生物信息分析常用軟件

基于已知的基因組序列和注釋信息，以新一代高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-Seq）數(shù)據(jù)作為輸入，根據(jù)測(cè)序數(shù)據(jù)與參考基因組的序列比對(duì)，識(shí)別新的轉(zhuǎn)錄位點(diǎn)（新基因）、新的可變剪接事

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以新一代高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-Seq）數(shù)據(jù)作為輸入，從頭（de novo）組裝轉(zhuǎn)錄本，構(gòu)建轉(zhuǎn)錄組（Unigene庫(kù)），并對(duì)Unigene進(jìn)行功能鑒定，以及結(jié)構(gòu)和表達(dá)量分析。

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可以進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)分析和個(gè)性化分析，其中標(biāo)準(zhǔn)分析包括：蛋白表達(dá)分析和蛋白注釋分析。設(shè)定參數(shù)后點(diǎn)擊提交進(jìn)行分析，分析完成后在流程定制頁(yè)面下生成標(biāo)準(zhǔn)化結(jié)題報(bào)告，實(shí)現(xiàn)一鍵式

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代謝組學(xué)分析平臺(tái)基于色譜質(zhì)譜等產(chǎn)生的數(shù)據(jù)，借助于統(tǒng)計(jì)學(xué)方法研究生物體內(nèi)代謝物的變化狀況，促進(jìn)對(duì)生物生理活動(dòng)的理解。

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可以全局的展示多種RNA以及差異情況，對(duì)4種RNA之間進(jìn)行共表達(dá)分析，ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建，關(guān)鍵RNA篩選以及關(guān)鍵mRNA的KEGG整合通路網(wǎng)絡(luò)分析。

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基于參考基因組序列和nanopore轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行相關(guān)分析，內(nèi)容包括：數(shù)據(jù)質(zhì)控（接頭、低質(zhì)量過(guò)濾），轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)分析（可變剪切、APA分析等）

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面向無(wú)任何生物信息基礎(chǔ)的科研工作者開發(fā)的集成式分析流程，其部署在高性能服務(wù)器上，可以快速完成數(shù)據(jù)質(zhì)控、序列比對(duì)、SNP/InDel/SV突變檢測(cè)、突變注釋、突變基因

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可以進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)分析和個(gè)性化分析，其中標(biāo)準(zhǔn)分析包括：物種分類分析（包括：群落結(jié)構(gòu)分析、物種Heatmap、物種系統(tǒng)進(jìn)化樹）、單樣品多樣性分析（α- 多樣性指數(shù)、稀釋曲線

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一款結(jié)合多年宏基因組項(xiàng)目分析經(jīng)驗(yàn)開發(fā)的一鍵式標(biāo)準(zhǔn)化集成式分析平臺(tái)：分析涵蓋了目前微生物宏基因組研究的主流分析內(nèi)容，分析內(nèi)容豐富全面，分析結(jié)果以結(jié)題報(bào)告的形式給出。

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一鍵式標(biāo)準(zhǔn)化基本分析和個(gè)性化多樣性分析的集成式分析平臺(tái)：通過(guò)采用三代測(cè)序技術(shù)，對(duì)微生物基因組進(jìn)行測(cè)序、拼接、組裝，獲得完整微生物基因信息。

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借助一定的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法，在全基因組范圍內(nèi)尋找與表型差異相關(guān)的核苷酸變異的分析方法，在人類復(fù)雜疾病和動(dòng)植物復(fù)雜性狀的功能基因挖掘中廣泛應(yīng)用。

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一鍵式標(biāo)準(zhǔn)化分析和個(gè)性化多樣性分析集成式分析平臺(tái)．BSA分析，即集群分離分析，它是通過(guò)具有相對(duì)性狀的一對(duì)親本雜交，在其任一分離后代群體中，根據(jù)

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可以進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)分析和個(gè)性化分析，其中標(biāo)準(zhǔn)分析包括：差異表達(dá)基因分析、基因結(jié)構(gòu)分析、新基因分析等。設(shè)定參數(shù)后點(diǎn)擊提交進(jìn)行分析，分析完成后在流程定制頁(yè)面下生成標(biāo)準(zhǔn)化

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miRNA的鑒定與預(yù)測(cè)；miRNA表達(dá)量分析；miRNA靶基因預(yù)測(cè)；miRNA靶基因注釋分類及富集等。設(shè)定參數(shù)后點(diǎn)擊提交進(jìn)行分析，分析完成后在基本分析頁(yè)面下生成標(biāo)準(zhǔn)化

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差異表達(dá)基因分析、基因結(jié)構(gòu)分析、新lncRNA預(yù)測(cè)及靶基因預(yù)測(cè)等。設(shè)定參數(shù)后點(diǎn)擊提交進(jìn)行分析，分析完成后在流程定制頁(yè)面下生成標(biāo)準(zhǔn)化結(jié)題報(bào)告

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繪圖工具集成了多款數(shù)據(jù)展示工具，在方便總覽數(shù)據(jù)的同時(shí)，還可調(diào)整繪圖、交互查看。目前可繪制圖形：熱圖、韋恩圖、柱圖、餅圖、箱線圖、散點(diǎn)圖、點(diǎn)線圖、面積圖。

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使用矩陣數(shù)據(jù)文件進(jìn)行熱圖繪制，可以對(duì)矩陣數(shù)據(jù)進(jìn)行篩選，歸一化和聚類等處理。多用于不同樣品間基因表達(dá)水平聚類分析。

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本工具可對(duì)FASTA文件進(jìn)行提取、合并、切分、統(tǒng)計(jì)等操作，適用于不同分析場(chǎng)景，如： 1) 組裝序列的過(guò)濾篩選； 2) 基因或其他元件的序列提取； 3) 針對(duì)不同軟件的輸入要求

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將xls/xlsx格式的excel文件轉(zhuǎn)換為tab分隔的文本文件，包含多個(gè)sheet的文件，每個(gè)sheet都會(huì)轉(zhuǎn)換為一個(gè)文本文件，文件名為sheet的名稱。

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對(duì)通過(guò)與數(shù)據(jù)庫(kù)的比對(duì)，對(duì)FASTA格式文件的序列進(jìn)行功能注釋。主要關(guān)注Result/Integrated_Function.annotation.xls這個(gè)表格和KEEG分析出的代謝通路圖。

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基于局部比對(duì)算法的序列比對(duì)搜索工具。BLAST程序可根據(jù)database和infile文件序列類型自動(dòng)從四種比對(duì)程序（blastn、blastp、blastx和tblastn）中選擇合適的程序。

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對(duì)給定的基因集結(jié)合注釋信息繪制GO分類富集圖、KEGG分類富集及通路富集圖，計(jì)算出基因的P_value和Corrected_P-value，定位基因最可能相關(guān)的GO term。

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根據(jù)ID列表提取fasta序列：根據(jù)給定的序列ID，到目標(biāo)序列文件中提取出對(duì)應(yīng)ID的序列。注意：ID文件的后綴只能是txt、list、id，且必須為文本文件

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加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA)是一種從表達(dá)數(shù)據(jù)中挖掘基因模塊（module）信息的算法，可以用于分析各種表達(dá)譜數(shù)據(jù)，不僅是芯片數(shù)據(jù)，還可以用于二代測(cè)序數(shù)據(jù)得到

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數(shù)據(jù)提取類工具，提取相應(yīng)ID行信息，是按照輸入文件包含的ID列表從指定的目標(biāo)文件中提取相應(yīng)的行。輸入文件只能為Tab分隔的文本文件，不支持excel文件。

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使用MEGA軟件構(gòu)建進(jìn)化樹，畫樹輸入文件，F(xiàn)asta格式，文件名必須要以.fa 或 .fas 或 .fasta 結(jié)尾。Align方法，推薦使用Muscle

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分析fasta序列的SSR(Simple Sequence Repeat)標(biāo)記，用于后續(xù)的實(shí)驗(yàn)分析及驗(yàn)證，主要應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄本或者Unigene、CDS、EST等序列的SSR標(biāo)記檢測(cè)，及標(biāo)記結(jié)果的引物設(shè)計(jì)。

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