深度蛋白質(zhì)組學(xué)和磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)分析，用以研究CTCF蛋白急性耗竭對(duì)細(xì)胞的影響。

材料方法

實(shí)驗(yàn)材料：人B細(xì)胞淋巴母細(xì)胞白血?。˙-ALL）細(xì)胞系SEM（DSMZ），3個(gè)單細(xì)胞克隆(clones 27, clones35和clones42)分別用IAA處理24 h和48 h誘導(dǎo)CTCF退化。

ATAC-seq：有無IAA處理的三個(gè)克隆細(xì)胞樣本，一式兩份。

全基因組甲基化測(cè)序（WGBS）：IAA處理24h或無IAA處理的clone27。

蛋白質(zhì)組和磷酸化蛋白質(zhì)組分析：CTCFAIDSEM細(xì)胞，分為4個(gè)組：no IAA，+IAA 12h，+IAA 23h和+IAA 48h，一式三份。

RNA-seq：有無IAA處理24h或48h的DSMZ。（前期研究）

Hi-C：有或者無IAA處理的clone27和clone35。（前期研究）

Cut&Run實(shí)驗(yàn)：有或者無IAA處理的clone35和clone42，選用CTCF抗體進(jìn)行富集。（前期研究）

一、急性CTCF耗竭改變了染色質(zhì)的可及性

前期研究已經(jīng)通過將雙等位基因miniAID-mClover3標(biāo)簽導(dǎo)入人的內(nèi)源性CTCF位點(diǎn)，并產(chǎn)生了三個(gè)CTCFAID細(xì)胞的克隆。在強(qiáng)力霉素和生長素(IAA)處理下，強(qiáng)制表達(dá)與Skp1/Culin/F-box (SCF)泛素連接酶組分連接的OsTIR1，快速降解CTCF融合蛋白(圖1A)。當(dāng)強(qiáng)力霉素和IAA完全從培養(yǎng)基中洗脫后，這種降解是可逆的。通過對(duì)三個(gè)單細(xì)胞來源的克隆進(jìn)行IAA處理24小時(shí)的免疫印跡實(shí)驗(yàn)，證實(shí)了CTCF能夠有效降解(圖1B)，類似于之前在48h處理?xiàng)l件下的研究結(jié)果。

為了研究CTCF耗竭對(duì)全基因組染色質(zhì)可及性的影響，對(duì)有或無IAA處理的CTCFAID細(xì)胞進(jìn)行了ATAC-seq，同時(shí)野生型SEM細(xì)胞和通過CRISPR敲除兩個(gè)不相關(guān)靶點(diǎn)USF1和USF2的SEM細(xì)胞作為對(duì)照?？偟膩碚f，共發(fā)現(xiàn)了8876個(gè)顯著降低的差異可及性區(qū)域(DARs)， 8042個(gè)可及性顯著增加的DARs。熱圖和峰值信號(hào)強(qiáng)度結(jié)果都證實(shí)了DARs具有高度重現(xiàn)性(圖1C, D)。正如預(yù)期的那樣，這些DARs在熱圖中的聚類效果顯示出與CTCF耗竭相互一致的趨勢(shì)，但在USF1/2敲除的SEM細(xì)胞中保持不變，表明這些DARs具有依賴CTCF的特征。

接下來分析這些DARs與它們最近的CTCF motif之間的物理距離。結(jié)果表明，可及性減弱的DARs更接近于最近的CTCF motifs。相比之下，可及性增強(qiáng)的DARs與CTCF motif的距離顯著高于可及性減弱的DARs，但顯著低于對(duì)照組(圖1E)。

圖1 急性CTCF耗竭會(huì)改變?nèi)旧|(zhì)的可及性

二、急性CTCF耗竭后染色質(zhì)可及性特征發(fā)生變化

前面綜合分析了在CTCF耗竭后，隨著染色質(zhì)可及性的改變，轉(zhuǎn)錄因子的占用情況。接下來通過查看motif數(shù)據(jù)庫TRANSFAC中所有帶注釋的TF motif，在三類區(qū)域中計(jì)算他們的富集頻率：減弱的DARs、增強(qiáng)的DARs和對(duì)照區(qū)域。發(fā)現(xiàn)在減弱的DARs中最富集的TFs是CTCF和黏連蛋白(SMC3和RAD21)(圖2A)。Tn5插入位點(diǎn)的foot-printing分析證實(shí)，它們的motifs在motif中心受到保護(hù)(圖2C)。這些結(jié)果表明，減弱的DARs反映了CTCF耗竭產(chǎn)生的影響。

增強(qiáng)的DARs也富集到了CTCF motif，與之前的CTCF-motif距離分析一致(圖1E)。然而，最富集的TF不是CTCF motif。相反，有許多是與活性轉(zhuǎn)錄相關(guān)的一般轉(zhuǎn)錄因子(GTFs)(圖2B, D)。這些數(shù)據(jù)說明DARs的調(diào)控作用很可能和CTCF的抑制功能相關(guān)。

雖然CTCF和黏連蛋白的motifs在增強(qiáng)和減弱的DARs中都富集到了，但它們?cè)谠鰪?qiáng)的DARs中的foot-printing分析表現(xiàn)出不同的模式特征。與減弱的DARs中Tn5保護(hù)的motif中心相比，這些motif周圍的近端側(cè)翼區(qū)域更受保護(hù)，這與活性啟動(dòng)子和增強(qiáng)子相關(guān)的串聯(lián)CTCF motif(2xCTSes)一致。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，8042個(gè)區(qū)域中有1244個(gè)(15.4%)的DARs與2xCTSes重疊，比對(duì)照區(qū)域和減弱DARs區(qū)域更富集。而這些2xCTSes被認(rèn)為調(diào)節(jié)染色質(zhì)loop環(huán)，觀察到的DARs可能與染色質(zhì)loop環(huán)直接相關(guān)。

接下來，將這些loop環(huán)分成三組，并用不同的標(biāo)準(zhǔn)繪制它們的正常染色質(zhì)接觸數(shù)。與增強(qiáng)的DARs重疊的loop環(huán)展現(xiàn)出更多的染色質(zhì)內(nèi)接觸，而與減弱的DARs重疊的loop環(huán)展現(xiàn)出更少的染色質(zhì)內(nèi)接觸。三組的染色質(zhì)內(nèi)接觸均在CTCF耗竭后減少。然而，重疊于減弱的DARs的loop環(huán)減少的觸點(diǎn)顯著多于重疊于對(duì)照NFRs區(qū)域和增強(qiáng)的DARs的loop環(huán)(圖2E)?？偟膩碚f，loop環(huán)的形成可能只反映CTCF的結(jié)合狀態(tài)，而不是直接調(diào)控染色質(zhì)可及性。然而，較弱的遠(yuǎn)端環(huán)似乎更容易失去CTCF。

最后嘗試探索這些DARs是否與TAD邊界有關(guān)，發(fā)現(xiàn)對(duì)照的ATAC-seq峰和減弱的DARs到TAD邊界的距離分布相似，而增強(qiáng)的DARs總體上出現(xiàn)在遠(yuǎn)離TAD邊界的地方(圖2F)。已知TAD邊界在CTCF結(jié)合位點(diǎn)和轉(zhuǎn)錄活性基因(包括管家基因)中富集。CTCF占據(jù)的物理位置似乎與其轉(zhuǎn)錄調(diào)控密切相關(guān)。

圖2 急性CTCF耗竭后染色質(zhì)可及性的特征變化

本文假設(shè)急性CTCF耗盡的細(xì)胞模型最適合于確定全基因組DNA甲基化的即時(shí)反應(yīng)。

令人驚訝的是，當(dāng)用WGBS生成DNA甲基化譜時(shí)，并沒有觀察到急性CTCF耗盡后全基因組DNA甲基化的變化。與ATAC-seq和CTCF Cut&Run的分析結(jié)果不同，DARs周圍的DNA甲基化水平在對(duì)照組和CTCF耗竭組之間沒有發(fā)現(xiàn)有差異性(圖S9A)。接下來分析差異甲基化區(qū)域(DMRs)，發(fā)現(xiàn)只有49個(gè)顯著差異區(qū)域(圖S9B)。進(jìn)一步檢查這些增強(qiáng)的DMRs富集的motif，并沒有發(fā)現(xiàn)CTCF或黏連蛋白(圖S9C)，表明這些DMRs與CTCF占用沒有直接關(guān)聯(lián)?？傊?，研究結(jié)果表明，急性CTCF耗竭不會(huì)影響SEM細(xì)胞中全基因組DNA甲基化。

圖S9 急性CTCF耗竭不影響全基因組DNA甲基化

三、依賴CTCF的染色質(zhì)可及性通過啟動(dòng)子或增強(qiáng)子-啟動(dòng)子loop環(huán)調(diào)節(jié)基因表達(dá)

雖然CTCF在某些位點(diǎn)的基因調(diào)控中不可或缺，如H19-IGF2、β-血紅蛋白、原鈣粘蛋白簇和TP53等，但目前尚不清楚這種轉(zhuǎn)錄調(diào)控是否由CTCF直接作用，或者染色質(zhì)可及性是否也發(fā)揮了作用?；鹕綀D顯示增強(qiáng)的DARs中基因啟動(dòng)子數(shù)比減弱的DARs中的更多(圖3A)。接下來計(jì)算DARs中的基因數(shù)，發(fā)現(xiàn)這些基因在IAA處理后的細(xì)胞的RNA-seq數(shù)據(jù)中也表現(xiàn)轉(zhuǎn)錄差異。更多減弱的DARs往往與下調(diào)的基因相關(guān)，而更多的增強(qiáng)的DARs通常與基因表達(dá)增多相關(guān)。

對(duì)于表現(xiàn)出一致變化的基因，進(jìn)一步檢查它們啟動(dòng)子的ATAC-seq信號(hào)，并確認(rèn)模式與預(yù)期一致(圖3B)。還使用基因表達(dá)水平和ATAC-seq信號(hào)z-score制作了熱圖，確認(rèn)了可重復(fù)的模式(圖3C)。基于排名最高的基因集進(jìn)行了基因集富集分析(GSEA)，結(jié)果表明減弱的DARs與基因下調(diào)相關(guān)，而增強(qiáng)的DARs與基因上調(diào)相關(guān)。因此得出結(jié)論，與DARs相關(guān)的轉(zhuǎn)錄變化特征直接響應(yīng)CTCF的急性耗竭。
CTCF基因啟動(dòng)子的染色質(zhì)可及性在CTCF耗竭時(shí)也有所增加(圖3D)，這一點(diǎn)通過定量PCR (Q-PCR)進(jìn)一步得到驗(yàn)證(圖3E)。這些數(shù)據(jù)表明CTCF可以抑制自身以保持最*表達(dá)水平。對(duì)于CTCF耗竭后被下調(diào)的基因，如MYC，并沒有在啟動(dòng)子區(qū)域檢測(cè)到有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的染色質(zhì)可及性變化。因此，當(dāng)啟動(dòng)子區(qū)域保持開放時(shí)，遠(yuǎn)端增強(qiáng)子區(qū)域的染色質(zhì)景觀變得更難以接近，再加上CTCF耗竭，可能在控制能調(diào)控MYC轉(zhuǎn)錄的遠(yuǎn)端增強(qiáng)子-啟動(dòng)子loop環(huán)的形成中發(fā)揮作用。

圖3?啟動(dòng)子或增強(qiáng)子-啟動(dòng)子環(huán)調(diào)節(jié)基因表達(dá)

四、綜合分析假定的絕緣子CTCF結(jié)合位點(diǎn)

本文通過綜合分析建立了一個(gè)框架來識(shí)別假定的CTCF介導(dǎo)的絕緣子元件。將ATAC-seq結(jié)果中的3490個(gè)峰和有CTCF結(jié)合的峰取交集，共有716個(gè)增強(qiáng)的ATAC-seq峰。接下來，將它們與RNA-seq結(jié)果中上調(diào)的基因進(jìn)行比對(duì)，判斷TSSs是否位于距離DARs區(qū)域2-50 kb的范圍。綜上所述，有67個(gè)基因符合這些標(biāo)準(zhǔn)(圖(Fig 4A)。這67個(gè)基因中有20個(gè)基因的附近有染色質(zhì)loop環(huán)。例如，在BLCAP基因上游約7 kb處觀察到一個(gè)假定的抑制性CTCF結(jié)合峰，該峰位于Hi-C數(shù)據(jù)所示的染色質(zhì)絕緣loop環(huán)中(圖4B )。在未經(jīng)過IAA處理的對(duì)照CTCFAID細(xì)胞中，CTCF與該motif結(jié)合導(dǎo)致染色質(zhì)可及性受到抑制，這在ATAC-seq數(shù)據(jù)中信號(hào)的缺失很明顯。然而，在急性CTCF耗竭時(shí)，ATAC-seq峰值信號(hào)和BLCAP mRNA表達(dá)明顯增加(圖4C)。

圖 4 綜合分析假定的絕緣子CTCF結(jié)合位點(diǎn)

五、CTCF抑制BLCAP表達(dá)的功能驗(yàn)證

為了進(jìn)一步驗(yàn)證預(yù)測(cè)的假定絕緣子的作用，將慢病毒表達(dá)的引導(dǎo)RNA感染表達(dá)Cas9的SEM細(xì)胞中，然后進(jìn)行抗生素選擇。Sanger基因組測(cè)序(Inference of CRISPR edit, ICE)在目標(biāo)人群中檢測(cè)到約61%的總indel頻率(圖5A)，與非靶向?qū)驅(qū)φ战M(sgNT)相比，導(dǎo)致BLCAP mRNA表達(dá)顯著增加(圖5B)。用IAA處理CTCFAID細(xì)胞24和48小時(shí)，然后洗脫IAA進(jìn)行CTCF修復(fù)。通過RNA-seq分析和Q-PCR驗(yàn)證，驗(yàn)證急性CTCF蛋白耗竭時(shí)BLCAP mRNA的表達(dá)(圖5C)。不出所料，生長素處理24或48 h后CTCF蛋白急性耗竭，BLCAP表達(dá)水平顯著升高。更重要的是，洗脫生長素后，其表達(dá)水平恢復(fù)到親本細(xì)胞的水平(圖5D)。綜上所述，這些數(shù)據(jù)有力地支持了CTCF在BLCAP調(diào)控區(qū)域的占用充當(dāng)了控制BLCAP表達(dá)的功能絕緣體。

圖 5 CTCF在抑制BLCAP表達(dá)方面的作用的功能驗(yàn)證

六、多組學(xué)聯(lián)合揭示CTCF共同調(diào)控因子

為了進(jìn)一步研究急性CTCF耗竭對(duì)基因表達(dá)的影響，本文系統(tǒng)探索了CTCF介導(dǎo)的下游蛋白組和磷酸化蛋白組水平的基因表達(dá)，并將其與ATAC-seq和RNA-seq數(shù)據(jù)聯(lián)合分析(圖6A)?？偟膩碚f,將24小時(shí)治療組與無IAA治療組比較，確定了2550個(gè)差異表達(dá)蛋白質(zhì)和1895個(gè)差異表達(dá)磷酸肽(圖6B）。雖然觀察到整體蛋白質(zhì)組和轉(zhuǎn)錄組之間存在合理的相關(guān)性(圖6C)，但只有488個(gè)DE mRNA。與免疫印跡和Q-PCR結(jié)果一致，基于質(zhì)譜(MS)的蛋白質(zhì)組學(xué)和RNA-seq分析證實(shí)，急性CTCF耗竭后，在蛋白水平上CTCF表達(dá)顯著減少，在mRNA水平上表達(dá)增加。這些數(shù)據(jù)表明，盡管mRNA水平的變化并不明顯，急性CTCF耗竭誘導(dǎo)了下游響應(yīng)的大量中斷。

本文開發(fā)了一種多組學(xué)聯(lián)合的方法來定義CTCF共調(diào)控轉(zhuǎn)錄因子，總共鑒定了40個(gè)CTCF共同調(diào)控因子，這些TF在急性CTCF耗竭時(shí)在mRNA和/或蛋白質(zhì)水平上顯著影響其下游靶基因的表達(dá)(圖6D)。正如預(yù)期的那樣，這40個(gè)CTCF共調(diào)控因子中的大多數(shù)也在CTCF介導(dǎo)的DARs中有共同定位，證實(shí)了它們與CTCF有著潛在的直接共同調(diào)控作用。

此外，我們還研究了CTCF的共調(diào)控模式，并選擇了候選的TF包括 ZBTB7A和YY1，同時(shí)DUX作為陰性對(duì)照來觀測(cè)。與對(duì)照和增強(qiáng)的DARs相比，這兩個(gè)motif的絕大多數(shù)距離減弱的DARs更近，這表明CTCF的耗竭可能會(huì)影響相鄰的開放染色質(zhì)可及性，導(dǎo)致與其他TFs結(jié)合的缺失(圖6E,F)。而DUX4和CTCF motif距離分布均勻(圖6G)。總之,本文系統(tǒng)地揭示并驗(yàn)證了CTCF介導(dǎo)和招募的主要共調(diào)控因子，通過編織和改變?nèi)旧|(zhì)可及性來實(shí)現(xiàn)下游轉(zhuǎn)錄調(diào)控，并證明了多組學(xué)分析方法是強(qiáng)大的，可以識(shí)別不具有明顯表達(dá)變化的隱藏主調(diào)控因子。

圖6 多組學(xué)分析CTCF調(diào)節(jié)下游基因表達(dá)的主共調(diào)控因子

討論

使用急性CTCF退化系統(tǒng)和豐富的可用數(shù)據(jù)集提供了直接證據(jù)，表明CTCF調(diào)控染色質(zhì)可及性，但不調(diào)控DNA甲基化。CTCF可能在串聯(lián)CTCF結(jié)合位點(diǎn)維持染色質(zhì)可及性，從而招募CTCFL到附近的基因并啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄。雖然CTCF的急性耗竭會(huì)深刻地干擾整個(gè)染色質(zhì)相互作用和可及性，但轉(zhuǎn)錄水平通常不會(huì)有顯著改變。這些發(fā)現(xiàn)表明在CTCF急性耗竭后蛋白質(zhì)翻譯和翻譯后修飾過程中發(fā)生了潛在的全局變化?？傊?，CTCF的急性耗竭改變了染色質(zhì)相互作用和可及性，需要進(jìn)一步的研究來更好地理解CTCF的耗竭如何導(dǎo)致蛋白質(zhì)和翻譯后修飾的巨大變化。

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