真菌基因組精細(xì)圖（PacBio）
全面分析 深度研究
真菌基因組產(chǎn)品技術(shù)介紹
真菌基因組研究，?采用2+3或2+3+HiC等測(cè)序策略對(duì)真菌基因組進(jìn)行測(cè)序、組裝以及功能注釋，可根據(jù)不同需求選擇真菌基因組調(diào)研圖、真菌基因組精細(xì)圖以及真菌基因組準(zhǔn)完成圖進(jìn)行研究
根據(jù)不同研究提供全面技術(shù)分析
真菌基因組相對(duì)復(fù)雜，百邁客可根據(jù)具體的研究目的提供不同的研究方案，采用二代測(cè)序、三代測(cè)序以及HiC等豐富全面的測(cè)序平臺(tái)對(duì)真菌基因組進(jìn)行深度研究。
測(cè)序策略和送樣要求
| 產(chǎn)品類型 | 測(cè)序策略 | 承諾指標(biāo) | 總量要求（μg） |
| 調(diào)研圖 | Illumina | 承諾測(cè)序深度 | ≥0.6 |
| 精細(xì)圖 | Illumina?50X?+?ONT?100X | Contig?N50?≥2M | ≥3 |
| Pacbio?HIFI?30X | |||
| 準(zhǔn)完成圖 | Illumina?50X?+?ONT?100X?(Pacbio?HIFI?30X)?+?Hi-C?100X | 至少90%的基因組序列定位到染色體 | ≥5 |
| 環(huán)境樣品 | 取樣方法 | 保存及運(yùn)輸 |
| 單細(xì)胞真菌 | 顯微鏡下觀察酵母菌生長(zhǎng)狀態(tài)，盡量收集生長(zhǎng)期處于對(duì)數(shù)期的酵母菌；將適量體積的酵母菌液轉(zhuǎn)移至將2?mL旋蓋尖底離心管中（無(wú)菌，無(wú)核酸酶），于室溫下14000×g?離心1?min；棄盡培養(yǎng)基，將酵母細(xì)胞沉淀迅速置于液氮中冷凍3?h以上，然后轉(zhuǎn)移至-80?°C長(zhǎng)期保存 | -80℃冰箱保存，干冰運(yùn)輸 |
| 大型真菌 | 從菌體上，取下生長(zhǎng)旺盛的組織，用無(wú)菌水沖洗干凈，再使用?75%乙醇沖洗，用吸水紙吸干樣品表面；如果組織體積較大，應(yīng)盡量將組織剪切成長(zhǎng)寬高均≤0.5cm?的小塊；將處理好的組織樣本保存于2?ml?或更大體積的旋蓋凍存管中或者用準(zhǔn)備好的錫箔紙包裹組織 |
全面豐富的信息分析內(nèi)容
提供專業(yè)的真菌基因組分析，√確豐度的標(biāo)準(zhǔn)分析對(duì)真菌詳細(xì)信息進(jìn)行解讀，全面了解基因組信息，通過(guò)比較基因組分析，可更深度解讀真菌生物學(xué)意義。
| 分析類型 | 研究目的 | 具體分析內(nèi)容 |
| 分析內(nèi)容 | 基因組組裝 | 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控；基因組組裝：組裝結(jié)果統(tǒng)計(jì)，組裝評(píng)估 |
| 基因組組裝分析 | 重復(fù)序列預(yù)測(cè)；編碼基因預(yù)測(cè)；非編碼RNA預(yù)測(cè)；假基因預(yù)測(cè)；基因簇預(yù)測(cè) | |
| 基因組功能注釋 | 通用數(shù)據(jù)庫(kù)注釋：GO,?KEGG,?KOG,?TrEMBL，Swiss-prot,?Nr,?pfam； 專有數(shù)據(jù)庫(kù)注釋：?CAZy，TCDB，PHI，CYPED，DFVF； 蛋白亞細(xì)胞定位分析：信號(hào)肽預(yù)測(cè)；跨膜蛋白預(yù)測(cè)；分泌蛋白預(yù)測(cè)；效應(yīng)蛋白預(yù)測(cè) |
|
| 表觀遺傳 | 6mA，4mC甲基化修飾位點(diǎn)分析；特異性motif分析 | |
| 高級(jí)分析（可選） | 比較基因組等 | 特有功能基因富集分析；快速進(jìn)化基因檢測(cè)；快速進(jìn)化基因功能分析；物種間進(jìn)化關(guān)系分析；共線性分析； |
真菌基因組測(cè)序我們更專業(yè)
真菌基因組測(cè)序，依托豐富全面的二代測(cè)序、三代測(cè)序、HiC等先進(jìn)平臺(tái)，百邁客對(duì)于真菌基因組研究更為專業(yè)。
多角度研究技術(shù)
全面的信息分析
豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)
提供整體解決方案
技術(shù)路線
對(duì)真菌基因組進(jìn)行提取，根據(jù)研究目的進(jìn)行不同產(chǎn)品選擇，對(duì)應(yīng)相應(yīng)建庫(kù)測(cè)序策略組裝真菌基因組進(jìn)行分析。
KOG分析
真菌基因預(yù)測(cè)基因比對(duì)到KOG數(shù)據(jù)庫(kù)，可對(duì)真菌基因產(chǎn)物進(jìn)行直系同源分類。
共有特有基因分析
通過(guò)比較基因組分析，借助OrthoMCL軟件對(duì)蛋白序列進(jìn)行家族分類，尋找真菌特有的基因家族。
信號(hào)肽預(yù)測(cè)
號(hào)肽是引導(dǎo)新合成的蛋白質(zhì)向分泌通路轉(zhuǎn)移的短肽鏈，可以引導(dǎo)蛋白跨膜轉(zhuǎn)移。利用已預(yù)測(cè)得到的蛋白質(zhì)序列，預(yù)測(cè)氨基酸序列中是否存在信號(hào)肽
共線性分析
利用真菌的基因序列與近源物種的基因序列進(jìn)行Blastn比對(duì)，尋找兩個(gè)物種間同源的基因、蛋白序列，然后根據(jù)同源基因在各個(gè)真菌中序列上的位置信息得到核酸水平上的共線性關(guān)系
1、真菌基因組二代+三代具體是怎么組裝的？
答：具體的組裝方法有三種，選擇組裝結(jié)果。
方法一：二代數(shù)據(jù)和三代數(shù)據(jù)測(cè)序片段混合組裝；
方法二：二代數(shù)據(jù)和三代數(shù)據(jù)分別組裝，然后再用分別組裝后的結(jié)果在congtig水平再連接組裝；
方法三：二代數(shù)據(jù)組裝，再用三代數(shù)據(jù)對(duì)二代組裝的contig進(jìn)行連接到scaffold水平。
2、真菌基因組準(zhǔn)完成圖是什么意思？
答：真菌基因組準(zhǔn)完成圖是通過(guò)二代測(cè)序+三代測(cè)序+光學(xué)圖譜結(jié)合進(jìn)行組裝分析，將真菌基因組組裝到近染色體的水平，組裝到近染色體不是說(shuō)通過(guò)光學(xué)把組裝的scaffold掛到染色體上，意思是組裝出來(lái)的scaffold數(shù)量接近染色體的數(shù)量，是組裝完整性的一種指標(biāo)。
3、真菌基因組材料選擇有哪些注意事項(xiàng)？
答：對(duì)于真菌基因組測(cè)序，首先注意保證不要有雜菌的污染，需要通過(guò)核染色確定真菌基因組是單核還是多核，可通過(guò)細(xì)菌基因組調(diào)研圖來(lái)確定雜合度以及重復(fù)序列，再評(píng)估最佳的精細(xì)圖測(cè)序策略。
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