目前，微生物多樣性研究主要是于編碼核糖體RNA的核酸序列保守區(qū)進行的。細菌主要是基于16S區(qū)，真菌主要基于18S區(qū)或ITS區(qū)（內(nèi)轉(zhuǎn)錄間區(qū)），16S rDNA 是編碼原核生物核糖體小亞基rRNA（16S rRNA）的DNA序列，18S rDNA是編碼真核生物核糖體小亞基rRNA（18S rRNA）的DNA序列，ITS是編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)序列。這些序列中既有保守區(qū)又有可變區(qū)，保守序列區(qū)域反映了生物物種間的親緣關(guān)系，而高變序列區(qū)域則能體現(xiàn)物種間的差異。由于18S rDNA在進化速率上比較保守，在系統(tǒng)發(fā)育研究中較適用于種級以上階元的分類。
常用作微生物分類研究的ITS分為ITS1和ITS2兩種。ITS1位于真核生物核糖體rDNA序列的18S和5.8S之間，ITS2位于真核生物核糖體rDNA序列5.8S和28S之間。由于ITS區(qū)在核糖體RNA加工過程中被剪切掉，不發(fā)揮功能作用，在進化過程中選擇壓力較小，進化速率約為18S rDNA的10倍，屬于中度保守的區(qū)域，利用它可研究種及種以下的分類階元。另外，也可通過選擇引物同時擴增18S rDNA和ITS，通過分析20S rDNA序列，先在較高級別上確定樣品的歸屬，然后根據(jù)ITS 序列，將真菌歸類到種或亞種水平。
微生物多樣性測序分析內(nèi)容
標準分析內(nèi)容
序列優(yōu)化及質(zhì)控、測序數(shù)據(jù)介紹、數(shù)據(jù)過濾及質(zhì)量評估、劃分OTU、OTU生成、OTU聚類結(jié)果統(tǒng)計、OTU豐度統(tǒng)計、分類學分析、物種分類與相對豐度統(tǒng)計、群落結(jié)構(gòu)分析、物種熱圖分析（N≥3） 物種系統(tǒng)進化分析、單樣品分類學樹狀圖、多樣品分類學樹狀圖、單樣品（alpha）多樣性分析、α-多樣性指數(shù)統(tǒng)計、稀釋性曲線 Shannon-Wiener曲線、物種累積曲線（N≥5） 樣品間OTU比較（Venn圖或者花瓣圖） 多樣品（beta）多樣性分析（N≥3） Binary jaccard、bray Curtis （un）weighted unifrac（細菌）、樣品熱圖分析、主坐標PCoA分析、主成分PCA分析、樣品層次聚類（UPGMA）、NMDS 分析
高級分析內(nèi)容
組間差異分析（分組≥2，每組≥2樣品）、LEfSe分析 組間顯著性差異分析、樣品間相關(guān)分析（N≥3）、三元相圖（N≥3）、Anova方差分析（分組≥2，每組≥2樣品）、Wilcox秩和檢驗（分組≥2，每組≥2樣品）、RDA/CCA 分析（屬水平）(注：需要提供環(huán)境因子數(shù)據(jù)，且環(huán)境因子數(shù)小于分析樣品數(shù)) 基于16S的COG和KEGG數(shù)據(jù)庫功能富集（限細菌）
物種相對豐度計算方法
每個物種在每個樣品中的測序tags數(shù)除以對應樣品的測序tags總數(shù)
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