RNA-seq看到的是轉(zhuǎn)錄調(diào)控的結(jié)果，通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，我們可以了解到基因在不同的組織部位中的表達(dá)變化，但是基因?yàn)槭裁磿?huì)發(fā)生不同的表達(dá)變化呢？其中重要的原因之一就是轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)受到染色體結(jié)構(gòu)變化而引起的豐富的調(diào)控機(jī)制的作用，ATAC-seq以及HI-C互作探究的正是研究染色體的結(jié)構(gòu)變化是如何影響mRNA表達(dá)的主要兩類(lèi)產(chǎn)品。
ATAC-seq產(chǎn)品可以獲得全基因范圍內(nèi)處于開(kāi)放狀態(tài)的染色質(zhì)區(qū)域；通過(guò)分析染色質(zhì)開(kāi)放區(qū)域的motif，可以獲得潛在的活躍轉(zhuǎn)錄因子及其靶基因。Hi-C互作產(chǎn)品可以將基因組上原本分散的遠(yuǎn)距離調(diào)控元件與其調(diào)控區(qū)域聯(lián)系起來(lái)，有助于解析基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控、增強(qiáng)子與啟動(dòng)子的相互作用等，成為連接基因組、轉(zhuǎn)錄調(diào)控和表觀遺傳研究的紐帶
今天給大家?guī)?lái)由百邁客提供技術(shù)服務(wù)的的幾篇相關(guān)產(chǎn)品的文章案例，希望給大家提供一些研究思路的參考。
案例一
文章標(biāo)題：光開(kāi)關(guān)釕配合物在活細(xì)胞中誘導(dǎo)和監(jiān)測(cè)DNA相分離
發(fā)表期刊：Journal of the American Chemical Society
作者單位：中山大學(xué)
IF：11.419
涉及的百邁客生物服務(wù)產(chǎn)品：ATAC-seq和RNA-seq
材料方法
RNA-seq：
材料：0、4、12和25小時(shí)Ru1處理的A549細(xì)胞，各時(shí)間處理取三個(gè)生物學(xué)重復(fù)
ATAC-seq：
材料：0、25小時(shí)Ru1處理的A549細(xì)胞，各時(shí)間處理取兩個(gè)個(gè)生物學(xué)重復(fù)
其他生化實(shí)驗(yàn)
主要內(nèi)容
DNA的相分離參與染色質(zhì)的包裝來(lái)調(diào)節(jié)基因的轉(zhuǎn)錄?；罴?xì)胞中DNA相分離的可視化和操作面臨著巨大的挑戰(zhàn)。本文作者提出了一種Ru(II)復(fù)合物(Ru1)，該復(fù)合物具有較高的DNA結(jié)合親和力和DNA“光開(kāi)關(guān)”行為，可以誘導(dǎo)和監(jiān)測(cè)體外活細(xì)胞中的DNA相分離。分子動(dòng)力學(xué)模擬表明，Ru1中兩個(gè)帶有正電荷親脂三苯基膦取代基和柔性長(zhǎng)烷基鏈的phen-PPh3配體在DNA分子間形成多價(jià)結(jié)合力誘導(dǎo)DNA相分離中發(fā)揮了重要作用。重要的是，Ru1獨(dú)特的環(huán)境敏感發(fā)射特性可以通過(guò)雙光子磷光壽命成像直接可視化活細(xì)胞中DNA相分離的動(dòng)態(tài)過(guò)程。此外，通過(guò)RNA測(cè)序和ATAC測(cè)序相結(jié)合的結(jié)果發(fā)現(xiàn)Ru1可以通過(guò)調(diào)節(jié)染色質(zhì)可及性來(lái)改變基因的表達(dá)模式?？傊?，作者在這里提出了第一個(gè)基于小分子的活細(xì)胞DNA相分離的示蹤劑和調(diào)節(jié)劑，并闡明了其對(duì)染色質(zhì)狀態(tài)和轉(zhuǎn)錄組的影響。
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案例二
文章標(biāo)題：多組學(xué)揭秘人脊索瘤治療新靶點(diǎn)-CA2
發(fā)表期刊：NEURO-ONCOLOGY
作者單位：上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院
IF: 12.3
涉及的百邁客生物服務(wù)產(chǎn)品：RNA-seq、ATAC-seq和Hi-C
材料方法
材料：細(xì)胞系（原代HNP細(xì)胞來(lái)自24周胎齡的流產(chǎn)胎兒的原代培養(yǎng)細(xì)胞；脊索瘤細(xì)胞系CH22獲自脊索瘤基金會(huì)；骨髓單核細(xì)胞（BMM）來(lái)自C57/BL6小鼠股骨）
方法：RNA-seq、ATAC-seq和Hi-C
主要內(nèi)容
脊索瘤是一種罕見(jiàn)的間充質(zhì)惡性腫瘤，復(fù)發(fā)率高，致瘤機(jī)制不明確。遺傳物質(zhì)的改變、表觀遺傳調(diào)節(jié)因子和染色質(zhì)空間構(gòu)象在脊索瘤的發(fā)生和發(fā)展中起關(guān)鍵作用。本研究利用RNA-seq、ATAC-seq和 Hi-C技術(shù)對(duì)脊索瘤和人髓核（HNP）進(jìn)行多組學(xué)檢測(cè)，并結(jié)合影像學(xué)檢查和臨床信息，揭示了骨微環(huán)境在脊索瘤中的重要作用，并且發(fā)現(xiàn)CA2在脊索瘤中高表達(dá)，但在HNP中幾乎不表達(dá)。本研究還發(fā)現(xiàn)可通過(guò)敲除基因或使用鹽酸多佐胺等藥物抑制CA2的表達(dá)，從而抑制脊索瘤細(xì)胞生長(zhǎng)和遷移，此外，鹽酸多佐胺還通過(guò)阻斷骨髓單核細(xì)胞向破骨細(xì)胞的分化來(lái)調(diào)節(jié)骨微環(huán)境。綜上，本研究通過(guò)結(jié)合多組學(xué)檢測(cè)技術(shù)，結(jié)合了位于CH22和HNP細(xì)胞之間的compartments、細(xì)胞特異性TAD和loop中的重疊的DEG，鑒定到了兩個(gè)重疊的DEG，即CA2和THNSL2?；贕O和KEGG功能注釋，將CA2蛋白確定為脊索瘤的治療新靶點(diǎn)，最終揭示了骨微環(huán)境在脊索瘤發(fā)生中的作用。
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案例三
文章標(biāo)題：TRIM28通過(guò)SUMO化修飾CDK9和抑制P-TEFb促進(jìn)HIV-1潛伏
發(fā)表期刊：Elife
作者單位：中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院
IF：7.616
涉及的百邁客生物服務(wù)產(chǎn)品：ATAC-seq和RNA-seq
材料方法
siRNA文庫(kù)高通量篩選：鑒定HIV-1抑制和潛伏的細(xì)胞靶蛋白，TZM-BL細(xì)胞系（一種攜帶有熒光素酶報(bào)告基因的傳代細(xì)胞系,并且該報(bào)告基因受HIV-1 tat原件調(diào)控，只有在HIV-1 Tat蛋白存在的情況下才能有效表達(dá)。）
RNA-seq：用PHA刺激來(lái)自兩個(gè)健康供體的新鮮分離的CD4 + T細(xì)胞2天或不進(jìn)行處理，鑒定HIV-1潛伏相關(guān)基因
ATAC-seq：J-Lat 10.6或TZM-bl細(xì)胞系，研究TRIM28缺失后HIV-1啟動(dòng)子的染色質(zhì)可及性
其他實(shí)驗(yàn)
主要內(nèi)容
TRIM28不僅可以作為定義明確的表觀遺傳學(xué)adaptor，還可以作為SUMO E3連接酶與SUMOylate P-TEFb復(fù)合物一起發(fā)揮作用，從而顯著抑制HIV-1的表達(dá)并導(dǎo)致HIV-1潛伏。提出了TRIM28介導(dǎo)的HIV-1潛伏模型：在活躍狀態(tài)下，P-TEFb復(fù)合物被HIV-1 Tat募集至部分轉(zhuǎn)錄的HIV-1 RNA反式激活反應(yīng)元件（TAR）。P-TEFb催化亞基CDK9使RNAP II的Ser2殘基超磷酸化，促進(jìn)RNAP II轉(zhuǎn)錄HIV-1 RNA的持續(xù)性；在潛伏狀態(tài)下，TRIM28被募集到HIV-1 LTR并在Lys44、Lys56和Lys68 SUMO化CDK9，導(dǎo)致CDK9激酶活性的抑制和其與細(xì)胞周期蛋白T1的隔開(kāi)，沒(méi)有Ser2的超磷酸化，RNAP II啟動(dòng)子近端暫停在LTR。因此，潛伏狀態(tài)由TRIM28介導(dǎo)的CDK9功能障礙和TRIM28介導(dǎo)的核小體nuc-1的抑制性表觀遺傳修飾維持，核小體nuc-1恰好位于HIV-1啟動(dòng)子的下游。
其中，作者通過(guò)ATAC-Seq探究了TRIM28缺失后HIV-1啟動(dòng)子的染色質(zhì)可及性，發(fā)現(xiàn)啟動(dòng)子區(qū)的活性顯著增強(qiáng)，最終說(shuō)明了RIM28介導(dǎo)的SUMO化損害了CDK9與Cyclin T1的結(jié)合能力和CDK9對(duì)RNAP II的激酶活性，導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄延伸功能障礙。
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案例四
文章標(biāo)題：非神經(jīng)前體細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子Ptf1a可獨(dú)立將成纖維細(xì)胞直接重編程為神經(jīng)干細(xì)胞
發(fā)表期刊：Journal of the American Chemical Society
作者單位：中山大學(xué)
IF: 12.353
涉及的百邁客生物服務(wù)產(chǎn)品：ATAC-seq和RNAseq
材料方法
RNA-seq：
材料：miNSC（第10代小鼠誘導(dǎo)性神經(jīng)干細(xì)胞）、小鼠皮質(zhì)神經(jīng)干細(xì)胞（SCR029）和小鼠胚胎成纖維細(xì)胞（MEF）。測(cè)序平臺(tái)：Illumina HiSeq 4000。
ATAC-seq：
材料：35000個(gè)MEF細(xì)胞，50,000個(gè)miNSC10細(xì)胞，50,000個(gè)SCR029細(xì)胞。測(cè)序平臺(tái)：Illumina HiSeq X Ten。
體內(nèi)外分化試驗(yàn)
行為學(xué)試驗(yàn)：
筑巢試驗(yàn)，曠場(chǎng)試驗(yàn)，新物體識(shí)別試驗(yàn)，Y迷宮試驗(yàn)，morris水迷宮實(shí)驗(yàn)。
主要內(nèi)容
由體細(xì)胞重編程的誘導(dǎo)性神經(jīng)干細(xì)胞（induced neural stem cells，iNSC）在神經(jīng)疾病的細(xì)胞替代療法和體外建模中具有巨大的潛力。已有研究證明將成纖維細(xì)胞直接轉(zhuǎn)化成iNSC的方法依賴于幾個(gè)關(guān)鍵的神經(jīng)前體細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子（TF），這就提出了一個(gè)問(wèn)題：這種直接的重編程是否可以由非神經(jīng)前體細(xì)胞調(diào)控TF來(lái)實(shí)現(xiàn)。通過(guò)RNA-seq和ATAC-seq分析結(jié)果，作者發(fā)現(xiàn)非神經(jīng)前體細(xì)胞調(diào)控TFPtf1a可以將小鼠和人的成纖維細(xì)胞直接重編程為具有分化出神經(jīng)元、星形膠質(zhì)細(xì)胞和少突膠質(zhì)細(xì)胞的潛能和自我更新能力的iNSC，并在移植后可以改善阿爾茨海默病小鼠模型的認(rèn)知功能障礙。相比于MEF，miNSC10和SCR029細(xì)胞，Ptf1a重編程的miNSC自我更新和維持所需要的Notch信號(hào)通路相關(guān)基因均顯著上調(diào)，并且這些位點(diǎn)也顯示出差異的ATAC-seq圖譜。說(shuō)明Ptf1a的重編程活性是通過(guò)與Rbpj結(jié)合的非Notch信號(hào)依賴途徑，來(lái)維持NSC特化、自我更新和體內(nèi)穩(wěn)態(tài)。同時(shí)作者的數(shù)據(jù)確定了這是一種用于研究和治療的更安全的非典型iNSC。
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原文獲取連接：https://international.biocloud.net/zh/article/detail/30030434
經(jīng)過(guò)以上的文章案例，我們可以看出，ATAC、HI-C互作這類(lèi)表觀研究的組學(xué)產(chǎn)品，通常要和其他組學(xué)聯(lián)合進(jìn)行分析，其中最主要應(yīng)用的就是轉(zhuǎn)錄組學(xué)，目前利用ATAC、HI-C和轉(zhuǎn)錄組的多組學(xué)結(jié)合的研究模式逐漸成為高分文章的“標(biāo)配”，聯(lián)合分析可以從序列變異、 基因表達(dá)、堿基修飾、染色質(zhì)狀態(tài)等角度綜合闡釋調(diào)控網(wǎng)絡(luò)與分子機(jī)制，已被廣泛應(yīng)用于腫瘤、疾病、神經(jīng)科學(xué)、發(fā)育生物學(xué)及免疫等研究領(lǐng)域。
百邁客醫(yī)學(xué)致力于多組學(xué)的聯(lián)合分析內(nèi)容，有成熟的聯(lián)合分析方案和流程，完成近300個(gè)物種，近千個(gè)文庫(kù)構(gòu)建，如果您對(duì)相關(guān)方向的研究感興趣，歡迎來(lái)電咨詢（400-600-3186）或掃描下方二維碼聯(lián)系我們~
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