一文解決你裝R包的煩惱

裝R包有時(shí)候會(huì)遇到特別難裝的，費(fèi)時(shí)費(fèi)精力。主要是無(wú)從下手。下面就全面的解決下這個(gè)問(wèn)題。
一、解決問(wèn)題的思路：

1.包可能存在依賴包，缺啥裝啥，直到裝成功。

2.多種方法嘗試。嘗試的順序可以由簡(jiǎn)到繁。

二、解決問(wèn)題的方法：

1.從相同系統(tǒng)的電腦上拷過(guò)來(lái)相應(yīng)的包（位于library路徑下面），然后library()這個(gè)包判斷是否安裝成功（大部分會(huì)成功）。如果沒(méi)有或者沒(méi)安裝成功只能用其他方法自己辛苦安裝了。

2.install.packages()

3. BiocManager::install()

4. conda

5. devtools::install_github()

6.下載源碼用install.packages(“xxxx.tar.gz”,repo=NULL,type=”source”)安裝

linux的話，在啟動(dòng)R的交互界面之前或者使用conda之前需要激活這個(gè)R處的環(huán)境，否則在交互界面安裝R包的過(guò)程中可能會(huì)找不到編譯器而報(bào)錯(cuò)。激活方法參考：source activate /yourpath/miniconda3/envs/R-4-0-3

具體示例如下：

比如我要裝Cairo這個(gè)包

我首先嘗試用install.packages(“Cairo”)安裝。報(bào)錯(cuò)了，報(bào)錯(cuò)信息如下：

然后用BiocManager::install(“Cairo”)來(lái)安裝。首先要安裝BiocManager(方法：install.packages(“BiocManager”))。這個(gè)方法也沒(méi)安裝成功。

然后嘗試conda install -c conda-forge r-cairo（注意包的名字用小寫(xiě)字母）來(lái)安裝。出來(lái)這個(gè)敲y，一般都能安裝成功。conda安裝R包首先要安裝有conda，然后激活conda環(huán)境，在命令行而不是交互界面去安裝。

最終安裝成功的界面：

可以在R的交互界面上用library(Cairo)看下是否裝成功。

另外兩種安裝包的方法示例如下：

方法5 devtools::install_github()
devtools::install_github() 從github（網(wǎng)址：https://github.com/）上查找包隸屬于哪個(gè)，用于寫(xiě)在括號(hào)里，再安裝，方法如下：

方法6源碼安裝：

當(dāng)報(bào)錯(cuò)，有下載包不完整的情況，可以把這個(gè)路徑的包先下載下來(lái)再安裝。安裝的時(shí)候如果遇到相關(guān)的包沒(méi)裝，再用這幾種方法從簡(jiǎn)到繁裝上，然后再裝這個(gè)包。

linux上下載方法：

wget -c https://bioconductor.org/packages/3.12/bioc/src/contrib/DOSE_3.16.0.tar.gz 把包的源碼下載下來(lái)

然后在R的交互界面用：install.packages(“xxxx.tar.gz”,repo=NULL,type=”source”)安裝

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