高通量測(cè)序大數(shù)據(jù)的積累讓科學(xué)研究的蓬勃發(fā)展，不完全統(tǒng)計(jì)，截止2021年，SRA的數(shù)據(jù)已達(dá)40P以上。研究學(xué)者對(duì)數(shù)據(jù)的理解也越來越深入，思路大大開拓。孤立的單個(gè)項(xiàng)目的數(shù)據(jù)分析形式越來越不能滿足科研的需要，基因大數(shù)據(jù)的價(jià)值已經(jīng)在很多方面超越了自己新測(cè)序項(xiàng)目的產(chǎn)出。但是目前已發(fā)表的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)利用率仍然不高，很多有價(jià)值的信息被研究者所忽略。結(jié)合公共數(shù)據(jù)，可以探究某一類基因在不同處理、不同組織、不同發(fā)育時(shí)間點(diǎn)等變化規(guī)律，增加結(jié)果可靠性，深入挖掘關(guān)鍵基因家族功能信息。另外，再mRNA-ncRNA聯(lián)合分析中，利用公共數(shù)據(jù)補(bǔ)充其中一種類型的RNA測(cè)序數(shù)據(jù)也是不錯(cuò)的選擇。
百邁客轉(zhuǎn)錄組生物云平臺(tái)，支持測(cè)序數(shù)據(jù)+公共數(shù)據(jù)雙類型分析，支持原始數(shù)據(jù)一鍵式分析，更有豐富的個(gè)性化分析輔助數(shù)據(jù)深度挖掘，不需要自主搭建分析平臺(tái)投入的人力、財(cái)力及硬軟件設(shè)施，只需要一臺(tái)電腦，即可玩轉(zhuǎn)組學(xué)數(shù)據(jù)。下面分享兩篇熱乎的轉(zhuǎn)錄組+公共數(shù)據(jù)+百邁客云平臺(tái)產(chǎn)出的文章，希望給您提供些借鑒思路。
文章一
英文題目：Identification of Rhythmically Expressed lncRNAs in the Zebrafish Pineal Gland and Testis
中文題目：斑馬魚松果體和睪丸中節(jié)律性表達(dá)的lncRNAs的鑒定
期刊：International Journal of Molecular Sciences
IF：5.923
實(shí)驗(yàn)材料：
測(cè)序數(shù)據(jù)：LD(14hL/10hD)條件下的3個(gè)月大的野生型斑馬魚精巢，48h內(nèi)每間隔4h取樣，共12個(gè)時(shí)間節(jié)點(diǎn)，每個(gè)節(jié)點(diǎn)設(shè)置2個(gè)重復(fù)（測(cè)序分析工作由百邁客生物支持完成）
公共數(shù)據(jù)：持續(xù)黑暗條件下成年轉(zhuǎn)基因斑馬魚松果體，兩個(gè)連續(xù)的12h內(nèi)，每間隔4h取樣，共12個(gè)時(shí)間節(jié)點(diǎn)
研究背景：
生物鐘已經(jīng)用各種模式生物進(jìn)行了研究，如果蠅和斑馬魚，斑馬魚模型的易獲得性以及它的幼魚、細(xì)胞、組織和器官是可光攜帶的特點(diǎn)為研究光輸入通路提供了機(jī)會(huì)。松果體是直接負(fù)責(zé)合成褪黑激素的組織，精巢是一個(gè)重要的參與多個(gè)生物學(xué)功能的器官，如產(chǎn)生配子和循環(huán)雄激素，但是已有研究對(duì)于精巢中是否存在生物鐘仍存在爭(zhēng)議。已有很多研究表明lncRNAs在晝夜調(diào)節(jié)終發(fā)揮重要作用，雖然這些研究推動(dòng)了對(duì)lncRNAs的理解，但在預(yù)測(cè)非編碼RNA基因的功能方面尚未取得顯著進(jìn)展。特別是，節(jié)律性表達(dá)的lncRNAs與其編碼的多肽之間是否存在直接關(guān)系尚不清楚。本研究首次對(duì)斑馬魚精巢、松果體中的lncRNAs進(jìn)行了全面、連貫的比較分析。
研究結(jié)論：
本研究在斑馬魚中發(fā)現(xiàn)了700多個(gè)節(jié)律性表達(dá)的lncRNAs，并首次比較了松果體和睪丸之間節(jié)律性表達(dá)的lncRNAs。表達(dá)的lncRNAs分為晨組、晚組和夜組，我們認(rèn)為，上午、晚上和夜間的lncRNAs應(yīng)分別通過E-box、D-box或RORE受到晝夜時(shí)鐘的調(diào)控。正如預(yù)期的那樣，全面的啟動(dòng)子分析支持了這樣的假設(shè)，即早上、晚上和晚上的lncRNAs可能分別受到E-box、D-box和RORE元件的調(diào)控。作者還發(fā)現(xiàn)松果體和精巢共同表達(dá)的有14種lncRNAs?？缥锓N保守分析顯示，許多斑馬魚松果體和精巢的節(jié)律表達(dá)lncRNAs在人類和小鼠中有著密切的相似性，但它們中似乎沒有一個(gè)與果蠅中的任何一個(gè)lncRNAs密切相關(guān)。此外，一些lncRNAs含有具有編碼多肽的潛力的sORF。作者在松果體和精巢中發(fā)現(xiàn)了18個(gè)節(jié)律表達(dá)的lncRNAs，編碼數(shù)百個(gè)肽段，其中包括6個(gè)在斑馬魚、小鼠和人類中保守的lncRNAs編碼的微肽。作者對(duì)這六個(gè)多肽的三維結(jié)構(gòu)進(jìn)行了計(jì)算預(yù)測(cè)，其中5個(gè)的三維模型顯示了高度保守的α-螺旋、β-鏈和隨機(jī)卷曲，在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中具有已知的結(jié)構(gòu)域。本研究結(jié)果為斑馬魚松果體和精巢中數(shù)百種節(jié)律表達(dá)的lncRNAs提供了新的注釋和調(diào)控機(jī)制，并為他們?cè)诓痪玫膶淼膶?shí)驗(yàn)研究奠定了基礎(chǔ)。
文章二
英文題目：Hundreds of lncRNAs Display Circadian Rhythmicity in Zebrafish Larvae
中文題目：數(shù)百種lncRNA在斑馬魚幼魚中顯示晝夜節(jié)律性
期刊：Cells
IF：6.600
實(shí)驗(yàn)材料：
野生型AB品系斑馬魚交配產(chǎn)生的幼魚在正常光/暗(LD,14/10 h)的條件下，激活和引導(dǎo)晝夜節(jié)律系統(tǒng)，然后轉(zhuǎn)入恒定光照(LL)或恒定黑暗(DD)環(huán)境。在DD條件下，利用微弱的紅色手電筒在黑暗中采集樣品。所有樣品均在2分鐘內(nèi)采集。
在恒定黑暗或恒定光照條件下，從受精120h后，每4小時(shí)從大約50只野生型幼魚中提取總RNA，共6個(gè)時(shí)間點(diǎn)，12組樣本。（測(cè)序分析工作由百邁客生物支持完成）
研究背景：
生物鐘是一種內(nèi)源性的時(shí)間保持機(jī)制，調(diào)節(jié)獨(dú)特的24小時(shí)代謝、生理和行為節(jié)奏。生物鐘失靈與健康問題密切相關(guān)，如睡眠障礙、精神疾病和癌癥。斑馬魚幼蟲是透明的，受精后幾天不需要喂食，因此而產(chǎn)生的混雜效應(yīng)是可以避免的，因此斑馬魚幼魚可以獨(dú)立于進(jìn)食來研究晝夜節(jié)律。之前斑馬魚松果體和精巢的研究發(fā)現(xiàn)26個(gè)節(jié)律性表達(dá)的lncRNAs在兩個(gè)器官中被證明是共同表達(dá)的，作者假設(shè)一些lncRNAs在斑馬魚幼魚中也有節(jié)律性表達(dá)，使用高通量測(cè)序第一次對(duì)斑馬魚幼魚數(shù)百個(gè)晝夜表達(dá)的lncRNAs進(jìn)行系統(tǒng)研究。
研究結(jié)論：
在本研究中，作者生成了斑馬魚幼魚的時(shí)間表達(dá)轉(zhuǎn)錄本圖譜，揭示了調(diào)控斑馬魚幼魚lncRNAs表達(dá)譜的晝夜動(dòng)態(tài)。本研究發(fā)現(xiàn)了3220個(gè)lncRNAs在DD和LL條件下的表達(dá)譜，鑒定了578個(gè)周期表達(dá)的lncRNAs，并使用GO、COG和KEGG途徑富集分析對(duì)其進(jìn)行注釋，結(jié)果表明，大多數(shù)這些節(jié)律表達(dá)的幼魚lncRNAs可能參與了關(guān)鍵的生物學(xué)過程。通過比較來自松果體和精巢的lncRNAs，發(fā)現(xiàn)9個(gè)(DD)和12個(gè)(LL)幼魚lncRNAs分別在斑馬魚松果體和精巢中共同表達(dá)，在這些共表達(dá)的lncRNAs編碼的多肽中，發(fā)現(xiàn)3個(gè)多肽(DD)和1個(gè)多肽(LL)具有蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中已知的結(jié)構(gòu)域。作者研究了這些共表達(dá)的lncRNAs編碼的多肽，以預(yù)測(cè)它們的3D模型和功能。此外，對(duì)人類、小鼠和果蠅的幼魚lncRNAs進(jìn)行了保守分析，發(fā)現(xiàn)斑馬魚幼魚在DD和LL條件下分別與人類共享35和42個(gè)lncRNAs，與小鼠共享1個(gè)和4個(gè)lncRNAs。作者選擇了這三個(gè)物種共享的5種節(jié)律表達(dá)的lncRNAs進(jìn)行編碼性研究，發(fā)現(xiàn)了這5種lncRNAs編碼的數(shù)百種多肽，對(duì)這些保守肽研究了它們的三維模型和相應(yīng)的已知結(jié)構(gòu)域，發(fā)現(xiàn)在α-螺旋、β-鏈和隨機(jī)卷曲方面具有相似性。這些結(jié)果將幫助晝夜節(jié)律生物學(xué)家選擇晝夜表達(dá)的lncRNA，以進(jìn)行進(jìn)一步的功能研究。
通過以上兩篇文章，我們不難發(fā)現(xiàn)，通過測(cè)序數(shù)據(jù)結(jié)合公共數(shù)據(jù)，相同的研究切入點(diǎn)從不同的材料出發(fā)也可以獲得豐富得研究結(jié)論。這樣不僅可以發(fā)揮沉積得公共數(shù)據(jù)的使用價(jià)值，不讓它成為沉睡的數(shù)據(jù)垃圾，也可以讓靈活開放的研究思路以高性價(jià)比得方式高效實(shí)現(xiàn)。正值年末，百邁客轉(zhuǎn)錄組系列產(chǎn)品促銷活動(dòng)火熱進(jìn)行中，無論是測(cè)序還是分析，價(jià)格優(yōu)惠，歡迎垂詢~
京公網(wǎng)安備 11011302003368號(hào)