【全轉(zhuǎn)錄組成功案例集錦】RNA測(cè)序不止mRNA，你get到了嗎？

二代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序已經(jīng)如火如荼的開(kāi)展了近十幾年，關(guān)于mRNA研究的文章也呈爆發(fā)式的發(fā)展，但是最近幾年單純的mRNA檢測(cè)似乎不再那么吃香了。我們來(lái)看一組數(shù)據(jù)，下圖是Pubmed數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索mRNA得到的相關(guān)的文獻(xiàn)信息，數(shù)據(jù)顯示2015年時(shí)普通mRNA文獻(xiàn)已經(jīng)達(dá)到峰值，隨后關(guān)于mRNA的文章開(kāi)始有下滑的趨勢(shì)。

那么問(wèn)題來(lái)了，還有什么技術(shù)可以達(dá)到科研目的，又不顯得那么過(guò)時(shí)呢？不著急，全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序來(lái)助你！全轉(zhuǎn)錄組是指特定組織或細(xì)胞在特定狀態(tài)下所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的總和，包括mRNA和各種noncoding RNA。機(jī)體內(nèi)除了mRNA轉(zhuǎn)錄翻譯成蛋白質(zhì)行使功能以外，noncoding RNA在轉(zhuǎn)錄調(diào)控中占有重要的作用。像近幾年來(lái)比較火熱的競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA(ceRNA)調(diào)控機(jī)制也屬于全轉(zhuǎn)錄組研究的范疇內(nèi)。那不多說(shuō)，直接上文獻(xiàn)，有文獻(xiàn)有真相。

 

研究?jī)?nèi)容

本文先是對(duì)HBV相關(guān)肝纖維化（n = 10）患者和健康對(duì)照組（n = 8）進(jìn)行血漿小RNA測(cè)序，根據(jù)差異基因和研究背景鎖定目標(biāo)研究對(duì)象“miR-185-5p”。qPCR和WB檢測(cè)miR-185、以及肝纖維化特征基因RNA和蛋白表達(dá)水平。隨后通過(guò)細(xì)胞學(xué)實(shí)驗(yàn)、體外實(shí)驗(yàn)、小鼠模型實(shí)驗(yàn)等，發(fā)現(xiàn)miR-185通過(guò)靶向RHEB和RICTOR抑制HSC的活化，并且觀察到的纖維化與miR-185表達(dá)之間的負(fù)相關(guān)關(guān)系，可用于評(píng)估纖維化的嚴(yán)重程度。為了進(jìn)一步研究是否可以將miR-185鑒定為疾病進(jìn)展的候選預(yù)測(cè)指標(biāo)，需要具有可比臨床病理特征和完整隨訪數(shù)據(jù)的更大隊(duì)列研究。

 

研究?jī)?nèi)容

在本研究中，為了評(píng)估circRNA在人體內(nèi)的作用，作者采用了高通量測(cè)序方法，測(cè)定TLE患者和非TLE患者顳葉新皮質(zhì)中circRNA表達(dá)水平，并對(duì)環(huán)狀RNA的功能進(jìn)行注釋。同時(shí)對(duì)circRNA表達(dá)譜進(jìn)行了全面的分析，確定了癲癇患者的8個(gè)circRNA。其中顯著差異表達(dá)的circ-EFCAB2和circ-DROSHA可能是通過(guò)調(diào)節(jié)來(lái)源基于EFCAB2和DROSHA參與TLE，也可能作為miRNA的海綿影響靶基因的表達(dá)，參與TLE的發(fā)病機(jī)制。描述了一個(gè)包含潛在基因與circRNA-miRNA的網(wǎng)絡(luò)。

 

 

研究?jī)?nèi)容

作者研究長(zhǎng)鏈非編碼RNA (lncRNAs) 在肺癌中的作用。作者使用微陣列來(lái)研究P53敲除和KRAS-G12D突變小鼠肺腺癌中異常表達(dá)的lncRNAs。結(jié)果表明，shRNAs敲除NONMMUT015812可降低KP細(xì)胞的增殖和遷移能力。在小鼠肺腺癌中異常表達(dá)的lncRNAs中，NONMMUT015812是一個(gè)潛在的致癌基因。

 

好啦，今天文獻(xiàn)就說(shuō)到這里。上述文獻(xiàn)是不是有種似曾相識(shí)的感覺(jué)，10年前，轉(zhuǎn)錄組按照“測(cè)序-找差異-功能描述”這套思路也可以發(fā)個(gè)比較好的文章，這幾年卻不能了。但是現(xiàn)在全轉(zhuǎn)錄正在開(kāi)啟這種模式，你有沒(méi)有g(shù)et到！